[發明專利]用于檢測循環腫瘤DNA的組合物和方法

有效

• 申請號: 201780087387.0
• 申請日: 2017-12-27
• 公開（公告）號: CN110741096B
• 公開（公告）日: 2023-07-14
• 發明（設計）人: S·阿納;T·安格羅尼
• 申請（專利權）人: 奎斯特診斷投資有限責任公司
• 主分類號: C12Q1/6853
• 分類號: C12Q1/6853;C12Q1/6844
• 代理公司: 北京坤瑞律師事務所 11494
• 代理人: 封新琴

本技術提供了多核苷酸組合物和使用其檢測患者體內循環腫瘤DNA(ctDNA)的方法。還提供了用于實踐所述方法的試劑盒。

相關申請的交叉引用

本申請要求2016年12月28日美國臨時專利申請案號62/439,574的權益和優先權，其公開內容通過引用以其整體并入本文。

技術領域

本技術涉及多核苷酸銜接子組合物和使用其檢測樣品(如例如從受試者中獲得的無細胞核酸樣品)中循環腫瘤DNA(ctDNA)的方法。還提供了用于實踐所述方法的試劑盒。

背景技術

下文提供對本技術背景的說明僅僅是為了幫助理解本技術，并且不承認該說明描述或構成本技術的現有技術。

腫瘤不斷地使DNA流入循環(ctDNA)，所述DNA在循環中容易獲得(Stroun等人,EurJ?Cancer?Clin?Oncol?23:707-712(1987))。對這種癌癥衍生的無細胞DNA(cfDNA)的分析具有徹底變革癌癥檢測、腫瘤基因分型和疾病監測的潛力。例如，對于實體瘤，通過液體活組織檢查非侵入性地獲得腫瘤衍生的DNA特別具有吸引力。然而，在大多數早期實體瘤和許多晚期實體瘤中，ctDNA血液水平極低(Bettegowda,C.等人,Sci.Transl.Med.6:224ra24(2014)；Newman,A.M.等人,Nat.Med.20:548–554(2014))，因此使ctDNA檢測和分析復雜化。有幾個因素影響ctDNA檢測限，但是cfDNA分子的回收和文庫制備及測序過程中引入的非生物學錯誤限制了分析靈敏度，并且繼續代表超靈敏ctDNA譜分析的主要障礙。

因此，需要更靈敏和高通量的方法來檢測和監測癌癥患者中腫瘤衍生的核酸。

本技術內容

本文公開的方法和多核苷酸銜接子組合物涉及衍生自被診斷患有或疑似患有癌癥的受試者的樣品中存在的ctDNA中的突變的檢測。預期本文公開的方法允許對一個或多個癌癥相關基因(包括但不限于ALK、BRAF、EGFR、ERBB2、KIT、KRAS、MET、NRAS、NTRK1、PIK3CA、ROS1和RET)的外顯子和/或內含子中的各靶核酸序列中的ctDNA突變進行快速和靈敏檢測以及譜分析。本文公開的方法提供了使用檢測限的精確分析模型實現的超靈敏ctDNA譜分析的框架。對于DNA含量有限的樣品，這些品質改善了先前方法的檢測限。

在一個方面，本公開提供了包含第一寡核苷酸鏈和第二寡核苷酸鏈的核酸銜接子，其中(a)第一寡核苷酸鏈(i)包含第一近端區和第一遠端區，其中第一近端區包含第一獨特分子標識符序列和具有序列5'TGACT?3'(SEQ?ID?NO:__)的第一間隔區序列，其中第一間隔區序列位于第一獨特分子標識符序列的3'處；(ii)不包含簡并或半簡并序列；(b)第二寡核苷酸鏈(i)包含第二近端區和第二遠端區，其中第二近端區包含第二獨特分子標識符序列和具有序列5'GTCA?3'(SEQ?ID?NO:__)的第二間隔區序列，其中間隔區序列位于第二獨特分子標識符的5'處；(ii)不包括簡并或半簡并序列；(c)第一寡核苷酸鏈的第一近端區域與第二寡核苷酸鏈的第二近端區域雜交；并且(d)第一寡核苷酸鏈的第一遠端區域不與第二寡核苷酸鏈的第二遠端區域雜交。在所述核酸銜接子的一些實施方案中，位于第一間隔區序列的3'端的“T”核苷酸含有硫代磷酸酯鍵。