[發明專利]利用重測序技術快速確定轉基因株系插入位點的方法

有效

• 申請號: 201810038567.6
• 申請日: 2018-01-16
• 公開（公告）號: CN108034706B
• 公開（公告）日: 2021-03-26
• 發明（設計）人: 徐紀明;胡晗;毛文軒;毛傳澡
• 申請（專利權）人: 浙江大學
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869
• 代理公司: 杭州中成專利事務所有限公司 33212
• 代理人: 金祺

1.利用重測序技術確定轉基因株系插入位點的方法，其特征是包括以下步驟：

1)、提取轉基因株系基因組DNA；DNA總量至少2g；

2)、進行基因組重測序；

將步驟1)所得的基因組等比例混合后，按照常規基因組二代測序技術進行基因組的重測序，DNA建庫長度200-300bp，每個Reads長度150bp，至少得到12G的數據；

3)、利用轉基因載體T-DNA序列作為模板，對得到的測序數據進行比對分析，得到插入位點的信息；

4)、根據插入位點的信息設計引物，進行PCR驗證；從而確定每個轉基因株系的插入位點。

2.根據權利要求1所述的利用重測序技術確定轉基因株系插入位點的方法，其特征是：步驟1)中提取基因組DNA的方法為CTAB法。

3.根據權利要求1或2所述的利用重測序技術確定轉基因株系插入位點的方法，其特征是：

所述步驟3)中序列比對分析所用軟件為bowtie2，默認設置。

4.根據權利要求3所述的利用重測序技術確定轉基因株系插入位點的方法，其特征是：

所述步驟3)為：以轉基因載體序列為參考基因組進行同源性分析，根據分析的結果，提取一端匹配到載體序列，另一端未匹配的reads序列；未匹配的reads序列以水稻基因組序列，采用blast軟件進行同源性比對分析，根據比對結果設計引物進行后續驗證。

5.根據權利要求1或2所述的利用重測序技術確定轉基因株系插入位點的方法，其特征是：

所述步驟4)中PCR驗證方法為常規PCR方法。