[發明專利]用于在癌癥患者中預測藥物反應性的方法

有效

• 申請號: 201711498528.6
• 申請日: 2017-12-29
• 公開（公告）號: CN108265106B
• 公開（公告）日: 2022-11-29
• 發明（設計）人: S.克努森
• 申請（專利權）人: 亞拉勒提治療歐洲私人有限公司
• 主分類號: C12Q1/6816
• 分類號: C12Q1/6816;C12Q1/6886;A61K33/243;A61K9/127;A61P35/00
• 代理公司: 中國專利代理(香港)有限公司 72001
• 代理人: 段菊蘭;羅文鋒

1.一種測試來自癌癥患者的組織樣品中的對分泌型磷脂酶sPLA₂可水解的含順鉑脂質體具有敏感性或抗性的一種或多種生物標志物的表達的方法，該方法包括：

(a)確定所述組織樣品中一種或多種選自SEQ ID NO: 1-95的敏感性生物標志物或其互補體的表達水平，其中敏感性是指細胞或組織對用sPLA₂可水解的含順鉑脂質體治療的反應性；和

(b)確定所述組織樣品中一種或多種選自SEQ ID NO: 96-205的抗性生物標志物或其互補體的表達水平，其中抗性是指細胞或組織對用sPLA₂可水解的含順鉑脂質體治療的無反應性。

2.根據權利要求1所述的方法，其中：

(a)確定步驟(a)的結果與已知具有敏感性的參考細胞或組織中所述一種或多種敏感性生物標志物的表達水平基本類似，其中所述敏感性基于NCI 60細胞系的GI50數據；或

(b)確定步驟(b)的結果與已知具有抗性的參考細胞或組織中所述一種或多種抗性生物標志物的表達水平基本類似，其中所述抗性基于NCI 60細胞系的GI50數據。

3.根據權利要求1所述的方法，其中所述組織樣品是腫瘤樣品。

4.根據權利要求1所述的方法，其中：

(a)通過收集來自所述樣品的核酸分子和，使用附接一種或多種單鏈核酸分子的裝置檢測所述一種或多種生物標志物的表達水平，來確定所述樣品中所述一種或多種敏感性生物標志物的表達水平，其中所述核酸分子與所述一種或多種敏感性生物標志物特異性雜交；和

(b)通過收集來自所述樣品的核酸分子和，使用附接一種或多種單鏈核酸分子的裝置檢測所述一種或多種生物標志物的表達水平，來確定所述樣品中所述一種或多種抗性生物標志物的表達水平，其中所述核酸分子與所述一種或多種抗性生物標志物特異性雜交。

5.根據權利要求4所述的方法，其中：

(a)所述裝置是微陣列或用于進行定量逆轉錄聚合酶鏈式反應qRT-PCR；和

(b)所述裝置的所述一種或多種單鏈核酸分子具有在10至100個核苷酸的長度范圍內的長度；和

(c)將所述一種或多種單鏈核酸分子標記或固定在固體基質上。

6.根據權利要求4所述的方法，其中所述單鏈核酸分子的所述一種或多種具有在20至60個核苷酸的范圍內的長度。

7.根據權利要求2所述的方法，其中：

(a)如果所述樣品中所述一種或多種敏感性生物標志物或其互補體的水平與已知對sPLA₂可水解脂質體敏感的所述參考細胞或組織中的所述一種或多種敏感性生物標志物或其互補體的水平基本類似，則確定患者的癌癥對sPLA₂可水解的含順鉑脂質體有反應；或

(b)如果所述樣品中所述一種或多種抗性生物標志物或其互補體的水平與已知對sPLA₂可水解的含順鉑脂質體具有抗性的所述參考細胞或組織中的所述一種或多種抗性生物標志物或其互補體的水平基本不類似，則確定患者的癌癥對sPLA₂可水解的含順鉑脂質體有反應；或

(c)如果所述樣品中所述一種或多種敏感性生物標志物或其互補體的水平與已知對sPLA₂可水解的含順鉑脂質體敏感的所述參考細胞或組織中的所述一種或多種敏感性生物標志物或其互補體的水平顯著不同，則確定患者的癌癥對sPLA₂可水解的含順鉑脂質體無反應；或

(d)如果所述樣品中所述一種或多種抗性生物標志物或其互補體的水平與已知對sPLA₂可水解的含順鉑脂質體具有抗性的所述參考細胞或組織中的所述一種或多種抗性生物標志物或其互補體的水平基本類似，則確定患者的癌癥對sPLA₂可水解的含順鉑脂質體無反應。

8.根據權利要求2所述的方法，其中已知對脂質體敏感的參考細胞或組織或已知對脂質體具有抗性的細胞或組織與所述一種或多種核酸分子從其中衍生的患者腫瘤樣品中的細胞或組織的癌癥類型相同。