[發明專利]一種肌內脂肪相關的lncRNA及其應用

有效

• 申請號: 201711365575.3
• 申請日: 2017-12-18
• 公開（公告）號: CN108103206B
• 公開（公告）日: 2020-05-19
• 發明（設計）人: 苗向陽;黃萬龍;張秀秀;李嬡;解領麗
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6841;C12N15/113
• 代理公司: 北京預立生科知識產權代理有限公司 11736
• 代理人: 李紅偉

本發明公開了一種肌內脂肪相關的lncRNA及其應用。發明發現了與豬肉肌內脂肪相關的XLOC_004398，通過共表達網絡分析及trans調控作用分析預測差異表達lncRNA的靶基因NAP1L3，并進行了驗證。發明為培育高肉品質畜禽品種及治療和預防脂代謝相關疾病研究提供一定依據，探索新的靶標。

技術領域

本發明屬于分子生物學技術領域，具體涉及一種與豬肌內脂肪相關的lncRNA及其應用。

背景技術

豬肉是我國膳食結構中的主要肉類產品，脂肪組織對肉品質具有重要影響，特別是肌內脂肪，其中包括肉的外觀、風味、持水性、嫩度等，然而，在追求高瘦肉率的長期選育過程中，豬胴體中肌內脂肪含量降低，豬肉品質下降。萊蕪豬作為我國一個優良地方豬種資源，具有繁殖力高、肉質優良等寶貴種質特性，是山東省地方黑豬的典型代表，其胴體脂肪含量比較高，肌肉具有鮮紅的肉色、良好的持水性能，更為重要的是含有較豐富的肌內脂肪(10.32％)。然而，大白豬作為我國豬肉來源的一個主要品種，具有高的飼料轉化率和屠宰率及較強的適應性，是典型的瘦肉型豬種，其沉積的皮下和肌內脂肪含量均較少。特別是肌內脂肪的沉積，相比于我國地方品種，如二花臉、萊蕪豬及魯萊黑豬，均存在顯著差異，萊蕪豬和大白豬為脂質沉積和脂肪細胞成脂分化提供了良好的實驗材料。

研究發現，lncRNA作為一種調控性非編碼RNA，對豬脂肪代謝及成脂分化具有重要的調控作用。因此本研究選取萊蕪豬和大白豬為實驗材料，利用RNA-seq技術和生物信息學方法，比較分析大白豬和萊蕪豬肌內脂肪組織基因表達譜，鑒定篩選與成脂分化及脂代謝相關的關鍵差異表達lncRNA及其靶基因，發明發現了與豬肉肌內脂肪相關的XLOC_004398，通過共表達網絡分析及trans調控作用分析預測差異表達lncRNA的靶基因NAP1L3，并進行了驗證，探究他們調控豬肌內脂肪沉積的分子機制，為豬的脂質沉積機理研究及脂肪組織lncRNA和基因研究奠定理論基礎，試圖以脂肪代謝調控，為培育高肉品質畜禽品種及治療和預防脂代謝相關疾病研究提供一定依據，探索新的靶標。

發明內容

本發明的目的在于提供一種與豬肌內脂肪相關的長鏈非編碼RNA XLOC_004398，序列與SEQ ID NO.1具有90％以上序列同源性。

優選的，XLOC_004398序列與SEQ ID NO.1具有95％以上序列同源性；更優選的，長鏈非編碼RNA序列為SEQ ID NO.1。

術語“同源”是主要是指序列上的同源，也就是用來說明兩個或多個蛋白質或DNA序列具有相同的祖先。同源的序列一般有相似的功能。蛋白質和DNA的同源性常常通過它們序列的相似性來判定，相似性是指序列比對過程中用來描述檢測序列和目標序列之間相同DNA堿基或氨基酸殘基順序所占比例的高低。一般來說，當相似程度高于50％時，常推測檢測序列和目標序列可能是同源序列；當相似性程度低于20％時，就難以確定其是否具有同源性。

本發明的目的在于提供一種檢測豬肌內脂肪的試劑，試劑通過測序技術、核酸雜交技術或核酸擴增技術檢測XLOC_004398的表達水平。

優選的，通過高通量測序技術、探針雜交技術、基因芯片技術或熒光定量PCR技術檢測XLOC_004398的表達水平。

進一步，所述核酸擴增技術選自聚合酶鏈式反應(PCR)、逆轉錄聚合酶鏈式反應(RT-PCR)、轉錄介導的擴增(TMA)、連接酶鏈式反應(LCR)、鏈置換擴增(SDA)和基于核酸序列的擴增(NASBA)。其中，PCR需要在擴增前將RNA逆轉錄成DNA(RT-PCR)，TMA和NASBA直接擴增RNA。