[發明專利]口腔拭子直接PCR進行SNP分型的方法

有效

• 申請號: 201711399703.6
• 申請日: 2017-12-22
• 公開（公告）號: CN107988334B
• 公開（公告）日: 2021-10-29
• 發明（設計）人: 劉書杰;肖哲;焦少灼;戚珠云;宮夏霓
• 申請（專利權）人: 美因健康科技（北京）有限公司
• 主分類號: C12Q1/6858
• 分類號: C12Q1/6858
• 代理公司: 北京清亦華知識產權代理事務所(普通合伙) 11201
• 代理人: 肖陽

1.一種口腔拭子直接PCR進行SNP分型的方法，所述方法用于非疾病診斷目的，其特征在于，包括通過口腔拭子直接PCR進行SNP分型，包括如下步驟：口腔拭子粗處理，制得稀釋后的樣品—PCR擴增—SNP分型鑒定；所述PCR擴增中采用強耐受性DNA聚合酶；所述PCR擴增中探針Tm值不超過60℃；

所述口腔拭子粗處理的方法為向口腔拭子保存管中加入200μl細胞裂解液后室溫裂解10min；將裂解后的細胞液轉移到1.5ml離心管中，12,000×g，離心10min，吸取上清液至96孔板中；所述稀釋是指用蒸餾水將細胞液稀釋5倍制得稀釋后的樣品。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述強耐受性DNA聚合酶選自

上述中的一種。

3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，包括探針和引物，所述探針和引物包括4個SNP位點的探針和引物，具體如下：

SNP位點1：

上游引物：AAAAGAAAACTGAGTGGGAGCAGTA

下游引物：TGCCCCAGCCTCTGCTT

探針1：TAGTATGGAAGAAATC

探針2：TAGTAGTATGGCAGAAAT

SNP位點2：

上游引物：TTAAAATGTGGTGGATGCACTGT

下游引物：CTGTCATGCACTTATATTTATCTAGTTTGAAG

探針1：AGATGCCACGTAGAAG

探針2：AGATGCCATGTAGAAGT

SNP位點3：

上游引物：ACAGGGCTGTGGGACAAGTC

下游引物：GGCGTTACAATTAAAGAGAGAGAGAGA

探針1：CATTCCGGTAAGCAG

探針2：ATTCCGGTAGGCAGC

SNP位點4：

上游引物：TGCATGTATTTTGTGGAAAAATCTG

下游引物：TGGACAAGACTTGAGAAGGTGTGT

探針1：CTAAGGCAATTTAAAC

探針2：ACTAAGGCACTTTAAA。

4.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述PCR條件如下：

①預變性：95℃，5min；

②變性：95℃，10s；

退火-延伸：60+1℃，60s，40個循環；

③12℃，forever；

退火溫度為：常規退火溫度+1℃；所述常規退火溫度是指引物在常規PCR下的溫度。

5.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述SNP分型鑒定是指使用Bio-tek讀取熒光值，利用Klustercaller軟件分析熒光數據，根據對照擴增結果，分型產生三種基因型。