[發(fā)明專利]預(yù)測(cè)抗癌途徑的驗(yàn)證

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201780071413.0
• 申請(qǐng)日: 2017-11-09
• 公開（公告）號(hào): CN110168646A
• 公開（公告）日: 2019-08-23
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: K·尼亞齊;S·拉比扎黛斯;N·J·維奇
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 南特生物科學(xué)公司;河谷控股IP有限責(zé)任公司
• 主分類號(hào): G16B5/00
• 分類號(hào): G16B5/00
• 代理公司: 北京潤(rùn)平知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11283
• 代理人: 陳靜;劉依云

本發(fā)明提供了一種用數(shù)字計(jì)算機(jī)驗(yàn)證受試者實(shí)體腫瘤中途徑的預(yù)測(cè)途徑活性的方法，該方法包括：a)從受試者獲得腫瘤相關(guān)樣品；b)從(a)中獲得的腫瘤相關(guān)樣品中獲取組學(xué)數(shù)據(jù)；c)將在(b)中獲得的組學(xué)數(shù)據(jù)應(yīng)用于帶有途徑分析引擎編程的數(shù)字計(jì)算機(jī)中，所述途徑分析引擎被配置為在計(jì)算機(jī)中產(chǎn)生預(yù)測(cè)的腫瘤細(xì)胞途徑活性，以提供有效治療受試者的腫瘤的一種或多種藥學(xué)活性抗癌化合物的預(yù)測(cè)；d)從受試者獲得富集的活腫瘤細(xì)胞，并使富集的活腫瘤細(xì)胞訪問與至少一種已知的與(c)預(yù)測(cè)的一種或多種腫瘤細(xì)胞途徑的途徑元素相互作用的藥學(xué)活性化合物，以測(cè)試所述至少一種藥學(xué)活性化合物相對(duì)于受試者的富集的活腫瘤細(xì)胞的抗癌活性。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明的領(lǐng)域是驗(yàn)證基于基因組和/或組學(xué)(omics)信息進(jìn)行的預(yù)測(cè)藥物反應(yīng)的系統(tǒng)和方法。

背景技術(shù)

背景描述包括可用于理解本發(fā)明的信息。并不承認(rèn)本文提供的任何信息是現(xiàn)有技術(shù)或與當(dāng)前要求保護(hù)的發(fā)明相關(guān)，或者具體或隱含地引用的任何出版物是現(xiàn)有技術(shù)。

本文中的所有出版物和專利申請(qǐng)均通過引用并入，其程度如同每個(gè)單獨(dú)的出版物或?qū)＠暾?qǐng)被具體和單獨(dú)地指出通過引用并入。如果并入的引用中術(shù)語的定義或用法與本文提供的術(shù)語的定義不一致或相反，則適用該術(shù)語在本文中的定義，并且該術(shù)語在該引用中的定義不適用。

用于預(yù)測(cè)抗癌療法中抗癌藥物成功的途徑的計(jì)算建模的各種系統(tǒng)和方法是本領(lǐng)域已知的。例如，使用基因組模型上的數(shù)據(jù)整合的途徑識(shí)別算法(PARADIGM)(Vaske等，US20120041683和Vaske等，US20120158391)和Drug Intervention Response Predictionswith PARADIGM(DIRPP)(Brubaker et al,2014,Pac Symp Biocomput.:125–135and VaskeCJ,et al.2010,Bioinf.26:i237–i247)是使用組學(xué)數(shù)據(jù)來計(jì)算細(xì)胞中的信號(hào)傳導(dǎo)途徑應(yīng)用的生物信息學(xué)系統(tǒng)。PARADIGM還旨在評(píng)估藥物在特定情況下有效的可能性。DIRPP代表了將PARADIGM用于計(jì)算機(jī)(in silico)藥物敏感性預(yù)測(cè)的特定任務(wù)的一種方法。這是當(dāng)前研究的一個(gè)非?；钴S的領(lǐng)域，其他研究小組已經(jīng)發(fā)表了其他關(guān)于抗癌藥物敏感性的概率預(yù)測(cè)方法。例如，Costello et al，2014，Nature Biotechnology，32(12)：1202-1212報(bào)道了一項(xiàng)研究，該研究比較了多個(gè)研究組采用不同方法預(yù)測(cè)乳腺癌細(xì)胞系藥物敏感性的強(qiáng)度。

分析和預(yù)測(cè)性組學(xué)分析方法，例如PARADIGM，用于標(biāo)記從受試者(例如，個(gè)體癌癥患者)獲得的癌細(xì)胞類型，或多或少可能對(duì)給定的抗癌療法敏感，并且識(shí)別癌細(xì)胞中的遺傳參數(shù)可能有助于確定特定癌癥可能的藥物反應(yīng)。然而，應(yīng)該清楚的是，這些方法是概率性的，并沒有得到真實(shí)世界臨床數(shù)據(jù)的驗(yàn)證。

因此，本領(lǐng)域仍需要通過用關(guān)于受試癌細(xì)胞對(duì)特定抗癌治療方法和/或媒介(agents)的響應(yīng)的臨床數(shù)據(jù)驗(yàn)證先前的概率方法來進(jìn)一步改進(jìn)針對(duì)個(gè)體受試者和癌癥類型的抗癌療法的優(yōu)化方法。

發(fā)明內(nèi)容

因此，本發(fā)明提供了用于驗(yàn)證個(gè)體受試者中存在的癌細(xì)胞的預(yù)測(cè)藥物敏感性或治療方案選擇的方法。特別地，本發(fā)明提供了一種用數(shù)字計(jì)算機(jī)驗(yàn)證受試者的實(shí)體腫瘤中的途徑的預(yù)測(cè)途徑活性的方法，該方法包括：

a)從受試者獲得腫瘤相關(guān)樣品；

b)從(a)中獲得的腫瘤相關(guān)樣品中獲取組學(xué)數(shù)據(jù)；

c)將在(b)中獲得的組學(xué)數(shù)據(jù)應(yīng)用于帶有途徑分析引擎編程的數(shù)字計(jì)算機(jī)中，所述途徑分析引擎被配置為在計(jì)算機(jī)中產(chǎn)生預(yù)測(cè)的腫瘤細(xì)胞途徑活性，以提供有效治療受試者的腫瘤的一種或多種藥學(xué)活性抗癌化合物的預(yù)測(cè)；