[發(fā)明專(zhuān)利]基于半導(dǎo)體測(cè)序的PKU致病基因突變檢測(cè)方法及裝置

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201711291142.8
• 申請(qǐng)日: 2017-12-08
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN107974490B
• 公開(kāi)（公告）日: 2019-05-14
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 糜慶豐;朱鵬遠(yuǎn);黃銓飛;劉宇彬;王楊;周幸芝;劉情;劉麗菲
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 東莞博奧木華基因科技有限公司
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/6858
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/6858;C40B50/06;C12M1/34
• 代理公司: 北京品源專(zhuān)利代理有限公司 11332
• 代理人: 鞏克棟

1.基于半導(dǎo)體測(cè)序的苯丙酮尿癥致病基因突變檢測(cè)方法，所述方法用于非疾病診斷目的，包括如下步驟：

S1：針對(duì)苯丙酮尿癥致病基因構(gòu)建用于半導(dǎo)體測(cè)序的擴(kuò)增子文庫(kù)，將待測(cè)樣本的擴(kuò)增子文庫(kù)上機(jī)測(cè)序，獲得測(cè)序序列；

S2：將測(cè)序序列與人類(lèi)基因組參考序列進(jìn)行序列比對(duì)，根據(jù)比對(duì)結(jié)果進(jìn)行質(zhì)控過(guò)濾；

S3：將質(zhì)控過(guò)濾后的測(cè)序序列進(jìn)行變異分析，獲取原始變異檢測(cè)結(jié)果；

S4：使用本地突變數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)待測(cè)樣本的原始變異檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行校正；

其中，本地突變數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建方法包括：匯集至少30個(gè)陰性對(duì)照樣本的原始變異檢測(cè)結(jié)果，統(tǒng)計(jì)各位置上各類(lèi)型變異的出現(xiàn)次數(shù)、變異頻率，變異深度，相關(guān)參數(shù)的中位值和標(biāo)準(zhǔn)差，形成本地突變數(shù)據(jù)庫(kù)；構(gòu)建本地突變數(shù)據(jù)庫(kù)時(shí)，統(tǒng)計(jì)深度＞20X的變異；

需要進(jìn)行校正的原始變異檢測(cè)結(jié)果包括：變異頻率在0.15～0.4的堿基替換變異和單堿基插入缺失變異；

校正的方法包括：以正態(tài)分布作為模型，通過(guò)計(jì)算偏離度Z值，如果Z值≤2.5，則將待測(cè)樣本在該位置上的該變異剔除；

其中，Z值＝(待測(cè)樣本變異頻率-本地突變數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)應(yīng)變異頻率中位值)/本地突變數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)應(yīng)變異頻率標(biāo)準(zhǔn)差；

S5：對(duì)校正后的所有變異檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換和變異注釋?zhuān)⒄杖巳侯l率數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行過(guò)濾，確定最終突變檢測(cè)結(jié)果；

參照人群頻率數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行過(guò)濾的方法包括：如果在本地突變數(shù)據(jù)庫(kù)中該變異的變異頻率大于30％，而在人群頻率數(shù)據(jù)庫(kù)中所述變異的變異頻率小于5％，則檢驗(yàn)其Z值；如果Z值小于3，則作為假陽(yáng)性突變過(guò)濾。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于：步驟S2中，所述根據(jù)比對(duì)結(jié)果進(jìn)行質(zhì)控過(guò)濾包括：去除低質(zhì)量的、多匹配和非完全匹配到染色體上的測(cè)序序列，并剔除長(zhǎng)度在擴(kuò)增子片段長(zhǎng)度范圍以外的測(cè)序序列。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于：所述苯丙酮尿癥致病基因包括PAH、PTS、GCH1、QDPR、PCBD1、SPR基因。

4.基于半導(dǎo)體測(cè)序的苯丙酮尿癥致病基因變異檢測(cè)裝置，包括：

測(cè)序單元：用于針對(duì)苯丙酮尿癥致病基因構(gòu)建用于半導(dǎo)體測(cè)序的擴(kuò)增子文庫(kù)，將待測(cè)樣本的擴(kuò)增子文庫(kù)上機(jī)測(cè)序，獲得測(cè)序序列；

質(zhì)控過(guò)濾單元：用于將測(cè)序序列與人類(lèi)基因組參考序列進(jìn)行序列比對(duì)，根據(jù)比對(duì)結(jié)果進(jìn)行質(zhì)控過(guò)濾；

變異分析單元：用于將質(zhì)控后的測(cè)序序列進(jìn)行變異分析，獲取原始變異檢測(cè)結(jié)果；

校正單元；使用本地突變數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)待測(cè)樣本的原始變異檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行校正；

其中，本地突變數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建方法包括：匯集至少30個(gè)陰性對(duì)照樣本的原始變異檢測(cè)結(jié)果，統(tǒng)計(jì)各位置上各類(lèi)型變異的出現(xiàn)次數(shù)、變異頻率，變異深度，相關(guān)參數(shù)的中位值和標(biāo)準(zhǔn)差，形成本地突變數(shù)據(jù)庫(kù)；構(gòu)建本地突變數(shù)據(jù)庫(kù)時(shí)，統(tǒng)計(jì)深度＞20X的變異；

需要進(jìn)行校正的原始變異檢測(cè)結(jié)果包括：變異頻率在0.15～0.4的堿基替換變異和單堿基插入缺失變異；

校正的方法包括：以正態(tài)分布作為模型，通過(guò)計(jì)算偏離度Z值，如果Z值≤2.5，則將待測(cè)樣本在該位置上的該變異剔除；

其中，Z值＝(待測(cè)樣本變異頻率-本地突變數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)應(yīng)變異頻率中位值)/本地突變數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)應(yīng)變異頻率標(biāo)準(zhǔn)差；

突變確定單元：用于對(duì)校正單元處理后的所有變異檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換和變異注釋?zhuān)⒄杖巳侯l率數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行過(guò)濾，確定最終突變檢測(cè)結(jié)果；

參照人群頻率數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行過(guò)濾的方法包括：如果在本地突變數(shù)據(jù)庫(kù)中該變異的變異頻率大于30％，而在人群頻率數(shù)據(jù)庫(kù)中所述變異的變異頻率小于5％，則檢驗(yàn)其Z值；如果Z值小于3，則作為假陽(yáng)性突變過(guò)濾。