[發(fā)明專利]結(jié)核分枝桿菌H37Rv編碼基因及其應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201711249300.3
• 申請日: 2017-12-01
• 公開（公告）號: CN108004253B
• 公開（公告）日: 2021-04-20
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 徐平;張瑤;王富強(qiáng);孫金帥;武舒佳;常蕾
• 申請（專利權(quán)）人: 北京蛋白質(zhì)組研究中心
• 主分類號: C12N15/31
• 分類號: C12N15/31;C07K14/35;C12Q1/689;C12Q1/04;C12N15/11;C12R1/32
• 代理公司: 北京律誠同業(yè)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11006
• 代理人: 黃韌敏

本發(fā)明涉及一種結(jié)核分枝桿菌H37Rv編碼基因，其可用作結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群分子鑒定的標(biāo)準(zhǔn)基因，用于結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群的分子鑒定及臨床檢測。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及基因檢測領(lǐng)域，具體涉及對病原菌物種進(jìn)行鑒定。

背景技術(shù)

結(jié)核分枝桿菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)是引起人類結(jié)核病的病原菌。可入侵全身各器官，但以肺結(jié)核為最多見。結(jié)核病是至今極為重要的傳染病，嚴(yán)重威脅人類生命健康。據(jù)WHO報(bào)道，每年約有800萬新病例發(fā)生，至少有300萬人死于該病。MTB的臨床菌株難培養(yǎng)、生長緩慢、與其它分枝桿菌能交叉感染、結(jié)核病與其它呼吸道感染癥狀難區(qū)分等特征，給臨床快速診斷和治療帶來了極大的困難。故建立快速、準(zhǔn)確、特異、敏感、廉價(jià)的結(jié)核病檢測方法，是有效治療、控制結(jié)核病蔓延的必要前提，也是臨床實(shí)驗(yàn)室分枝桿菌檢測面臨的新挑戰(zhàn)和新任務(wù)。

結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群(Mycobacterium tuberculosis complex,MTBC)，包括M.tuberculosis、M.africanum、M.orygis、M.bovis、M.microti、M.canettii、M.caprae、M.pinnipedii、M.suricattae、M.mungi等分枝桿菌類群，這些物種均會(huì)引起人和其它生命體結(jié)核病。目前國內(nèi)外對MTBC的鑒定方法主要分為以下三類：傳統(tǒng)分離培養(yǎng)法；分子水平檢測(IS6110、限制性片段長度多態(tài)性分析、多位點(diǎn)可變數(shù)目重復(fù)片段多態(tài)性分析等)；菌體成分(脂肪酸、分枝菌酸)色譜分析方法。三類方法雖都有各自的優(yōu)點(diǎn)，但也有不足之處，如傳統(tǒng)分離培養(yǎng)周期長和菌體可培養(yǎng)率低；目前分子水平檢測在特異性、靈敏性和簡便性方面尚差些；菌體成分特性分析成本較高、操作復(fù)雜。

MTB H37Rv于1998年完成全基因組測序，是最早完成全圖測序的MTB菌株。自此，各國研究者們基于算法優(yōu)化、注釋軟件更新、轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)等策略，一直在完善、補(bǔ)充H37Rv基因注釋數(shù)據(jù)庫。然而，由于MTB屬于原核生物，由于原核生物基因組注釋技術(shù)本身的不足，在基因組注釋中尚可能存在注釋錯(cuò)誤(過度注釋、基因邊界錯(cuò)誤和ORF起始、終止位點(diǎn)錯(cuò)誤、可變剪接、核糖體移位、漏注釋)，給深入、準(zhǔn)確解析生物學(xué)機(jī)制帶來了困擾。為解決此難題，蛋白質(zhì)基因組學(xué)(Proteogenomics)雖已被用于H37Rv已注釋基因的校正，然而，高比例假陽性、常規(guī)技術(shù)難以進(jìn)行注釋基因預(yù)測、新基因驗(yàn)證、新基因功能分析及其應(yīng)用等是該領(lǐng)域所面臨的難題。

總的來說，傳統(tǒng)結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群(MTBC)鑒定策略具有周期長、步驟繁瑣、特異性和靈敏度不高等缺陷。為進(jìn)一步完善對H37Rv全基因組重新注釋，發(fā)現(xiàn)H37Rv中遺漏注釋基因，確保H37Rv全基因組遺漏注釋基因及其在MTBC分子鑒定中的應(yīng)用技術(shù)得到有效保護(hù)，開發(fā)利用H37Rv新基因在MTBC類群中快速精準(zhǔn)鑒別的方法勢在必行。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的一個(gè)目的是提供一種結(jié)核分枝桿菌H37Rv新的編碼基因，該基因?yàn)镠37Rv漏注釋編碼基因Rv0609B(-|704475-704672|)，其可用作結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群條形碼分子標(biāo)記，用于檢測結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群，其序列如SEQ ID NO.1所示。

本發(fā)明的其他目的包括提供可用于擴(kuò)增上述編碼基因的特異性PCR引物以及提供一種檢測或鑒定樣品中是否存在結(jié)合分枝桿菌復(fù)合群的檢測方法；本發(fā)明還提供與上述編碼基因相關(guān)的檢測試劑盒和上述基因的應(yīng)用。