[發明專利]一種XPC基因rs2228001位點SNP核酸質譜檢測方法

在審

• 申請號: 201711446589.8
• 申請日: 2017-12-27
• 公開（公告）號: CN108103160A
• 公開（公告）日: 2018-06-01
• 發明（設計）人: 聶宵;林茂俊;張鵬;劉曉霞;白楊楊
• 申請（專利權）人: 沃森克里克（北京）生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6858
• 分類號: C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京愛普納杰專利代理事務所(特殊普通合伙) 11419
• 代理人: 王玉松

本發明提供了一種XPC基因rs2228001位點SNP核酸質譜檢測方法，首先通過第一步PCR反應擴增出含有SNP位點的片段，而非單獨擴增SNP位點，以提高樣品的可操作性以及后續操作的精度；通過SAP對步驟S1得到的擴增產物進行去磷酸化處理，防止DNA分子5'端與3'端連接，在后續步驟準備好之前讓DNA分子保持線性狀態，從而保證后續實驗的準確度；最后通過步驟S3對rs2228001位點進行單堿基延伸，利用變性?退火內循環使DNA雙鏈充分解螺旋、分離，從而實現不同SNP的精確分型。通過上述方法，可以快速、準確地獲得XPC基因rs2228001位點的SNP分型信息，操作簡便、可靠性強，可以為后續的相關研究提供可靠的參考信息。

技術領域

本發明屬于SNP檢測技術領域，特別涉及一種XPC基因rs2228001位點SNP核酸質譜檢測方法。

背景技術

單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism，SNP),主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性。它是人類可遺傳的變異中最常見的一種。占所有已知多態性的90％以上。SNP在人類基因組中廣泛存在，平均每500～1000個堿基對中就有1個，估計其總數可達300萬個甚至更多。

XPC基因位于3號染色體25區域，屬于著色性干皮病基因組，是一種重要的DNA損傷修復基因。XPC作為一個進化保守的DNA修復酶，參與DNA損傷識別和NER(核苷酸切除修復)系統的啟動，在DNA損傷修復中起著重要作用。XPC功能缺陷可能導致DNA修復能力下降，從而導致包括腫瘤在內的一系列疾病。研究表明，XPC的多態性可能影響肺癌的發病幾率，還可能與試管鱗狀上皮細胞癌胃賁門腺癌、胰腺癌等多種癌癥的發病具有相關性。

XPC基因上存在中多SNP位點，每個SNP位點的不同表達形式均可能對上述病癥產生不同的影響。因此，提供一種高效、準確的SNP檢測方法，將會為研究XPC對上述疾病的影響機制提供重要的參考信息和理論支持。

發明內容

為了解決上述技術問題，本發明提供了一種XPC基因rs2228001位點SNP核酸質譜檢測方法。

本發明具體技術方案如下：

本發明一方面提供了一種XPC基因rs2228001位點SNP核酸質譜檢測引物組，包括如下引物：

上游引物rs2228001-F：5`-ACGTTGGATGAACTGGTGGGTGCCCCTCTA-3`(如SEQ.ID.No.1所示)；

下游引物rs2228001-R：5`-ACGTTGGATGGCCTCAAAACCGAGAAGATG-3`(如SEQ.ID.No.2所示)；

延伸引物rs2228001-E：5`-AAACCTGTTCCCATTTGAG-3`(如SEQ.ID.No.3所示)；

XPC基因rs2228001位點野生型堿基序列如SEQ.ID.No.4所示。

S1：用上游引物rs2228001-F和下游引物rs2228001-R進行第一輪PCR，對模板DNA進行擴增，得到含有所述rs2228001位點的片段；

S2：對步驟S1得到的片段進行去磷酸化處理，得到脫磷酸片段；

S3：用延伸引物rs2228001-E對所述脫磷酸片段進行單堿基延伸，對不同SNP進行分型；

S4：對步驟S3得到的樣品進行脫鹽處理，用質譜儀進行檢測。

進一步地，步驟S1中，第一輪PCR的反應體系中包括如下組分：