[發明專利]一種基于高通量測序的膀胱癌檢測試劑盒

有效

• 申請號: 201711200742.9
• 申請日: 2017-11-23
• 公開（公告）號: CN107992719B
• 公開（公告）日: 2021-08-06
• 發明（設計）人: 楊學習;楊旭;范冬梅;黃麗敏
• 申請（專利權）人: 南方醫科大學
• 主分類號: G16B25/00
• 分類號: G16B25/00;G16B30/10;C12M1/34
• 代理公司: 廣州粵高專利商標代理有限公司 44102
• 代理人: 陳衛

1.一種基于高通量測序的膀胱癌檢測試劑盒，其特征在于，所述試劑盒的檢測體系包括樣品采集體系，DNA提取體系，DNA消化反應體系，DNA純化體系，文庫構建體系，高通量測序體系，染色體微缺失微重復分析體系；其中染色體微缺失微重復分析體系的具體方法包括以下步驟：

S1.去除低質量數據：將陰性樣本和待測樣本的測序數據與參考基因組比對，去除重復序列、非唯一比對序列、錯誤比對序列、比對質量低序列，得到唯一比對序列，篩選出MAPQ30的序列；

S2.有效區域篩選：將參考基因組以50Kb作為步長將每條染色體分割成50Kb的區間，稱為bin，共有A個bin，編號為bin1…binA，

統計每個陰性樣本所有bin的序列數目，記錄為x_ij表示第i個樣本第j個bin的序列數目，陰性樣本的個數用B表示，200≤B≤500，

根據公式(1)計算第j個bin的均值

其中，n表示陰性樣本的個數B，

根據公式(2)計算標準差分別為s_j：

其中，n表示陰性樣本的個數B，

去除小于2的bin，

根據公式(3)計算的均值

其中，k表示bin的個數A，

根據公式(4)計算的標準差s：

其中，k表示bin的個數A，

去除超出的bin，

剩余的bin作為有效分析的區域，每個樣品有N個有效分析bin，其中位于常染色體1～22號染色體有N_c個有效分析bin，

S3.確定基線數據：計算每個陰性樣本已篩選bin的序列數目，用x_ij表示第i個樣本第j個bin的序列數目，

根據公式(5)計算出N_c個常染色體有效分析bin序列數目平均值

其中，n表示陰性樣本的個數B，m表示第i個樣本常染色體有效分析bin的個數N_c，根據公式(6)計算出x_ij除以N_c個常染色體有效分析bin序列數目平均值得到序列數目比例x_ij％：

根據公式(7)計算第j個bin序列數目比例的均值

其中，n表示陰性樣本的個數B，

根據公式(8)計算第j個bin序列數目比例的標準差s_j％：

其中，n表示陰性樣本的個數B，

S4.分析微重復微缺失：根據公式(9)計算一個待檢樣本第j個bin的序列數目x_j，除以平均陰性樣本的常染色體bin序列數目之和得到序列數目比例x_j％，再除以bin序列數目比例的均值后乘以2得到標準化序列比例norm(x_j)：

然后使用R軟件DNAcopy包中的圓二值分割法對標準化序列比例進行切割，查找斷點并劃分不同拷貝數區間；最后根據下公式(10)～(12)計算每個區間的Zscore值，值大于3的為微重復，小于3的為微缺失，其中，p、q分別為所述區間的開始和結束位置，μ、σ為動態區間的基線均值和標準差；

2.根據權利要求1所述的膀胱癌檢測試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包括以下試劑：DNA提取試劑，DNA消化試劑，DNA純化試劑，DNA文庫構建試劑，DNA高通量測序試劑。

3.根據權利要求1所述的膀胱癌檢測試劑盒，其特征在于，DNA消化反應體系如下：1UDNase I，5μL 10×Reaction Buffer，DNA模板，超純水補齊到50μL；反應條件：37℃反應5min；65℃反應10min使DNase I失活。

4.根據權利要求3所述的膀胱癌檢測試劑盒，其特征在于，DNA消化反應體系中DNA模板不少于100ng。

5.根據權利要求1所述的膀胱癌檢測試劑盒，其特征在于，樣品采集體系中，樣本尿液為晨尿中的中段尿。