[發明專利]基于KASP技術開發的用于甘藍雜交種鑒定的核心SNP標記及其應用

有效

• 申請號: 201810030833.0
• 申請日: 2018-01-12
• 公開（公告）號: CN108103162B
• 公開（公告）日: 2021-06-29
• 發明（設計）人: 張揚勇;李志遠;方智遠;楊麗梅;莊木;呂紅豪;王勇;劉玉梅
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院蔬菜花卉研究所
• 主分類號: C12Q1/6858
• 分類號: C12Q1/6858;C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京海虹嘉誠知識產權代理有限公司 11129
• 代理人: 吳泳歷

本發明涉及甘藍品種鑒定，具體涉及一組基于KASP技術開發的用于甘藍雜交種鑒定的核心SNP標記及其應用。所述核心SNP標記包含Bol01～Bol50 SNP標記中的任意一種或更多種，或全部；所述Bol01～Bol50 SNP標記的具體信息如表1所示。基于所述核心SNP標記，可實現對甘藍雜交種的高通量SNP分型檢測，結果準確性高，穩定性好，能夠顯著提高品種鑒定效率。

技術領域

本發明涉及甘藍品種鑒定，具體涉及一組基于KASP技術開發的用于甘藍雜交種鑒定的核心SNP標記及其應用。

背景技術

結球甘藍簡稱甘藍，是十字花科蕓薹屬的一種重要蔬菜，在我國各地廣泛種植。截止至2015年，我國審(鑒、認)定或登記的甘藍品種共計247個，其中大部分為一代雜種。近年來，市場上的甘藍品種不斷增多，種植面積不斷增大。但是，在市場上同名異物及同物異名的情況時有發生，甚至一些不合格種子混入市場帶來巨大的經濟損失，因此對品種進行快速準確鑒定對于假種辨別和解決產權糾紛具有重要作用。現行的植物新品種特異性、一致性和穩定性(DUS)測試主要依據行業標準考察品種的表型，但存在鑒定周期長、易受環境影響、測試性狀多等問題，給品種權糾紛、司法維權帶來困難。

隨著分子生物學的發展，分子標記技術的出現為品種鑒定提供了新的手段。分子標記技術具有周期短、不受環境影響、可進行高通量測試分析等優點，已經在品種鑒定、種子純度鑒定等方面得到廣泛應用。國際植物新品種保護聯盟(UPOV)于2010年發布了DNA分子標記選擇和數據庫構建指南(簡稱BMT指南)，指出SSR和SNP標記是特別適用于品種鑒定的方法。SSR標記具有多態性高、共顯性、實驗程序簡單、結果重復性好等優點，在甘藍品種鑒定中得到廣泛的應用。但利用SSR標記進行品種鑒定存在著SSR標記數量有限、檢測位點少，SSR位點存在一定的突變率、對變異反應比較敏感等缺點，而利用SNP標記構建的指紋庫則能克服這些問題。相對于傳統的SSR標記，SNP標記具有數量多、分布廣泛、穩定性高、易于快速且高通量分型的特點。常用的SNP檢測方法有基于DNA芯片技術、測序及競爭性等位基因特異性PCR等。DNA芯片技術是檢測SNP的最常用方法，但該方法的成本較高。KASP(Kompetitive Allele Specific PCR，即競爭性等位基因特異性PCR)技術是基于引物末端堿基的特異匹配來對SNP進行分型，該技術具有高度的穩定性與準確性，其檢測原理是：針對每個SNP位點設計兩條3’端堿基不同的等位基因正向引物與一條反向引物，兩條正向引物5’端分別連有序列不同的F標簽和H標簽，三種引物組成Primer Mix；設計熒光探針，F探針與F標簽序列一致，H探針與H標簽序列一致，F探針的5’端有一個FAM熒光基團，H探針的5’端有一個HEX熒光基團，相應于F探針和H探針，各設計一個3'端帶淬滅基團的淬滅探針，構成熒光引物；將DNA模板、Primer Mix、含有熒光引物的Master Mix混合后進行PCR；PCR反應1：變性模板與Primer Mix中相匹配的引物結合并退火，延伸后序列被加上了標簽序列；PCR反應2：等位基因特異性的末端序列的互補鏈合成；PCR反應3：特異序列對應的標簽隨PCR反應進行指數性增長，相應信號被檢測。相比于DNA芯片技術，利用KASP技術進行SNP檢測的成本較低，其成本與檢測的SNP位點數呈正相關。因此，基于KASP技術開發SNP標記進行品種鑒定，可大大提高鑒定效率。

發明內容

為滿足上述領域的需求，本發明提供一組基于KASP技術開發的用于甘藍雜交種鑒定的核心SNP標記，基于所述核心SNP標記，可實現對甘藍雜交種的高通量SNP分型檢測。

本發明基于KASP技術開發的用于甘藍雜交種鑒定的核心SNP標記，其特征在于，包含Bol01～Bol50SNP標記中的任意一種或更多種，或全部；所述Bol01～Bol50SNP標記的具體信息如表1所示：

表1.用于甘藍雜交種鑒定的核心SNP標記