[發明專利]核糖核酸(RNA)相互作用

有效

• 申請號: 201780043464.2
• 申請日: 2017-05-12
• 公開（公告）號: CN109477132B
• 公開（公告）日: 2022-05-10
• 發明（設計）人: Y·萬;J·G·A·歐;N·納賈;A·威爾;M·孫
• 申請（專利權）人: 科技研究局
• 主分類號: C12Q1/6806
• 分類號: C12Q1/6806;C12Q1/6869
• 代理公司: 北京嘉和天工知識產權代理事務所(普通合伙) 11269
• 代理人: 甘玲;繆策

1.一種分析核糖核酸-核糖核酸(RNA-RNA)相互作用的方法，所述方法包括：

a.使用生物素標記的可逆交聯劑使至少一個RNA分子和/或至少一對RNA分子的堿基配對核苷酸交聯，以產生至少一個交聯的RNA分子和/或至少一個交聯的RNA分子對；

b.將所述交聯的RNA分子和/或交聯的RNA分子對片段化以產生交聯的RNA分子和/或交聯的RNA分子對的多個片段；

c.使用所述生物素提取從前述步驟獲得所述交聯的RNA分子和/或所述交聯的RNA分子對；

d.連接一個或多個所述交聯的RNA片段，以產生一個或多個交聯連接的RNA嵌合體；

e.逆轉所述劑與所述RNA分子和/或RNA分子對的交聯，以產生一個或多個連接的RNA嵌合體分子和/或一個或多個連接的RNA嵌合體對；

f.通過對所述一個或多個連接的RNA嵌合體分子或所述一個或多個連接的RNA嵌合體對測序來制備序列文庫；以及

g.分析所述序列文庫以確定RNA-RNA相互作用。

2.根據權利要求1所述的方法，其中所述RNA存在于細胞中，并且使用所述生物素標記的可逆交聯劑的所述交聯涉及使用細胞攝取劑。

3.根據權利要求2所述的方法，其中所述細胞攝取劑包括去垢劑。

4.根據權利要求1-3中任一項所述的方法，其中c部分在b部分之前進行。

5.根據權利要求1-4中任一項所述的方法，其中所述交聯劑包括呋喃并香豆素化合物。

6.根據權利要求5所述的方法，其中所述交聯劑包括補骨脂素。

7.根據權利要求1-6中任一項所述的方法，其中所述交聯劑的所述生物素包括結合對的第一構件，所述結合對選自生物素/抗生蛋白鏈菌素。

8.根據權利要求1-7中任一項的方法，其中使一個或多個所述RNA分子與交聯劑交聯以產生一個或多個交聯的RNA分子的步驟使用波長在約300nm至約400nm范圍內的紫外線照射進行。

9.根據權利要求1-8中任一項所述的方法，其中逆轉一個或多個交聯連接的RNA分子的交聯的步驟使用波長在約200nm至不超過約300nm范圍內的紫外線照射進行。

10.根據權利要求1-9中任一項所述的方法，其中通過對所述連接的RNA嵌合體分子或連接的RNA嵌合體對測序來制備序列文庫的步驟包括下列中的至少一種或更多種的使用：銜接子連接、逆轉錄、cDNA環化或聚合酶鏈反應(PCR)。

11.根據權利要求1-10中任一項所述的方法，其中將所述交聯的RNA分子和/或交聯的RNA分子對片段化以產生多個片段的步驟包括產生在長度上具有在100個至500個堿基對范圍內的平均尺寸的片段。

12.根據權利要求1-11中任一項所述的方法，其中使用的交聯劑的濃度為在每150個堿基中的一個堿基處發生交聯。

13.根據權利要求1-12中任一項所述的方法，其中連續的成對相互作用或由少于50個堿基間隔的成對相互作用被去除，以將分析集中在長程分子內相互作用和分子間相互作用上。

14.根據權利要求1-13中任一項所述的方法，其中所述RNA分子和/或所述RNA分子對中的至少一個構件被歸于一個“環化評分”，所述“環化評分”被定義為每個分子內的平均堿基對相互作用距離，通過所述RNA分子的長度或所述RNA分子對的所述構件的長度歸一化。

15.根據權利要求14所述的方法，其中所述RNA分子和/或所述RNA分子對的所述至少一個構件根據所述RNA分子和/或所述RNA分子對的所述至少一個構件的“環化評分”被分為組。