[發(fā)明專利]用于生物數(shù)據(jù)的圖形用戶界面的方法和系統(tǒng)

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201780033121.8
• 申請日: 2017-05-26
• 公開（公告）號: CN109313926B
• 公開（公告）日: 2023-06-09
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 奈弗蒂塔·蘇米·馬朱木達(dá)爾
• 申請（專利權(quán)）人: 生命技術(shù)公司
• 主分類號: G16B45/00
• 分類號: G16B45/00
• 代理公司: 北京世峰知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11713
• 代理人: 卓霖;張春媛

本發(fā)明在一個示例性實施方案中提供了一種用于生成圖形用戶界面(GUI)的異常值輪(outlier?wheel)數(shù)據(jù)可視化的計算機(jī)實現(xiàn)的方法。所述方法包括接收來自多個擴(kuò)增反應(yīng)的發(fā)射數(shù)據(jù)。所述方法進(jìn)一步包括使用所述發(fā)射數(shù)據(jù)生成異常值輪數(shù)據(jù)可視化，所述異常值輪數(shù)據(jù)可視化包括多條線，其中包括在所述異常值輪數(shù)據(jù)可視化中的每條線表示來自所述多個擴(kuò)增反應(yīng)中的擴(kuò)增反應(yīng)的發(fā)射數(shù)據(jù)，并且每條線具有長度和視覺指示器。每條線的所述長度表示所述發(fā)射數(shù)據(jù)的熒光強(qiáng)度的增長，并且所述視覺指示器指示所述發(fā)射數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)循環(huán)數(shù)量。另外，每條線與角位置相關(guān)聯(lián)，使得所述多條線配置為圓形。所述方法包括將所述異常值輪數(shù)據(jù)可視化顯示在GUI上。

技術(shù)領(lǐng)域

用于分析生物數(shù)據(jù)的常規(guī)系統(tǒng)包括被配置為獲得生物數(shù)據(jù)的某種類型的設(shè)備或模態(tài)。然后，通常可通過某種形式的計算機(jī)應(yīng)用或應(yīng)用程序來采集和分析該數(shù)據(jù)。此外，在此類常規(guī)系統(tǒng)中，每種類型的數(shù)據(jù)需要不同的應(yīng)用程序，要求用戶在應(yīng)用程序之間來回切換以查看不同類型的數(shù)據(jù)，使得交叉關(guān)聯(lián)生物樣本的不同數(shù)據(jù)類型具有挑戰(zhàn)性(例如)。

因此，應(yīng)當(dāng)清楚的是，在此類常規(guī)系統(tǒng)中，交叉關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)、執(zhí)行質(zhì)量保證檢查、檢測數(shù)據(jù)中的模式、查看大量數(shù)據(jù)、提供流線型工作流程等能力有限。生物學(xué)研究通常涉及收集和比較各種生物數(shù)據(jù)集。雖然此類常規(guī)系統(tǒng)和應(yīng)用程序已經(jīng)使此類研究變得容易很多，但是上述限制要求用戶手動比較各種類型的生物數(shù)據(jù)，并且由于此類系統(tǒng)限制，此類應(yīng)用程序的全部潛力或希望無法得到充分發(fā)揮。

例如，一位用戶可能運(yùn)行各種基于qPCR的實驗來收集研究目標(biāo)基因的不同類型生物數(shù)據(jù)，例如基因分型數(shù)據(jù)或基因表達(dá)數(shù)據(jù)。用戶還可能運(yùn)行測序?qū)嶒灐Ｈ绻脩粝胍褂贸Ｒ?guī)技術(shù)在這些不同類型的數(shù)據(jù)集中比較特定樣本或靶標(biāo)的數(shù)據(jù)，那么用戶通常需要在應(yīng)用程序之間手動切換以找到相關(guān)數(shù)據(jù)(例如，相同樣本，然后手動分析或比較這些數(shù)據(jù)集)。因此，組合并確認(rèn)、執(zhí)行詳細(xì)分析、發(fā)現(xiàn)新的生物學(xué)聯(lián)系以及理解應(yīng)急模式主要由研究人員通過繁瑣的手動工作流程完成。此類過程涉及無關(guān)的手動工作，容易出錯，并且在當(dāng)今信息泛濫的世界中受到限制。

概要

在一個示例性實施方案中，提供了一種用于生成圖形用戶界面(GUI)的異常值輪(outlier?wheel)數(shù)據(jù)可視化的計算機(jī)實現(xiàn)的方法。該方法包括接收來自多個擴(kuò)增反應(yīng)的發(fā)射數(shù)據(jù)。該方法進(jìn)一步包括使用發(fā)射數(shù)據(jù)生成異常值輪數(shù)據(jù)可視化，該異常值輪數(shù)據(jù)可視化包括多條線，其中包括在異常值輪數(shù)據(jù)可視化中的每條線表示來自所述多個擴(kuò)增反應(yīng)中的一個擴(kuò)增反應(yīng)的發(fā)射數(shù)據(jù)，并且每條線具有長度和視覺指示器。每條線的長度表示發(fā)射數(shù)據(jù)的熒光強(qiáng)度的增長，并且視覺指示器指示發(fā)射數(shù)據(jù)的相關(guān)聯(lián)的循環(huán)數(shù)。另外，每條線與角位置相關(guān)聯(lián)，使得所述多條線被配置為圓形或橢圓形，或者所述線中的每一條沿從公共點出發(fā)的多條徑向線的一條徑向線設(shè)置。該方法包括將異常值輪數(shù)據(jù)可視化顯示在GUI上。

在另一個示例性實施方案中，提供了一種用于生成圖形用戶界面(GUI)的異常值輪數(shù)據(jù)可視化的系統(tǒng)。該系統(tǒng)包括處理器和存儲器。處理器被配置為：接收來自多個擴(kuò)增反應(yīng)的發(fā)射數(shù)據(jù)；使用發(fā)射數(shù)據(jù)生成異常值輪數(shù)據(jù)可視化，該異常值輪數(shù)據(jù)可視化包括多條線，其中包括在異常值輪數(shù)據(jù)可視化中的每條線表示來自所述多個擴(kuò)增反應(yīng)中的一個擴(kuò)增反應(yīng)的發(fā)射數(shù)據(jù)。每條線具有長度和視覺指示器。每條線的長度表示發(fā)射數(shù)據(jù)的熒光強(qiáng)度的增長，并且視覺指示器指示發(fā)射數(shù)據(jù)的相關(guān)聯(lián)的循環(huán)數(shù)。每條線與角位置相關(guān)聯(lián)，使得所述多條線被配置為圓形或橢圓形。在一些實施方案中，所述線中的每一條沿從公共點出發(fā)的多條徑向線的一條徑向線設(shè)置。例如，所述多條線可被配置為形成圓形或橢圓形拱。處理器被進(jìn)一步被配置為將異常值輪數(shù)據(jù)可視化顯示在GUI上。

在另一個示例性實施方案中，提供了一種對基因分型數(shù)據(jù)進(jìn)行歸一化的計算機(jī)實現(xiàn)的方法。該方法包括接收來自一組發(fā)射數(shù)據(jù)，其中發(fā)射數(shù)據(jù)包括第一染料的強(qiáng)度和第二染料的強(qiáng)度。第一染料指示第一靶等位基因的存在，并且第二染料指示第二靶等位基因的存在。該方法進(jìn)一步包括：通過對第一染料的強(qiáng)度對第二染料的強(qiáng)度作圖，生成發(fā)射數(shù)據(jù)集的圖；以及基于角比例因子對圖中的發(fā)射數(shù)據(jù)進(jìn)行歸一化。