[發明專利]基于具有嵌入糾錯機制的偽彩色條形碼的分子靶的順序探測

在審

• 申請號: 201780061639.2
• 申請日: 2017-08-01
• 公開（公告）號: CN109804084A
• 公開（公告）日: 2019-05-24
• 發明（設計）人: 龍·蔡;黃志發;希爾·沙哈
• 申請（專利權）人: 加州理工學院
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;G01N21/64
• 代理公司: 北京安信方達知識產權代理有限公司 11262
• 代理人: 王瑋瑋;鄭霞

1.一種為分子靶加條形碼的方法，包括：

識別生物樣品中的N個分子靶，其中所述N個分子靶是被固定的；

經由n個順序加條形碼輪次(其中n≥2)使獨特條形碼與每個分子靶締合，其中每個加條形碼輪次包括探針共同地與所述N個分子靶結合的m個連續雜交(其中m≥2)，其中每個連續雜交包括：

使一個或更多個組的探針與所述N個分子靶的子集接觸，探針的總組數對應于所述子集中分子靶的數目，其中每組中的探針包含特異性靶向所述子集中的一個分子靶的一個或更多個結合序列，其中每個探針能夠生成表示所述探針與所述子集中的一個分子靶的結合的至少一個可檢測視覺信號，并且其中所述一個或更多個組中的探針生成對應于所述子集中的分子靶的數目的一個或更多個不同的可檢測視覺信號；

檢測反映所述一個或更多個組的探針和所述N個分子靶的子集之間的結合的可檢測視覺信號；和

當適用時，在下一次連續雜交之前去除所述視覺信號；

其中每個分子靶的獨特條形碼由n個分量組成，每個分量由S個獨特符號指定，其中S是等于或大于的整數；和

任選地，在兩個加條形碼輪次之間移除探針。

2.根據權利要求1所述的方法，其中檢測所述可檢測視覺信號包括：

對于每個連續雜交輪次，捕獲反映所述一個或更多個組的探針和所述N個分子靶的子集之間的結合的可檢測視覺信號的圖像。

3.根據權利要求1或權利要求2所述的方法，還包括：

對于每個加條形碼輪次，通過疊加對應于m個連續雜交的m個圖像來生成復合圖像，其中所述m個圖像基于一個或更多個對準參考來對準，所述對準參考的位置相對于所述生物樣品保持恒定。

4.根據權利要求1-3中的任一項所述的方法，還包括：

應用高斯分析對圖像中的所述可檢測視覺信號進行超定位。

5.根據權利要求1-4中的任一項所述的方法，還包括：

基于所述N個分子靶的獨特條形碼和所述S個獨特符號，解碼每個復合圖像中的所述可檢測視覺信號。

6.根據權利要求1-5中的任一項所述的方法，還包括：

檢測與一個或更多個對準參考相關聯的參考視覺信號。

7.根據權利要求1-6中任一項所述的方法，其中所述一個或更多個對準參考包括選自由以下組成的組中的一種或更多種：固定在蓋玻片上并由互補寡核苷酸檢測的寡核苷酸序列、嵌入所有探針中的共同序列、顯微對象、金屬珠、金珠、聚苯乙烯珠、初級結合探針上的PCR處理序列及其組合。

8.根據權利要求1-7中任一項所述的方法，其中所述n個順序加條形碼輪次包括用于糾錯的x輪，其中x是等于或大于1的整數；并且其中為N個分子靶的每一個分配獨特條形碼需要S個獨特符號，其中S是等于或大于的整數。

9.根據權利要求1-8中任一項所述的方法，其中所述生物樣品包括組織樣品、細胞樣品、細胞提取物樣品、核酸樣品、RNA轉錄物樣品、蛋白質樣品、mRNA樣品、DNA分子、蛋白質分子、RNA和DNA同種型分子、單核苷酸多態性分子或其組合。

10.根據權利要求1-9中的任一項所述的方法，還包括：

通過使所述生物樣品與特異性結合次級分子靶的分子接觸，確定與所述N個分子靶相締合的次級分子靶。

11.根據權利要求1-10中任一項所述的方法，其中所述次級分子靶包括選自由以下組成的組的一種：RNA結合蛋白分子、核糖體、DNA結合蛋白分子、轉錄因子、染色質結合蛋白、蛋白結合分子、支架蛋白及其組合。