[發明專利]同時合并基因分型的方法

有效

• 申請號: 201780029265.6
• 申請日: 2017-05-03
• 公開（公告）號: CN109072299B
• 公開（公告）日: 2022-01-04
• 發明（設計）人: J.P.格爾克;H.R.斯諾格倫埃里克森;F.特赫諾
• 申請（專利權）人: 先鋒國際良種公司
• 主分類號: A01H1/04
• 分類號: A01H1/04;C12Q1/6827;C12Q1/6895;G16B20/40;G16B40/00;G16B20/00
• 代理公司: 中國專利代理(香港)有限公司 72001
• 代理人: 翟建偉;周齊宏

1.一種用于兩個或更多個子代植物的同時合并基因分型的方法，每個子代植物來源于不同親本植物對的雜交，所述方法包括：

(a) 收集：

(i)與一個或多個標記基因座有關的遺傳圖譜距離信息；

(ii)第一親本雜交的每個親本植物的一個或多個標記基因座的等位基因的基因型信息，其中所述第一親本雜交產生第一子代植物；

(iii)第二親本雜交的每個親本植物的一個或多個標記基因座的等位基因的基因型信息，其中所述第二親本雜交產生第二子代植物；和

(iv)與由所述第一親本雜交產生的所述第一子代和由所述第二親本雜交產生的所述第二子代有關的譜系信息；

其中，所述遺傳圖譜距離信息來自與所述親本植物的植物物種相同的植物物種；

(b) 提供合并DNA樣品，其包含：

(i)合并基因組DNA樣品，其包含從所述第一子代植物分離的第一基因組脫氧核糖核苷酸（DNA）樣品和從所述第二子代植物分離的第二基因組DNA樣品；

(ii)從合并組織樣品分離的基因組DNA樣品，所述合并組織樣品包含來自所述第一子代植物的第一組織樣品和來自所述第二子代植物的第二組織樣品；或者

(iii)從所述第一子代植物與所述第二子代植物雜交產生的后代分離的基因組DNA樣品；

(c) 在所述合并DNA樣品中檢測來自步驟 (a) 的每個標記基因座的至少一個等位基因；和

(d) 針對在步驟 (c) 中檢測的至少一個標記基因座對所述合并DNA樣品進行基因分型，其中所述基因分型步驟包括：

(i)通過基于譜系信息和遺傳圖譜距離信息計算先前標記基因座處的遺傳模式能夠導致標記基因座上的遺傳模式的概率，為步驟 (c) 中檢測的每個標記基因座建立第一矩陣；

(ii)通過基于在步驟(c)中的每個檢測的等位基因和譜系信息計算能夠通過由來自產生所述子代植物的親本雜交中的每個親本植物的遺傳的每個排列產生觀察到的合并基因組DNA樣品的基因型的概率，為步驟 (c) 中檢測的每個標記基因座建立第二矩陣；和

(iii)確定至少一個子代植物中的在步驟(c)中檢測的至少一個標記基因座的每個可能的基因型的概率。

2.如權利要求1所述的方法，其中在步驟 (d) (iii) 中的所述確定包括隱馬爾科夫建模，所述隱馬爾科夫建模包括：

(A) 計算所述標記基因座處的前向概率的向量；

(B) 計算所述標記基因座處的后向概率的向量；和

(C) 計算所述標記基因座處的后驗祖先遺傳概率。

3.如權利要求2所述的方法，其中：

計算所述標記基因座處的前向概率的向量包括根據以下方程 (I) 求解前向概率的向量：

(I)；

計算所述標記基因座處的后向概率的向量包括根據以下方程 (IV) 求解后向概率的向量：

(IV)；

計算所述標記基因座處的后驗祖先遺傳概率包括根據以下方程 (VII )求解后驗祖先遺傳概率：

(VII)；并且

其中：

(i) k是給定的標記基因座；

(ii) [m,]指定觀察到的基因型m的第二矩陣的行；

(iii) 是步驟 (c) 中檢測的每個標記基因座的第一矩陣；以及

(iv) E_k是步驟 (c) 中檢測的每個標記基因座的第二矩陣。