[發明專利]用于檢測尋常型間質性肺炎的方法和系統

在審

• 申請號: 201780055050.1
• 申請日: 2017-09-06
• 公開（公告）號: CN109689892A
• 公開（公告）日: 2019-04-26
• 發明（設計）人: G·C·肯尼迪;黃靜;Y·崔;丹尼爾·潘克拉茨;帕特里克·肖恩·沃爾什
• 申請（專利權）人: 威拉賽特公司
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883;G16B40/00
• 代理公司: 北京安信方達知識產權代理有限公司 11262
• 代理人: 賀淑東

1.一種檢測肺組織樣品是尋常型間質性肺炎(UIP)陽性還是非尋常型間質性肺炎(非UIP)陽性的方法，包括：

(a)測定受試者的測試樣品中第一組轉錄物和第二組轉錄物中每一者的表達水平，其中所述第一組轉錄物包括對應于在UIP中超表達并在表1和/或表15中列出的任一基因的一個或多個序列，而所述第二組轉錄物包括對應于在UIP中低表達并在表1和/或表15中列出的任一基因的一個或多個序列；以及

(b)將所述第一組轉錄物和所述第二組轉錄物中每一者的表達水平與相應轉錄物的參考表達水平進行比較，以便(1)如果相比于所述參考表達水平，存在(i)對應于所述第一組的表達水平的升高和/或(ii)對應于所述第二組的表達水平的降低，則將所述肺組織分類為尋常型間質性肺炎(UIP)，或者(2)如果相比于所述參考表達水平，存在(i)對應于所述第二組的表達水平的升高和/或(ii)對應于所述第一組的表達水平的降低，則將所述肺組織分類為非尋常型間質性肺炎(非UIP)。

2.一種檢測肺組織樣品是尋常型間質性肺炎(UIP)陽性還是非尋常型間質性肺炎(非UIP)陽性的方法，包括：

(a)通過測序、陣列雜交或核酸擴增來測定來自受試者肺組織的測試樣品中第一組轉錄物和第二組轉錄物中每一者的表達水平，其中所述第一組轉錄物包括對應于在UIP中超表達并在表1和/或表15中列出的任一基因的一個或多個序列，而所述第二組轉錄物包括對應于在UIP中低表達并在表1和/或表15任一者中列出的任一基因的一個或多個序列；以及

(b)將所述第一組轉錄物和所述第二組轉錄物中每一者的表達水平與相應轉錄物的參考表達水平進行比較，以便(1)如果相比于所述參考表達水平，存在(i)對應于所述第一組的表達水平的升高和/或(ii)對應于所述第二組的表達水平的降低，則將所述肺組織分類為尋常型間質性肺炎(UIP)，或者(2)如果相比于所述參考表達水平，存在(i)對應于所述第二組的表達水平的升高和/或(ii)對應于所述第一組的表達水平的降低，則將所述肺組織分類為非尋常型間質性肺炎(非UIP)。

3.一種檢測肺組織樣品是UIP陽性還是非UIP陽性的方法，包括：

(a)測定在測試樣品中表達的兩種或更多種轉錄物的表達水平；以及

(b)使用計算機生成的分類器將所述樣品分類為UIP或非UIP；

其中使用包括HP、NSIP、結節病、RB、細支氣管炎和機化性肺炎(OP)在內的非UIP病理學亞型的非均質譜訓練所述分類器；并且

其中在所述測試樣品中表達的所述兩種或更多種轉錄物選自表1和/或表15中列出的兩個或更多個基因的轉錄物，或SEQ ID NO:1-320中的任兩個或更多個。

4.根據前述權利要求中的任一項所述的方法，其中所述測試樣品是從所述受試者獲得的多個樣品的池。

5.根據權利要求1-3中的任一項所述的方法，其中所述方法包括匯集從所述受試者獲得的多個單獨樣品的表達水平數據。

6.根據權利要求1-3中的任一項所述的方法，其包括在測定所述表達水平之前從cDNA合成雙鏈cDNA。

7.根據權利要求1-3中的任一項所述的方法，其包括在測定所述表達水平之前從所述雙鏈cDNA合成非天然RNA。

8.根據權利要求1-2中的任一項所述的方法，其進一步包括使用吸煙狀態作為(1)或(2)的分類步驟的協變量。

9.根據權利要求8所述的方法，其中通過檢測指示所述受試者的吸煙者狀態的表達譜來確定吸煙狀態。

10.根據前述權利要求中的任一項所述的方法，其中所述樣品的分類包括檢測對吸煙者狀態偏差敏感的一種或多種轉錄物的表達水平，并且其中與對吸煙者偏差不敏感的轉錄物不同地，對所述對吸煙者狀態偏差敏感的轉錄物進行加權。