[發明專利]結核分枝桿菌H37Rv編碼基因及其應用

有效

• 申請號: 201711250169.2
• 申請日: 2017-12-01
• 公開（公告）號: CN108165560B
• 公開（公告）日: 2021-06-08
• 發明（設計）人: 徐平;張瑤;王富強;孫金帥;武舒佳;常蕾
• 申請（專利權）人: 北京蛋白質組研究中心
• 主分類號: C12N15/31
• 分類號: C12N15/31;C07K14/35;C12N15/11;C12Q1/689;C12Q1/04;C12R1/32
• 代理公司: 北京律誠同業知識產權代理有限公司 11006
• 代理人: 黃韌敏

本發明涉及一種結核分枝桿菌H37Rv的編碼基因，其可用作結核分枝桿菌復合群分子鑒定的標準基因，用于結核分枝桿菌復合群的分子鑒定及臨床檢測。

技術領域

本發明涉及基因檢測領域，具體涉及對病原菌物種進行鑒定。

背景技術

結核分枝桿菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)是引起人類結核病的病原菌。可入侵全身各器官，但以肺結核為最多見。結核病是至今極為重要的傳染病，嚴重威脅人類生命健康。據WHO報道，每年約有800萬新病例發生，至少有300萬人死于該病。MTB的臨床菌株難培養、生長緩慢、與其它分枝桿菌能交叉感染、結核病與其它呼吸道感染癥狀難區分等特征，給臨床快速診斷和治療帶來了極大的困難。故建立快速、準確、特異、敏感、廉價的結核病檢測方法，是有效治療、控制結核病蔓延的必要前提，也是臨床實驗室分枝桿菌檢測面臨的新挑戰和新任務。

結核分枝桿菌復合群(Mycobacterium tuberculosis complex,MTBC)，包括M.tuberculosis、M.africanum、M.orygis、M.bovis、M.microti、M.canettii、M.caprae、M.pinnipedii、M.suricattae、M.mungi等分枝桿菌類群，這些物種均會引起人和其它生命體結核病。目前國內外對MTBC的鑒定方法主要分為以下三類：傳統分離培養法；分子水平檢測(IS6110、限制性片段長度多態性分析、多位點可變數目重復片段多態性分析等)；菌體成分(脂肪酸、分枝菌酸)色譜分析方法。三類方法雖都有各自的優點，但也有不足之處，如傳統分離培養周期長和菌體可培養率低；目前分子水平檢測在特異性、靈敏性和簡便性方面尚差些；菌體成分特性分析成本較高、操作復雜。

MTB H37Rv于1998年完成全基因組測序，是最早完成全圖測序的MTB菌株。自此，各國研究者們基于算法優化、注釋軟件更新、轉錄組學和蛋白質組學等策略，一直在完善、補充H37Rv基因注釋數據庫。然而，由于MTB屬于原核生物，由于原核生物基因組注釋技術本身的不足，在基因組注釋中尚可能存在注釋錯誤(過度注釋、基因邊界錯誤和ORF起始、終止位點錯誤、可變剪接、核糖體移位、漏注釋)，給深入、準確解析生物學機制帶來了困擾。為解決此難題，蛋白質基因組學(Proteogenomics)雖已被用于H37Rv已注釋基因的校正，然而，高比例假陽性、常規技術難以進行注釋基因預測、新基因驗證、新基因功能分析及其應用等是該領域所面臨的難題。

總的來說，傳統結核分枝桿菌復合群(MTBC)鑒定策略具有周期長、步驟繁瑣、特異性和靈敏度不高等缺陷。為進一步完善對H37Rv全基因組重新注釋，發現H37Rv中遺漏注釋基因，確保H37Rv全基因組遺漏注釋基因及其在MTBC分子鑒定中的應用技術得到有效保護，開發利用H37Rv新基因在MTBC類群中快速精準鑒別的方法勢在必行。

發明內容

本發明的一個目的是提供一種結核分枝桿菌H37Rv新的編碼基因，該基因為H37Rv漏注釋編碼基因Rv0572A(-|665434-665601|)，其可用作結核分枝桿菌復合群條形碼分子標記，用于檢測結核分枝桿菌復合群，其序列如SEQ ID NO.1所示。

本發明的其他目的包括提供可用于擴增上述編碼基因的特異性PCR引物以及提供一種檢測或鑒定樣品中是否存在結合分枝桿菌復合群的檢測方法；本發明還提供與上述編碼基因相關的檢測試劑盒和上述基因的應用。