[發明專利]腫瘤相關抗原表位的小型生物群序列變體

在審

• 申請號: 201780075898.0
• 申請日: 2017-10-09
• 公開（公告）號: CN110049774A
• 公開（公告）日: 2019-07-23
• 發明（設計）人: L·錢;C·門迪茲;C·伯尼;F·斯特羅茲;A·西爾維諾
• 申請（專利權）人: 恩特羅姆公司
• 主分類號: A61K39/00
• 分類號: A61K39/00;G01N33/574;G01N33/68;A61P35/00
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 張全信;董志勇

1.一種鑒定腫瘤相關抗原表位序列的小型生物群序列變體的方法，所述方法包括以下步驟：

(i)選擇感興趣的腫瘤相關抗原，

(ii)鑒定選自步驟(i)中的所述腫瘤相關抗原中包括的至少一個表位并確定其序列，和

(iii)鑒定步驟(ii)中鑒定的所述表位序列的至少一種小型生物群序列變體。

2.根據權利要求1所述的方法，其中所述小型生物群序列變體是人小型生物群序列變體，并且其中所述腫瘤相關抗原是人腫瘤相關抗原。

3.根據權利要求1或2所述的方法，其中所述小型生物群序列變體選自細菌序列變體、古細菌序列變體、原生生物序列變體、真菌序列變體和病毒序列變體。

4.根據權利要求3所述的方法，其中所述小型生物群序列變體是細菌序列變體或古細菌序列變體。

5.根據權利要求1–4中任一項所述的方法，其中所述小型生物群序列變體是腸道的小型生物群序列變體。

6.根據權利要求5所述的方法，其中所述小型生物群序列變體是腸道細菌序列變體。

7.根據權利要求1–6中任一項所述的方法，其中所述小型生物群序列變體是肽。

8.根據權利要求7所述的方法，其中所述肽具有8-12個氨基酸，優選地8-10個氨基酸的長度。

9.根據權利要求1–8中任一項所述的方法，其中所述小型生物群序列變體與所述腫瘤相關抗原表位序列共享至少70％、優選地至少75％的序列同一性。

10.根據權利要求7–9中任一項所述的方法，其中所述小型生物群序列變體的核心序列與所述腫瘤相關抗原表位序列的核心序列同一，其中所述核心序列由除了3個最N端和3個最C端氨基酸以外的所有氨基酸組成。

11.根據權利要求1–10中任一項所述的方法，其中在步驟(ii)中鑒定的所述腫瘤相關抗原表位可以與MHC I結合。

12.根據權利要求1–11中任一項所述的方法，其中在步驟(iii)中的所述小型生物群序列變體基于小型生物群數據庫鑒定。

13.根據權利要求12所述的方法，其中所述小型生物群數據庫包括多個個體的小型生物群數據。

14.根據權利要求12所述的方法，其中所述小型生物群數據包括單個個體的小型生物群數據，而不是多個個體的小型生物群數據。

15.根據權利要求12–14中任一項所述的方法，其中步驟(iii)包括下面的子步驟：

(iii-a)任選地，從(a)單個個體或多個個體的樣品中鑒定小型生物群蛋白質序列或核酸序列，

(iii-b)編譯包含單個個體或多個個體的小型生物群蛋白質序列或核酸序列的數據庫，和

(iii-c)鑒定在步驟(iii-b)中編譯的數據庫中在步驟(ii)中鑒定的表位序列的至少一種小型生物群序列變體。

16.根據權利要求15所述的方法，其中步驟(iii-a)中的所述樣品是糞便樣品。

17.根據權利要求1-16中任一項所述的方法，其中所述方法進一步包括以下步驟：

(iv)測試至少一種小型生物群序列變體與MHC分子，特別是MHC I分子的結合，并獲得結合親和力。

18.根據權利要求17所述的方法，其中步驟(iv)進一步包括測試所述(各自的參考)表位與MHC分子，特別是MHC I分子的結合，并獲得結合親和力。