[發明專利]炎癥性腸病的生物標志物

有效

• 申請號: 201780041664.4
• 申請日: 2017-07-05
• 公開（公告）號: CN109477145B
• 公開（公告）日: 2021-04-09
• 發明（設計）人: 保羅·A·萊昂斯;約恩·F·麥金尼;達妮埃萊·比亞希;詹姆斯·李
• 申請（專利權）人: 劍橋企業有限公司
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883
• 代理公司: 上海弼興律師事務所 31283
• 代理人: 薛琦

1.一種炎癥性腸病（IBD）進展風險評估系統，其用于評估個體是否處于炎癥性腸病（IBD）進展的高風險或低風險的方法，所述IBD為潰瘍性結腸炎（UC）或克羅恩病，所述方法包括通過測定從所述個體獲得的全血樣品中的兩種或更多種基因的表達水平來確定所述個體是否具有高風險（IBD1）或低風險（IBD2）表型，所述系統包括用于確定兩種或更多種基因表達的工具以及一計算機；所述計算機被編程為根據所述個體的基因表達數據確定所述個體是否具有高風險（IBD1）或低風險（IBD2）表型；

其中所述兩種或更多種基因包括IL18RAP和TRGC2；

其中，所述兩種或更多種基因選自由以下基因構成的群組：

抑制蛋白結構域蛋白4（ARRDC4）；

鳥苷酸結合蛋白5（GBP5）；

G蛋白偶聯嘌呤能受體P2Y14（P2RY14）；

穹窿體RNA 1-1（VTRNA1-1）；

白細胞介素18受體輔助蛋白（IL18RAP）；

結合珠蛋白（HP）；

nudix（核苷二磷酸連接部分X）-型基序7（NUDT7）；

顆粒酶H（GZMH）；

T細胞受體γ鏈恒定區2（TRGC2）；

半乳糖苷結合樣凝集素（LGALSL）；

Fc受體樣蛋白5（FCRL5）；

干擾素誘導蛋白44樣蛋白（IFI44L）；

長基因間非蛋白編碼RNA 1136（LINC01136）；

淋巴細胞抗原96（LY96）；

顆粒酶K（GZMK）；和

T細胞受體γ鏈可變區3（TRGV3）；

所述個體如果具有高風險（IBD1）表型，則他/她具有IBD進展高風險；所述個體如果具有低風險（IBD2）表型，則他/她具有IBD進展低風險；

所述的IBD1表型的特征在于，相對于具有IBD2表型的個體中基因的表達水平，ARRDC4、GBP5、P2RY14、VTRNA1-1、IL18RAP、HP、NUDT7、GZMH、TRGC2和GZMK基因的表達上調，以及LGALSL、FCRL5、IFI44L、LINC01136、LY96和TRGV3基因的表達下調；并且

相對于具有IBD1表型的個體中的基因表達水平，IBD2表型的特征在于ARRDC4、GBP5、P2RY14、VTRNA1-1、IL18RAP、HP、NUDT7、GZMH、TRGC2和GZMK基因的表達下調，以及LGALSL、FCRL5、IFI44L、LINC01136、LY96和TRGV 3基因的表達上調；

其中，所述計算機被編程為使用計算機模型和機器學習技術，根據所述個體的基因表達數據計算IBD進展風險分數確定所述個體是否具有高風險（IBD1）或低風險（IBD2）表型，所述計算機模型基于從已知患有IBD的個體獲得的基因表達數據。

2.如權利要求1所述的炎癥性腸病進展風險評估系統，所述機器學習技術選自邏輯回歸、支持向量機或基于決策樹的方法。

3.如權利要求1或2所述的炎癥性腸病進展風險評估系統，其特征在于，IBD進展的高風險是指在疾病初始出現后12個月內所述個體將經歷疾病復發或突然發作的高風險，且IBD進展的低風險是指在疾病初始出現后12個月內所述個體將經歷疾病復發或突然發作的低風險。

4.如權利要求1或2所述的炎癥性腸病進展風險評估系統，其特征在于，所述計算機模型基于從已知患有IBD的個體獲得的基因表達數據，所述已知患有IBD的個體已知已經歷或未經歷IBD進展。

5.如權利要求1或2所述的炎癥性腸病進展風險評估系統，其特征在于，所述計算機模型基于從已知患有高風險（IBD1）或低風險（IBD2）表型的個體獲得的基因表達數據。