[發(fā)明專利]一種用于檢測動物類群線粒體基因組重排的方法有效
| 申請?zhí)枺?/td> | 201711233475.5 | 申請日： | 2017-11-30 |
| 公開（公告）號： | CN107885977B | 公開（公告）日： | 2019-10-18 |
| 發(fā)明（設(shè)計）人： | 張際峰;孫玥;芮存芳;馮飛;李慧杰;熊偉 | 申請（專利權(quán)）人： | 淮南師范學(xué)院 |
| 主分類號： | G16B50/30 | 分類號： | G16B50/30;G16B20/00;C12Q1/6888 |
| 代理公司： | 北京中譽威圣知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11279 | 代理人： | 蔣常雪 |
| 地址： | 23203*** | 國省代碼： | 安徽;34 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 一種 用于 檢測 物類 線粒體 基因組 重排 方法 | ||
1.一種用于檢測動物類群線粒體基因組重排的方法，其特征在于：提出了一種能夠量化動物類群中線粒體基因組每個基因的重排情況的新算法，其具體公式如下：
其中CSR值是重排累加值，表示A基因的重排累加值，Xn表示該基因在其中一個物種中的重排頻率值，n是研究類群的所有物種數(shù)，rCSR是相對重排頻率值，rCSRA表示A基因的相對重排頻率值；其中，在選定參考基因排序后，重排頻率值Xn的計算方法如下：①相對于基準(zhǔn)排序，如果該基因左右兩側(cè)相鄰基因不變，則不給該基因加分；②如果左側(cè)或是右側(cè)相鄰基因發(fā)生了改變，則給該基因加1分；③如果被考察基因出現(xiàn)缺失，串聯(lián)重復(fù)或是其兩側(cè)相鄰的基因均發(fā)生了改變，則給該基因加2分。
2.基于權(quán)利要求1所述的一種用于檢測動物類群線粒體基因組重排的方法，其特征在于：rCSR值可以量化動物類群中線粒體基因組每個基因的重排情況，rCSR的取值范圍在0到1之間，由公式可知：rCSR值越接近于0，則該基因越保守，越接近于1，則該基因的重排頻率越高。
3.基于權(quán)利要求2所述的一種用于檢測動物類群線粒體基因組重排的方法，其特征在于：根據(jù)上述特征，在兩棲動物線粒體基因重排中，因其較保守，我們定義如下概念：rCSR值小于0.05為保守基因，rCSR值大于0.2則為高頻基因；若基因組中某一區(qū)段首尾相連的所有基因的rCSR值都小于0.05，則該區(qū)段為重排保守區(qū)段；同樣的，若基因組中某一區(qū)段的排列連續(xù)的所有基因的rCSR值都大于0.2，則該區(qū)段為該研究類群的重排高頻區(qū)段，據(jù)此可以發(fā)現(xiàn)某一研究類群的重排高頻區(qū)段和保守區(qū)段。
4.基于權(quán)利要求1所述的一種用于檢測動物類群線粒體基因組重排的方法，其特征在于：可以進(jìn)一步通過上述方法對不同類群的線粒體基因進(jìn)行重排信息的掃描，進(jìn)而可以完成不同類群的相同指定基因的重排頻率的橫向比較。
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