[發明專利]一種基于單腫瘤樣本拷貝數變異及缺失類型檢測方法有效
| 申請號： | 201711219637.X | 申請日： | 2017-11-28 |
| 公開（公告）號： | CN108154007B | 公開（公告）日： | 2021-06-29 |
| 發明（設計）人： | 袁細國;白俊;李杰;楊利英;張軍英;高美虹 | 申請（專利權）人： | 西安電子科技大學 |
| 主分類號： | G16B20/10 | 分類號： | G16B20/10;G16B20/20 |
| 代理公司： | 西安長和專利代理有限公司 61227 | 代理人： | 黃偉洪;何畏 |
| 地址： | 710071 陜西省*** | 國省代碼： | 陜西;61 |
| 權利要求書： | 查看更多 | 說明書： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 一種 基于 腫瘤 樣本 拷貝 變異 缺失 類型 檢測 方法 | ||
1.一種基于單腫瘤樣本拷貝數變異及缺失類型檢測方法，其特征在于，所述基于單腫瘤樣本拷貝數變異及缺失類型檢測方法包括以下步驟：
(1)數據輸入，SAM文件，Read.txt文件，以及參考序列；
(2)讀段數規整化處理，在輸入文件的基礎上，針對比對后的讀段數，設置bin的大小為1000，計算每個bin的read count(RC)，設計以下公式進行規整化處理，即對GC含量進行更正并對RC進行平衡化處理：
其中，表示所觀察到的第i個bin的RC，和分別表示全基因RC平均值和與第i個bin具有相同GC含量bin的RC平均值，re表示錯誤比對的RC，L_read，N_read，和N_bin分別表示讀段的長度，SAM文件中讀段的個數，以及全基因組中bin的個數，Qj表示第j個讀段的比對質量；
公式(3)主要是用于對讀段數進行平衡化處理，其中rmax和rmin分別表示全基因中最大的RC和最小的RC，以構建合理的統計檢驗分布；
(3)建立統計檢驗模型
在進行GC含量更正及RC平衡化處理基礎之上，利用讀段數服從泊松分布的性質，計算每個bin的概率值，依據該概率值建立正態分布，進而計算每個bin的p值，設計顯著性水平閾值，低于該閾值的bin被認為發生了顯著的拷貝數變異；
設計迭代檢測過程，即將顯著的bin剔除掉，重復利用公式(3)對RC進行平衡，進而重新構建正態分布，以檢測弱顯著的拷貝數變異；
(4)基于貝葉斯理論的拷貝數變異狀態推導
針對顯著的bin，通過構建貝葉斯推理模型，公式(4)和(5)，對拷貝數擴展與缺失，拷貝數雜合子缺失與同源缺失狀態進行推理：
針對公式(4)其貝葉斯概率計算方法公式(6)和(7)，其中先驗概率通過顯著的bin概率進行估計，而條件概率p(bini∈CNV|gain)和p(bini∈CNV|loss)通過觀察到的RC值計算；針對公式(5)，也可采用同樣的方法進行計算：
該專利技術資料僅供研究查看技術是否侵權等信息，商用須獲得專利權人授權。該專利全部權利屬于西安電子科技大學，未經西安電子科技大學許可，擅自商用是侵權行為。如果您想購買此專利、獲得商業授權和技術合作，請聯系【客服】
本文鏈接：http://www.szxzyx.cn/pat/books/201711219637.X/1.html，轉載請聲明來源鉆瓜專利網。
