[發明專利]利用轉錄組數據獲取岷縣龍膽葉綠體基因組序列的方法在審
| 申請號： | 201810008272.4 | 申請日： | 2018-01-04 |
| 公開（公告）號： | CN110021356A | 公開（公告）日： | 2019-07-16 |
| 發明（設計）人： | 高慶波;遲曉峰;張發起;王文娟;陳世龍;李彥;王久利 | 申請（專利權）人： | 中國科學院西北高原生物研究所 |
| 主分類號： | G16B30/00 | 分類號： | G16B30/00 |
| 代理公司： | 暫無信息 | 代理人： | 暫無信息 |
| 地址： | 810008 青海省*** | 國省代碼： | 青海;63 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 葉綠體基因組 龍膽 轉錄組 比對 拼接 數據獲取 組裝 二代測序技術 比對數據庫 葉綠體基因 比對結果 參考序列 測序技術 序列組裝 原始數據 重要信息 龍膽屬 重疊區 測序 成環 首尾 過濾 排序 填補 檢查 開發 | ||
1.利用轉錄組數據獲取岷縣龍膽葉綠體基因組序列的方法，其特征在于，包括以下步驟：
利用高通量測序技術對岷縣龍膽葉片的轉錄組樣品進行測序，獲得原始數據；
過濾掉低質量數據，從而獲得轉錄組的有效數據；
從有效數據中篩選出能定位到參考葉綠體基因組上的機讀序列（reads）；
組裝所獲得的reads，構建疊連群（contigs）；
根據參考葉綠體基因組對疊連群進行排序以及進一步的拼接和組裝；
每拼接5—6kb，將新拼接的序列已知的眾多序列進行blast比對，以檢查所拼接的序列；
合并首尾序列的重疊部分，獲得環狀序列；
根據所存在的間隙（gap）兩端序列設計引物對gap進行PCR，通過末端終止測序法（即一代測序）獲得gap區序列以填補gap，從而獲得完整的葉綠體基因組序列。
2.根據權利要求1所述的利用轉錄組數據獲取岷縣龍膽葉綠體基因組序列的方法，其特征在于：步驟（1）不需要分離葉綠體，甚至不需要提取DNA，而是采用高通量雙末端測序方法對轉錄組進行建庫測序。
3.根據權利要求1所述的利用轉錄組數據獲取岷縣龍膽葉綠體基因組序列的方法，其特征在于：步驟（3）中所用參考葉綠體基因組為岷縣龍膽的近緣物種的葉綠體基因組，即已知的龍膽科植物葉綠體基因組。
4.根據權利要求1所述的利用轉錄組數據獲取岷縣龍膽葉綠體基因組序列的方法，其特征在于：步驟（6）可以判斷組裝質量。
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