[發明專利]塞尼卡谷病毒SVV/CH/NM/2016的全基因組序列及其擴增引物有效
| 申請號： | 201810030599.1 | 申請日： | 2018-01-12 |
| 公開（公告）號： | CN108085323B | 公開（公告）日： | 2019-09-20 |
| 發明（設計）人： | 陳君彥;王秀明;魏學峰;劉國英;關平原;陳九連;范秀麗;張燕紅;王云凌;張貴剛;王艷杰;張宸;劉建奇;武瑾賢;謝雪岑;杜宇榮 | 申請（專利權）人： | 金宇保靈生物藥品有限公司 |
| 主分類號： | C12N15/41 | 分類號： | C12N15/41;C12N15/11;C12N15/10;C07K14/085 |
| 代理公司： | 北京尚誠知識產權代理有限公司 11322 | 代理人： | 魯兵 |
| 地址： | 010030 內蒙古*** | 國省代碼： | 內蒙古;15 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 全基因組序列 病毒 核苷酸序列 擴增引物 分子流行病學 病毒致病 克隆測序 理論基礎 數據支持 疫苗研制 診斷試劑 遺傳學 擴增 拼接 校正 開發 研究 | ||
1.塞尼卡谷病毒SVV/CH/NM/2016的全基因組序列，其核苷酸序列如序列表中SEQ IDNo:1所示。
2.根據權利要求1所述的塞尼卡谷病毒SVV/CH/NM/2016的全基因組序列，其特征在于：塞尼卡谷病毒SVV/CH/NM/2016的開放閱讀框的核苷酸序列如序列表中SEQ ID No:1中自5’端第669bp-7211bp所示。
3.一種獲得權利要求1所述塞尼卡谷病毒SVV/CH/NM/2016全基因組序列的方法，包括以下步驟：
1)提取塞尼卡谷病毒SVV/CH/NM/2016 CGMCC 14885的總RNA；
2)以RNA為模板，在上述引物組合的引導下，用一步RT-PCR方法擴增塞尼卡谷病毒SVV/CH/NM/2016株全基因組的7個核苷酸序列片段：S1，長度為1195bp、S2，長度為1582bp、S3，長度為1386bp、S4，長度為1235bp、S5，長度為1458bp、S6，長度為1075bp和S7，長度為876bp；
3)將7個目的基因片段回收、連接、轉化，挑取陽性單克隆菌測序；
4)用生物信息學DNAStar軟件依次將步驟3)中得到的7個核苷酸序列片段的DNA序列的重疊部分進行拼接、編輯及校正，得到塞尼卡谷病毒SVV/CH/NM/2016的全基因組序列。
4.根據權利要求3所述的方法，其特征在于：所述步驟2)中的一步RT-PCR的50μL反應體系包括：總RNA 2μL，2×One Step RT-PCR BufferⅢ25μL，5U/μL的TaKaRa Ex Taq HS 1μL，PrimeScript RT enzyme MixⅡ1μL，20μM的上游引物1μL，20μM的下游引物1μL，無RNA酶水19μL。
5.根據權利要求3或4所述的方法，其特征在于：所述步驟2)中的一步RT-PCR反應程序為：先42℃反轉錄30min，再95℃預變性3min；然后94℃變性10s、50℃-60℃退火30s-60s、72℃延伸30s-120s，共35個循環；最后72℃延伸10min。
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