[發(fā)明專利]一種鑒定黃瓜品種真實性的方法及其專用SSR引物組

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201711444366.8
• 申請日: 2017-12-27
• 公開（公告）號: CN107988413B
• 公開（公告）日: 2021-07-27
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 溫常龍;張建;楊靜靜;張峰;毛愛軍;許勇
• 申請（專利權(quán)）人: 北京市農(nóng)林科學(xué)院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京紀(jì)凱知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11245
• 代理人: 關(guān)暢

本發(fā)明公開了一種鑒定黃瓜品種真實性的方法及其專用SSR引物組。本發(fā)明所提供的SSR引物組由32條引物組成，32條引物的核苷酸序列依次如序列表中序列1至序列32所示。本發(fā)明提供的SSR引物組具有多態(tài)性高、重復(fù)性好、標(biāo)記穩(wěn)定可靠和便于統(tǒng)計等優(yōu)點，本發(fā)明還建立了基于高通量測序鑒定黃瓜品種真實性的DNA指紋數(shù)據(jù)庫，可用于對黃瓜品種在種子或幼苗期進(jìn)行早期鑒定，保證品種的真實性，切實保護(hù)生產(chǎn)者和育種家的權(quán)益，并為黃瓜種質(zhì)資源和新品種保護(hù)提供技術(shù)支持，具有廣闊的應(yīng)用前景。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種鑒定黃瓜品種真實性的方法及其專用SSR引物組。

背景技術(shù)

我國是世界上黃瓜栽培面積最大(約139.6萬公頃)、總產(chǎn)量最高的國家(約占全球產(chǎn)量70％)。改革開放以來，黃瓜產(chǎn)業(yè)快速發(fā)展，僅通過國家審定、登記的品種就已達(dá)300多個。由于黃瓜育種企業(yè)小而散，品種管理未能有效跟進(jìn)，各省市之間品種審定相互不協(xié)調(diào)。再加上良種生產(chǎn)基地管理混亂，盜育、套購品種現(xiàn)象猖獗，同種異名現(xiàn)象嚴(yán)重，種子質(zhì)量良莠不齊，種子質(zhì)量事故時有發(fā)生。目前，如何高效進(jìn)行黃瓜品種管理，保護(hù)生產(chǎn)者和育種家的權(quán)益已成為當(dāng)前黃瓜產(chǎn)業(yè)發(fā)展面臨的主要難題之一。根據(jù)《非主要農(nóng)作物品種登記指南》的要求，品種特性說明和品種DUS測試報告中涉及的有關(guān)性狀如有明確關(guān)聯(lián)基因，可以直接提交DNA檢測結(jié)果。因此，急需建立一套有效進(jìn)行黃瓜品種真實性鑒定的高通量DNA指紋技術(shù)體系。

SSR(Simple Sequence Repeats)是一類由幾個核苷酸(一般為2－6個)為重復(fù)單位組成的長達(dá)幾十個核苷酸的串聯(lián)重復(fù)序列，SSR標(biāo)記具有多態(tài)性豐富、重復(fù)性好、檢測方法簡單等優(yōu)點。但是，目前傳統(tǒng)的黃瓜SSR標(biāo)記沒有參考基因組變異組信息，存在不真實或變異情況；另外受限于SSR檢測方式極易導(dǎo)致不真實、假陽性、假陰性結(jié)果，具體表現(xiàn)為以下問題：1)SSR來源簡單，缺乏基因組和遺傳變異組支持，多態(tài)性差，兩堿基重復(fù)SSR容易產(chǎn)生劃峰；2)SSR檢測擴(kuò)增區(qū)和motif區(qū)存在其它SSR，Indel/SNP的干擾，導(dǎo)致擴(kuò)增片段大小不變(假陰性)或發(fā)生改變；3)傳統(tǒng)的SSR檢測方法是通過凝膠電泳判定微衛(wèi)星標(biāo)記的長度，需要參照品種進(jìn)行對比，從而增加了檢測的工作量，結(jié)果缺乏可靠的穩(wěn)定性和重演性；4)不能適應(yīng)自動化、高通量、低成本檢測的需求。

近年來，隨著高通量測序技術(shù)的不斷發(fā)展和測序成本的不斷降低，高通量測序與多重PCR相結(jié)合的擴(kuò)增子測序技術(shù)為大規(guī)模品種鑒定帶來了新的解決方案。通過對需要檢測的位點設(shè)計特異性SSR引物組，不同的DNA樣本以不同的barcode序列進(jìn)行區(qū)分，在單管內(nèi)進(jìn)行多重PCR擴(kuò)增。對混合樣本的擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行深度測序，最終根據(jù)測序結(jié)果獲得每個位點不同樣本的SSR序列信息。該方法能夠解決上述傳統(tǒng)SSR檢測技術(shù)中存在的問題，具有十分廣闊的應(yīng)用前景。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明所要解決的技術(shù)問題是如何鑒定黃瓜品種。

為解決上述技術(shù)問題，本發(fā)明首先提供了SSR引物組。該SSR引物組可包括引物對M1、引物對M2、引物對M3、引物對M4、引物對M5、引物對M6、引物對M7、引物對M8、引物對M9、引物對M10、引物對M11、引物對M12、引物對M13、引物對M14、引物對M15和引物對M16；