[發明專利]預測蛋白質間相互作用的方法、裝置、介質及電子設備

有效

• 申請號: 201711271142.1
• 申請日: 2017-12-05
• 公開（公告）號: CN107977548B
• 公開（公告）日: 2020-04-07
• 發明（設計）人: 湯一凡;崔朝輝;趙立軍;張霞
• 申請（專利權）人: 東軟集團股份有限公司
• 主分類號: G16B20/00
• 分類號: G16B20/00;G16B30/10
• 代理公司: 北京英創嘉友知識產權代理事務所(普通合伙) 11447
• 代理人: 魏嘉熹;南毅寧

1.一種預測蛋白質間相互作用的方法，其特征在于，所述方法包括：

獲取待預測的目標蛋白質序列對，所述目標蛋白質序列對包括第一目標蛋白質序列和第二目標蛋白質序列；

確定所述第一目標蛋白質序列的同源蛋白質序列和所述第二目標蛋白質序列的同源蛋白質序列；

將所述第一目標蛋白質序列的同源蛋白質序列與所述第二目標蛋白質序列的同源蛋白質序列兩兩進行組合，獲得至少一個同源蛋白質序列對；

根據所述至少一個同源蛋白質序列對，在已知蛋白質序列對中進行檢索，其中，每個所述已知蛋白質序列對中的兩個蛋白質序列被認證具有相互作用；

若在所述已知蛋白質序列對中檢索到預定數量的所述同源蛋白質序列對時，預測所述第一目標蛋白質序列和所述第二目標蛋白質序列之間具有相互作用。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述確定所述第一目標蛋白質序列的同源蛋白質序列和所述第二目標蛋白質序列的同源蛋白質序列，包括：

計算所述第一目標蛋白質序列與信息庫中的每個蛋白質序列之間的相似度，并將與所述第一目標蛋白質序列的相似度大于第一預設閾值的蛋白質序列確定為所述第一目標蛋白質序列的同源蛋白質序列，其中，所述信息庫中預先存儲有多個蛋白質序列；

計算所述第二目標蛋白質序列與所述信息庫中的每個蛋白質序列之間的相似度，并將與所述第二目標蛋白質序列的相似度大于第二預設閾值的蛋白質序列確定為所述第二目標蛋白質序列的同源蛋白質序列。

3.根據權利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述根據所述至少一個同源蛋白質序列對，在已知蛋白質序列對中進行檢索，包括：

計算所述目標蛋白質序列對與每個所述同源蛋白質序列對之間的相似度；

根據所述至少一個同源蛋白質序列對中、與所述目標蛋白質序列對之間的相似度大于第三預設閾值的同源蛋白質序列對，在已知蛋白質序列對中進行檢索；或者，根據所述至少一個同源蛋白質序列對中、按照與所述目標蛋白質序列對之間的相似度從大到小的順序排在前n位的同源蛋白質序列對，在已知蛋白質序列對中進行檢索，其中，n≥1。

4.根據權利要求3所述的方法，其特征在于，所述計算所述目標蛋白質序列對與每個所述同源蛋白質序列對之間的相似度，包括：

通過以下方式計算所述目標蛋白質序列對與每個所述同源蛋白質序列對之間的相似度：

其中，JointE_i表示所述目標蛋白質序列對與第i個所述同源蛋白質序列對之間的相似度；E_Ai表示第i個所述同源蛋白質序列對中，所述第一目標蛋白質序列的同源蛋白質序列與所述第一目標蛋白質序列之間的相似度；E_Bi表示第i個所述同源蛋白質序列對中，所述第二目標蛋白質序列的同源蛋白質序列與所述第二目標蛋白質序列之間的相似度。

5.一種預測蛋白質間相互作用的裝置，其特征在于，所述裝置包括：

獲取模塊，用于獲取待預測的目標蛋白質序列對，所述目標蛋白質序列對包括第一目標蛋白質序列和第二目標蛋白質序列；

確定模塊，用于確定所述獲取模塊獲取到的所述第一目標蛋白質序列的同源蛋白質序列和所述第二目標蛋白質序列的同源蛋白質序列；

組合模塊，用于將所述確定模塊確定出的所述第一目標蛋白質序列的同源蛋白質序列與所述第二目標蛋白質序列的同源蛋白質序列兩兩進行組合，獲得至少一個同源蛋白質序列對；

檢索模塊，用于根據所述組合模塊獲得的所述至少一個同源蛋白質序列對，在已知蛋白質序列對中進行檢索，其中，每個所述已知蛋白質序列對中的兩個蛋白質序列被認證具有相互作用；

預測模塊，用于若所述檢索模塊在所述已知蛋白質序列對中檢索到預定數量的所述同源蛋白質序列對時，預測所述第一目標蛋白質序列和所述第二目標蛋白質序列之間具有相互作用。