[發明專利]用于加工多核苷酸的方法和系統

在審

• 申請號: 201780084495.2
• 申請日: 2017-12-22
• 公開（公告）號: CN110214193A
• 公開（公告）日: 2019-09-06
• 發明（設計）人: 菲利普·貝爾格萊德;扎迦利·本特;維賈伊·庫馬爾·斯里尼瓦薩·高普蘭;約瑟芬·哈拉達;克里斯多佛·辛德森;穆罕默德·拉希米倫吉;杰弗里·麥克德莫特;埃利奧特·米爾;塔爾耶伊·西格德·米克爾森;克里斯多佛·喬金·奧基夫;凱瑟琳·法伊弗;安德魯·D·普萊斯;保羅·雷夫金;瑟奇·薩克森諾夫;約翰·R·史圖爾普納格;杰西卡·米歇爾·特里
• 申請（專利權）人: 10X基因組學有限公司
• 主分類號: C12Q1/6811
• 分類號: C12Q1/6811;C12Q1/6806;C12Q1/6869;C12Q1/6874;C12Q1/6886;C12Q1/6883;C12N15/10
• 代理公司: 北京安信方達知識產權代理有限公司 11262
• 代理人: 賀淑東

1.一種用于分析物表征的方法，所述方法包括：

(a)提供多個分區，其中所述多個分區的給定分區包含偶聯至珠粒和多種分析物的多個條形碼分子，其中(i)所述多個條形碼分子的第一單個條形碼分子包含第一核酸條形碼序列并且能夠偶聯至所述多種分析物的第一分析物；并且(ii)所述多個帶條形碼分子的第二單個條形碼分子包含第二核酸條形碼序列并且能夠偶聯至所述多種分析物的第二分析物，其中所述第一分析物和所述第二分析物是不同類型的分析物；以及

(b)在所述給定分區中，(i)將所述第一單個條形碼分子偶聯至所述第一分析物并合成第一核酸分子，所述第一核酸分子包含所述第一核酸條形碼序列或其互補序列的至少一部分和所述第一分析物或其互補序列的序列；以及(ii)將所述第二單個條形碼分子偶聯至所述第二分析物并合成第二核酸分子，所述第二核酸分子包含所述第二核酸條形碼序列或其互補序列的至少一部分和所述第二分析物或其互補序列的序列。

2.如權利要求1所述的方法，其還包括從所述給定分區除去所述第一核酸分子和所述第二核酸分子或所述第一核酸分子或所述第二核酸分子的衍生物。

3.如權利要求1所述的方法，其中，在(a)之后，所述第一單個條形碼分子或所述第二單個條形碼分子從所述珠粒釋放。

4.如權利要求1所述的方法，其還包括對所述第一核酸分子和所述第二核酸分子或所述第一核酸分子或所述第二核酸分子的衍生物進行測序以表征所述第一分析物或所述第二分析物。

5.如權利要求4所述的方法，其還包括基于來自所述測序的所述第一分析物或所述第二分析物的表征重復(a)-(c)。

6.如權利要求4所述的方法，其還包括基于在重復(a)-(c)時從所述測序或隨后測序獲得的所述第一分析物或所述第二分析物的表征來選擇所述第一分析物或所述第二分析物。

7.如權利要求1所述的方法，其中所述第一單個條形碼分子或所述第二單個條形碼分子包含獨特分子標識(UMI)序列。

8.如權利要求1所述的方法，其中所述第一分析物是核酸分子。

9.如權利要求8所述的方法，其中所述核酸分子是基因組脫氧核糖核酸(gDNA)。

10.如權利要求8所述的方法，其中所述核酸分子是信使RNA(mRNA)。

11.如權利要求1所述的方法，其中所述第一分析物是能夠與蛋白質偶聯的標記劑。

12.如權利要求11所述的方法，其中所述蛋白質是細胞的細胞表面特征。

13.如權利要求11所述的方法，其中所述蛋白質是細胞的細胞內蛋白質。

14.如權利要求11所述的方法，其中所述細胞表面特征選自由以下組成的組：受體、抗原、表面蛋白、跨膜蛋白、分化蛋白簇、蛋白質通道、蛋白質泵、載體蛋白、磷脂、糖蛋白、糖脂、細胞-細胞相互作用蛋白復合物、抗原呈遞復合物、主要組織相容性復合物、T細胞受體、B細胞受體、嵌合抗原受體、間隙連接和粘附連接。

15.如權利要求11所述的方法，其中所述第一單個條形碼分子或所述第二單個條形碼分子能夠經由所述標記劑的第三核酸分子與所述標記劑偶聯。

16.如權利要求11所述的方法，其中所述標記劑包括蛋白質、抗體、抗體片段、主要組織相容性復合物(MHC)分子或小分子。

17.如權利要求16所述的方法，其中所述標記劑包含多個MHC分子。