[發明專利]基于二代測序數據檢測目標基因結構變異的方法

有效

• 申請號: 201711320249.0
• 申請日: 2017-12-12
• 公開（公告）號: CN108073791B
• 公開（公告）日: 2019-02-05
• 發明（設計）人: 郎繼東;田埂
• 申請（專利權）人: 元碼基因科技(蘇州)有限公司
• 主分類號: G16B30/10
• 分類號: G16B30/10
• 代理公司: 北京科石知識產權代理有限公司 11595
• 代理人: 高元吉

1.一種基于二代測序數據檢測目標基因結構變異的方法，其包括以下步驟：

(1)在由多個原始測序序列組成的集合中，針對各原始測序序列從5’端和3’端分別截取掉m個堿基，然后取截取后序列的5’端和3’端各n個堿基，構成待比對序列A和待比對序列B，其中m為0-20之間的整數，n為27-50之間的整數；

(2)由多個候選目標基因的序列組成第一參考序列庫，將全基因組序列作為第二參考序列庫，其中所述第一參考序列庫中各序列長度之和小于所述第二參考序列庫的序列長度之和；

(3)將所述待比對序列A和B分別與所述第一參考序列庫中的序列進行第一比對，

如果待比對序列A和B分別與第一參考序列庫中不同目標基因的序列完全匹配，則將所述待比對序列A和B作為第一比對序列對，

如果待比對序列A和B與第一參考序列庫中的序列不能完全匹配，或者待比對序列A和B均與第一參考序列庫中同一基因中的序列完全匹配，則終止比對，并去除待比對序列A和B；

(4)將所述第一比對序列對與所述第二參考序列庫中的序列進行第二比對，

如果所述第一比對序列對中各序列分別與第二參考序列庫中對應的序列完全匹配，并且能夠完全匹配的序列對為唯一比對序列對，則將所述第一比對序列對作為第二比對序列對，

如果第二比對結果中錯配數為1以上，或者錯配數為0的序列對不為唯一比對序列對，則終止比對，并去除所述第一比對序列對。

2.根據權利要求1所述的方法，其中包括重復進行步驟(3)和(4)。

3.根據權利要求2所述的方法，進一步包括當所述第二比對序列對的數量x為2以上時，則判定存在所述目標基因結構變異，否則判定不存在所述目標基因結構變異。

4.根據權利要求1所述的方法，其中所述目標基因結構變異包括基因融合、基因倒位和基因移位中的至少一種。

5.根據權利要求1所述的方法，其中在由多個原始測序序列組成的集合中各原始測序序列的長度p為75-350bp，且p>(n+m)×2。

6.根據權利要求1所述的方法，其中所述候選目標基因的數量為2-100。

7.根據權利要求1所述的方法，其中所述第一比對采用BLAST算法，且所述第二比對采用SOAP算法。

8.根據權利要求1所述的方法，其中所述多個原始測序序列為雙端測序序列的數據合并序列或單端測序序列。

9.一種基于二代測序數據檢測目標基因結構變異的方法，其包括以下步驟：

(1)在由多個原始測序序列組成的集合中，針對各原始測序序列從5’端和3’端分別截取掉m個堿基，然后取截取后序列的5’端和3’端各n個堿基，構成待比對序列A和待比對序列B，其中m為0-20之間的整數，n為27-50之間的整數；

(2)由多個候選目標基因的序列組成第一參考序列庫，將全基因組序列作為第二參考序列庫，其中所述第一參考序列庫中各序列長度之和小于所述第二參考序列庫的序列長度之和；

(3)將所述待比對序列A和B分別與所述第二參考序列庫中的序列進行第一比對，

如果待比對序列A和B分別與第二參考序列庫中的序列完全匹配，并且能夠完全匹配的序列對為唯一比對序列對，則將待比對序列A和B作為第一比對序列對，

如果第一比對結果中錯配數為1以上，或者錯配數為0的序列對不為唯一比對序列對，則終止比對，并去除待比對序列A和B；

(4)將所述第一比對序列對與所述第一參考序列庫中的序列進行第二比對，

如果第一比對序列對分別與所述第一參考序列庫的不同目標基因的序列完全匹配，則將所述第一比對序列對作為第二比對序列對，

如果第一比對序列對與所述第一參考序列庫中的序列不能完全匹配，或者與第一參考序列庫中同一基因中的序列完全匹配，則終止比對，并去除第一比對序列對。

10.根據權利要求9所述的方法，其中包括重復進行步驟(3)和(4)。