[發明專利]鑒定水稻稻瘟病抗性性狀的分子標記、鑒定方法及應用

在審

• 申請號: 201711394599.1
• 申請日: 2017-12-21
• 公開（公告）號: CN108018371A
• 公開（公告）日: 2018-05-11
• 發明（設計）人: 毛艇;張麗麗;劉妍;趙一洲;李鑫;張戰;李旭;倪善軍;付雪嬌;黃河;于小彭;荊華;宋雙;李振宇;劉福才
• 申請（專利權）人: 遼寧省鹽堿地利用研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 西安銘澤知識產權代理事務所(普通合伙) 61223
• 代理人: 韓曉娟

本發明屬于分子生物學技術領域，公開了一種鑒定水稻稻瘟病抗性性狀的分子標記、鑒定方法及應用，所述分子標記為Pib?TPAP，包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的Pib?TPAP?O?F、SEQ ID NO.2所示的Pib?TPAP?O?R、SEQ ID NO.3所示的Pib?TPAP?I?F和SEQ ID NO.4所示的Pib?TPAP?I?R。該分子標記可以對Pib基因的水稻稻瘟病菌抗性的兩種等位基因型進行直接鑒定，該分子標記基于PCR技術，無需測序或酶切，僅一次PCR即可準確鑒定抗感兩種等位基因型，大大提高了該基因位點的檢測效率，且準確率達100％。

技術領域

本發明屬于分子生物學技術領域，具體涉及一種鑒定水稻稻瘟病抗性性狀的分子標記、鑒定方法及應用。

背景技術

由稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae)引起的稻瘟病是水稻重要病害之一，可引起水稻大幅度減產，嚴重時造成顆粒無收，嚴重影響著我國的糧食安全生產。歷史實踐證明，選育抗稻瘟病水稻品種是減輕稻瘟病危害的最有效解決方案。而由于稻瘟病的抗性鑒定較為繁瑣，受年紀間影響較大，通過分子標記輔助進行抗稻瘟病品種的選擇可以大大提高選擇效率，不受外部自然環境的影響，是改良水稻稻瘟病抗性的最佳手段。

目前，已有24個抗稻瘟病基因被成功克隆，分布于水稻除第3號染色體的所有染色體上。Pib基因于1996年被成功克隆，屬于NBS-LRR類抗病基因，包含有4個內含子(164bp,810bp,1340bp,308bp)，全長cDNA由306bp的5'非翻譯區(UTR,untranslated regions)、3753bp的ORF和229bp的3'非翻譯區等組成。Pib基因為水稻主效抗稻瘟病基因，被定為位于水稻第12染色體長臂近末端區域，存在抗感兩種等位基因型，其功能性由單堿基核苷酸多態性決定。Pib編碼一個由1251個氨基酸組成的蛋白產物，該產物包含一個核苷酸結合位點(nucleotide binding site,NBS)和17個富亮氨酸重復序列(leucine-rich repeats,LRRs)，其中，氨基端的NBS區存在激酶1a,2和3a結構域單位，LRRs中部有8個成簇的半胱氨酸殘基。由于Pib基因的抗感等位基因型由單堿基核苷酸多態性決定，檢測依賴于測序或多次PCR進行檢測。目前，應用較廣檢測Pib基因的抗感等位基因型的標記為劉洋等開發的2對檢測標記Pibdom和Lys145,該檢測體系需要兩對引物共同檢測確認Pib基因的抗感等位基因型。

目前，稻瘟病的抗性鑒定可以通過表型和基因型兩種形式進行鑒定，表型鑒定受年紀間影響較大，操作繁瑣。基因型雖然鑒定準確、效率較高，但是目前Pib基因的抗感等位基因型檢測依賴于測序或多次PCR檢測。

發明內容

為了解決上述技術問題，本發明提供的一種鑒定水稻稻瘟病抗性性狀的分子標記、鑒定方法及應用，克服了表型鑒定受年紀間影響較大，操作繁瑣的缺陷，也克服了目前Pib基因的抗感等位基因型檢測依賴于測序或多次PCR檢測的缺陷。

本發明提供了一種鑒定水稻稻瘟病抗性性狀的分子標記，所述分子標記為Pib-TPAP，包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的Pib-TPAP-O-F、SEQ ID NO.2所示的Pib-TPAP-O-R、SEQ ID NO.3所示的Pib-TPAP-I-F和SEQ ID NO.4所示的Pib-TPAP-I-R。

本發明還提供了一種利用上述分子標記鑒定水稻稻瘟病抗性性狀的方法，包括以下步驟：

S1，提取待測水稻材料的基因組DNA；

S2，以S1獲得的基因組DNA為模板，以Pib-TPAP-O-F、Pib-TPAP-O-R、Pib-TPAP-I-F和Pib-TPAP-I-R為引物進行PCR擴增；

S3，結果判定