[發(fā)明專利]用于分析相聯(lián)系核酸的試劑和方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201780087136.2
• 申請日: 2017-12-19
• 公開（公告）號: CN110536967B
• 公開（公告）日: 2021-11-16
• 發(fā)明（設計）人: 盧卡斯·布朗東·埃德爾曼
• 申請（專利權）人: CS遺傳學有限公司
• 主分類號: C12Q1/6827
• 分類號: C12Q1/6827;C12Q1/6809
• 代理公司: 北京集佳知識產權代理有限公司 11227
• 代理人: 鄭斌;劉振佳

1.對包含循環(huán)微粒之樣品中的基因組DNA進行測序的方法，其中所述循環(huán)微粒是膜囊泡，其中所述循環(huán)微粒包含至少兩個基因組DNA片段，并且其中所述方法包括：

(a)制備用于測序的樣品，其包括將所述至少兩個基因組DNA片段中的至少兩個附接至條碼序列或條碼序列組的不同條碼序列，以產生至少兩個相聯(lián)系基因組DNA片段的組；以及

(b)對所述組中每個相聯(lián)系片段進行測序以產生至少兩個相聯(lián)系的序列讀取。

2.權利要求1所述的方法，其中將所述循環(huán)微粒的至少3個、至少4個、至少5個、至少10個、至少50個、至少100個、至少500個、至少1000個、至少5000個、至少10,000個、至少100,000個、或至少1,000,000個基因組DNA片段相聯(lián)系，并隨后進行測序以產生至少3個、至少4個、至少5個、至少10個、至少50個、至少100個、至少500個、至少1000個、至少5000個、至少10,000個、至少100,000個、或至少1,000,000個相聯(lián)系的序列讀取。

3.權利要求1或權利要求2所述的方法，其中所述循環(huán)微粒的直徑為100至5000nm。

4.權利要求1或權利要求2中任一項所述的方法，其中所述相聯(lián)系基因組DNA片段源自單個基因組DNA分子。

5.權利要求1或權利要求2中任一項所述的方法，其中所述方法還包括估計或確定所述相聯(lián)系基因組DNA片段的基因組序列長度。

6.權利要求1或權利要求2中任一項所述的方法，其中所述方法還包括從血液、血漿或血清中分離所述循環(huán)微粒的步驟。

7.權利要求6所述的方法，其中所述分離步驟包含離心。

8.權利要求6所述的方法，其中所述分離步驟包含尺寸排阻色譜法。

9.權利要求6所述的方法，其中所述分離步驟包含過濾。

10.權利要求1、2和7至9中任一項所述的方法，其中所述樣品包含第一和第二循環(huán)微粒，其中每個循環(huán)微粒是膜囊泡，其中每個循環(huán)微粒包含至少兩個基因組DNA片段，并且其中所述方法包括進行步驟(a)以產生所述第一循環(huán)微粒的第一組相聯(lián)系基因組DNA片段和所述第二循環(huán)微粒的第二組相聯(lián)系基因組DNA片段，以及進行步驟(b)以產生所述第一循環(huán)微粒的第一組相聯(lián)系序列讀取和所述第二循環(huán)微粒的第二組相聯(lián)系序列讀取。

11.權利要求1、2和7至9中任一項所述的方法，其中所述樣品包含n個循環(huán)微粒，其中每個循環(huán)微粒是膜囊泡，其中每個循環(huán)微粒包含至少兩個基因組DNA片段，并且其中所述方法包括進行步驟(a)以產生n組相聯(lián)系基因組DNA片段，所述n個循環(huán)微粒中的每一個一組，并且進行步驟(b)以產生n組相聯(lián)系的序列讀取，所述n個循環(huán)微粒中的每一個一組。

12.權利要求11所述的方法，其中n是至少3個、至少5個、至少10個、至少50個、至少100個、至少1000個、至少10,000個、至少100,000個、至少1,000,000個、至少10,000,000個、或至少100,000,000個循環(huán)微粒。

13.權利要求10所述的方法，其中在步驟(a)之前，所述方法還包括將所述樣品分配到至少兩個不同反應體積中的步驟。

14.制備用于測序之樣品的方法，其中所述樣品包含循環(huán)微粒，其中所述循環(huán)微粒是膜囊泡，其中所述循環(huán)微粒包含至少兩個基因組DNA片段，并且其中所述方法包括將所述循環(huán)微粒的至少兩個基因組DNA片段附接至條碼序列或條碼序列組的不同條碼序列，以產生相聯(lián)系基因組DNA片段的組。