[發明專利]用于單分子檢測的陣列及其應用

在審

• 申請號: 201780045669.4
• 申請日: 2017-05-26
• 公開（公告）號: CN109477095A
• 公開（公告）日: 2019-03-15
• 發明（設計）人: P·J·柯林斯;H·B·瓊斯
• 申請（專利權）人: 卓異生物公司
• 主分類號: C12N15/09
• 分類號: C12N15/09;C12Q1/6827;C12Q1/6834;C40B30/04;G01N21/64;G01N33/52
• 代理公司: 北京三友知識產權代理有限公司 11127
• 代理人: 武胐;龐東成

1.一種產生陣列的方法，所述方法包括：

分別確定第一靶探針和第二靶探針與多個捕獲探針的雜交效率，其中所述第一靶探針和第二靶探針以及所述多個捕獲探針是寡核苷酸探針，所述第一靶探針包含第一標記或序列，所述第二靶探針包含與所述第一標記或序列不同的第二標記或序列；

基于所述雜交效率預選擇所述多個捕獲探針在基板上將要被固定的密度；和

根據所述密度將所述多個捕獲探針固定至所述基板，從而在所述基板上產生多個元件。

2.如權利要求1所述的方法，其中：

所述產生步驟還包括：在固定所述多個捕獲探針之前或之后使所述第一靶探針和第二靶探針與所述多個捕獲探針的至少一部分雜交，并產生分別包含(i)所述第一靶探針和第二靶探針且包含(ii)所述多個捕獲探針的第一經固定雜交產物和第二經固定雜交產物；并且

預選擇所述多個捕獲探針的所述密度使得當將第一靶探針和第二標靶針在相同的雜交條件下施加到所述多個元件中的至少一個上時，在所述多個元件中的所述至少一個中，所述第一經固定雜交產物的第一密度與所述第二經固定雜交產物的第二密度相同或者相差20％以下。

3.如權利要求2所述的方法，其中：

所述第一靶探針和第二靶探針分別包含第一標記和第二標記，

所述第一經固定雜交產物和第二經固定雜交產物中的所述第一靶探針和第二靶探針的所述第一標記和第二標記是光學上能夠解析的，并且

預選擇所述多個捕獲探針的所述密度使得所述多個捕獲探針的所述密度被選擇成其最大值，在該最大值下，(i)所述第一經固定雜交產物中的所述第一靶探針的第一標記中的至少兩個是光學上能夠解析的，且(ii)所述第二經固定雜交產物中的所述第二靶探針的第二標記中的至少兩個是光學上能夠解析的。

4.如權利要求2所述的方法，其中：

所述第一靶探針和第二靶探針分別包含所述第一標記和第二標記，

所述第一經固定雜交產物和第二經固定雜交產物中的所述第一靶探針和第二靶探針的所述第一標記和第二標記是光學上能夠解析的，并且

預選擇所述多個捕獲探針的所述密度使得所述多個捕獲探針的所述密度被選擇成其最大值，在該最大值下，(i)所述第一經固定雜交產物中的所述第一靶探針的第一標記中的至少50％是光學上能夠解析的；且(ii)所述第二經固定雜交產物中的所述第二靶探針的第二標記中的至少50％是光學上能夠解析的。

5.如權利要求1～4中任一項所述的方法，其中，所述預選擇步驟包括：

將所述多個捕獲探針以不同的密度固定至所述基板，從而在所述基板上產生具有不同密度的捕獲探針的多個對照元件，

在相同的雜交條件下(i)將所述第一靶探針施加至所述多個對照元件中的至少兩個上和/或(ii)將所述第二靶探針施加至所述多個對照元件中的至少兩個上，和

確定在所述多個對照元件中的所述至少兩個的每一個中，所述第一靶探針和/或第二靶探針中的第一標記和/或第二標記是否是光學上能夠解析的。

6.如權利要求1～5中任一項所述的方法，其中，所述第一靶探針和第二靶探針中的每一個包含共同的標簽核苷酸序列，并且所述多個捕獲探針包含與所述共同的標簽核苷酸序列互補的共同的互補標簽核苷酸序列。

7.如權利要求1～5中任一項所述的方法，其中，所述第一靶探針和第二靶探針包含彼此不同的第一標簽核苷酸序列和第二標簽核苷酸序列，并且所述多個捕獲探針包含第一捕獲探針和第二捕獲探針，所述第一捕獲探針和第二捕獲探針分別具有與所述第一標簽核苷酸序列和第二標簽核苷酸序列互補的第一互補標簽核苷酸序列和第二互補標簽核苷酸序列。

8.如權利要求7所述的方法，其中，所述多個元件包含第一元件和第二元件，并且所述第一元件和第二元件各自包含所述第一捕獲探針和第二捕獲探針。

9.如權利要求7所述的方法，其中，所述多個元件包含第一元件和第二元件，并且所述第一元件和第二元件分別包含所述第一捕獲探針和第二捕獲探針。