[發明專利]通過細菌宏基因組分析來診斷結腸癌的方法

在審

• 申請號: 201780081381.2
• 申請日: 2017-12-27
• 公開（公告）號: CN110382720A
• 公開（公告）日: 2019-10-25
• 發明（設計）人: 金潤根
• 申請（專利權）人: MD保健株式會社
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886
• 代理公司: 上海勝康律師事務所 31263
• 代理人: 李獻忠;張靜

1.一種為結腸腫瘤診斷提供信息的方法，該方法包括以下過程：

(a)從分離自受試者樣品的細胞外囊泡中提取DNA；

(b)使用具有SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2的成對的引物對所提取的所述DNA進行聚合酶鏈式反應(PCR)；以及

(c)通過對所述PCR的產物進行測序，比較來源于正常個體的樣品和來源于結腸癌患者的樣品之間的來源于細菌的細胞外囊泡的含量增加或減少，

通過對所述PCR的產物進行測序，比較來源于結腸息肉患者的樣品和來源于結腸癌患者的樣品之間的來源于細菌的細胞外囊泡的含量增加或減少，或者

通過對所述PCR的產物進行測序，比較來源于正常個體的樣品和來源于結腸息肉患者的樣品之間的來源于細菌的細胞外囊泡的含量增加或減少。

2.根據權利要求1所述的方法，其中，在過程(c)中，經由通過對所述PCR的產物進行測序，比較來源于正常個體的樣品和來源于結腸癌患者的樣品之間的來源于細菌的細胞外囊泡的含量增加或減少來診斷結腸癌。

3.根據權利要求2所述的方法，其中，所述比較包括比較：

來源于選自由脫鐵桿菌門(Deferribacteres)、柔膜菌門(Tenericutes)、放線菌門(Actinobacteria)、酸桿菌門(Acidobacteria)、裝甲菌門(Armatimonadetes)、浮霉菌門(Planctomycetes)、梭桿菌門(Fusobacteria)、變形菌門(Proteobacteria)、和廣古菌門(Euryarchaeota)組成的群組中的一種或多種細菌的細胞外囊泡的含量增加或減少；

來源于選自由脫鐵桿菌綱(Deferribacteres)、柔膜細菌綱(Mollicutes)、4C0d-2綱、芽孢桿菌綱(Bacilli)、α-變形菌綱(Alphaproteobacteria)、腐生螺旋體菌綱(Saprospirae)、Fimbriimonadia菌綱、酸桿菌-6綱(Acidobacteria-6)、索利氏菌綱(Solibacteres)、紅蝽菌綱(Coriobacteriia)、顫藻亞綱(Oscillatoriophycideae)、梭桿菌綱(Fusobacteriia)、γ-變形菌綱(Gammaproteobacteria)、梭菌綱(Clostridia)、和甲烷桿菌綱(Methanobacteria)組成的群組中的一種或多種細菌的細胞外囊泡的含量增加或減少；

來源于選自由RF32目、YS2目、脫鐵桿菌目(Deferribacterales)、蘇黎世桿菌目(Turicibacterales)、RF39目、海洋螺菌目(Oceanospirillales)、根瘤菌目(Rhizobiales)、乳桿菌目(Lactobacillales)、紅桿菌目(Rhodobacterales)、腐生螺旋體菌目(Saprospirales)、鞘脂單胞菌目(Sphingomonadales)、Fimbriimonadales菌目、iii1-15目、索利氏菌目(Solibacterales)、紅蝽菌目(Coriobacteriales)、色球藻目(Chroococcales)、梭桿菌目(Fusobacteriales)、蛭弧菌目(Bdellovibrionales)、脫硫桿菌目(Desulfobacterales)、不等鞭毛目(Stramenopiles)、假單胞菌目(Pseudomonadales)、梭菌目(Clostridiales)、脫硫弧菌目(Desulfovibrionales)和甲烷桿菌目(Methanobacteriales)組成的群組中的一種或多種細菌的細胞外囊泡的含量增加或減少；

來源于選自由消化球菌科(Peptococcaceae)、脫鐵桿菌科(Deferribacteraceae)、蘇黎世桿菌科(Turicibacteraceae)、鹽單胞菌科(Halomonadaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、消化鏈球菌科(Peptostreptococcaceae)、紅桿菌科(Rhodobacteraceae)、類諾卡氏菌科(Nocardioidaceae)、鞘脂單胞菌科(Sphingomonadaceae)、巴爾通體科(Bartonellaceae)、纖維素單胞菌科(Cellulomonadaceae)、乳酸桿菌科(Lactobacillaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、Fimbriimonadaceae菌科、皮生球菌科(Dermacoccaceae)、纖毛菌科(Leptotrichiaceae)、紅蝽菌科(Coriobacteriaceae)、異球藻科(Xenococcaceae)、氣單胞菌科(Aeromonadaceae)、地嗜皮菌科(Geodermatophilaceae)、蛭弧菌科(Bdellovibrionaceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、假單胞菌科(Pseudomonadaceae)、鏈球菌科(Streptococcaceae)、韋榮氏球菌科(Veillonellaceae)、擬桿菌科(Bacteroidaceae)、氣球菌科(Aerococcaceae)、叢毛單胞菌科(Comamonadaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、棒狀桿菌科(Corynebacteriaceae)、戈登氏菌科(Gordoniaceae)、分枝桿菌科(Mycobacteriaceae)、脫硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)、產堿桿菌科(Alcaligenaceae)、巴恩斯氏菌科(Barnesiellaceae)、甲烷桿菌科(Methanobacteriaceae)和理研菌科(Rikenellaceae)組成的群組中的一種或多種細菌的細胞外囊泡的含量增加或減少；或者

來源于選自由rc4-4屬、變形菌屬(Proteus)、鏈型桿菌屬(Catenibacterium)、Mucispirillum菌屬、真桿菌屬(Eubacterium)、蘇黎世桿菌屬(Turicibacter)、差異球菌屬(Alloiococcus)、嗜鹽單胞菌屬(Halomonas)、普雷沃菌屬(Prevotella)、小桿菌屬(Dialister)、厭氧棒狀菌屬(Anaerostipes)、SMB53屬、糞便桿菌屬(Faecalibacterium)、布勞特氏菌屬(Blautia)、碳酸噬胞菌屬(Capnocytophaga)、鞘氨醇單胞菌屬(Sphingomonas)、乳酸桿菌屬(Lactobacillus)、Fimbriimonas菌屬、皮生球菌屬(Dermacoccus)、無色桿菌屬(Achromobacter)、新鞘氨醇桿菌屬(Novosphingobium)、纖毛菌屬(Sneathia)、土壤桿菌屬(Agrobacterium)、芽單胞菌屬(Blastomonas)、蛭弧菌屬(Bdellovibrio)、Alkanindiges菌屬、玫瑰色半光合菌屬(Roseateles)、沙特爾沃思菌屬(Shuttleworthia)、根瘤菌屬(Rhizobium)、摩根氏菌屬(Morganella)、不動桿菌屬(Acinetobacter)、假單胞菌屬(Pseudomonas)、腸球菌屬(Enterococcus)、乳球菌屬(Lactococcus)、糞球菌屬(Coprococcus)、擬桿菌屬(Bacteroides)、多爾氏菌屬(Dorea)、鏈球菌屬(Streptococcus)、毛螺旋菌屬(Lachnospira)、瘤胃球菌屬(Ruminococcus)、棒狀桿菌屬(Corynebacterium)、叢毛單胞菌屬(Comamonas)、戈登氏菌屬(Gordonia)、帕拉普氏菌屬(Paraprevotella)、分枝桿菌屬(Mycobacterium)、羅斯氏菌屬(Roseburia)、史雷克氏菌屬(Slackia)、埃希氏菌屬(Escherichia)、考拉桿菌屬(Phascolarctobacterium)、薩特氏菌屬(Sutterella)、枝芽孢菌屬(Virgibacillus)、埃格特菌屬(Eggerthella)、檸檬酸桿菌屬(Citrobacter)、玫瑰單胞菌屬(Roseomonas)、沙雷菌屬(Serratia)、甲烷短桿菌屬(Methanobrevibacter)和嗜膽菌屬(Bilophila)組成的群組中的一種或多種細菌的細胞外囊泡的含量增加或減少。