[發明專利]一種靶向抑制綠色熒光蛋白GFP基因表達的siRNA序列

在審

• 申請號: 201711164634.0
• 申請日: 2017-11-21
• 公開（公告）號: CN107937399A
• 公開（公告）日: 2018-04-20
• 發明（設計）人: 王浩;呂利群;夏思瑤;余琳;孫皓
• 申請（專利權）人: 上海海洋大學
• 主分類號: C12N15/113
• 分類號: C12N15/113
• 代理公司: 上海伯瑞杰知識產權代理有限公司31227
• 代理人: 曹莉

技術領域

本發明涉及基因沉默技術領域，特別涉及一種靶向抑制綠色熒光蛋白GFP基因表達的siRNA序列。

背景技術

綠色熒光蛋白(Green Fluorescent Protein,GFP)來自發光水母(Aequoreavictoria),其蛋白大小27kDa，由238個氨基酸構成,自身是一個生物發光系統,附帶有激發后能發射生物熒光的發光色基,其發光過程不同于其它生物發光組織,是不需熒光素酶參與的。光激發GFP熒光是一個特異性的獨立過程,并不需要任何的協同因子、底物或其它來自于水母的基因表達產物。GFP蛋白作為標記物，廣泛的應用于目標蛋白的標記物，GFP基因在N或C末端與異源基因接合構成編碼融合蛋白的嵌合基因,其表達產物既保持了外源蛋白的生物活性,又表現出與天然GFP相似的熒光特性(Wang & Hazelrigg,1994；Marshallet al.,1995；Stearns,1995)。GFP作為熒光標簽蛋白主要應用于活體或細胞離體內追蹤某一特定蛋白的合成、運輸和定位研究分析。

RNA干擾(RNA interference,RNAi)是指由內源或外源雙鏈RNA(double-stranded RNA，dsRNA)引發的轉錄后基因沉默機制，這種基因沉默機制具有高度特異性、高效性、持久性的特點。RNAi機制本身是自然界中一種普遍的現象，是一種高度保守的抵御機制。

在進行RNAi實驗過程中，需要制備siRNA，設計高效的siRNA序列是RNAi實驗成敗的前提。目前研究主要集中在對哺乳動物細胞，進行高效的siRNA序列的設計和實驗鑒定；而對于魚類細胞系siRNA的序列專一性要求非常嚴謹，與靶mRNA之間一個堿基錯配都會顯著削弱基因沉默的效果。

發明內容

本發明公開一種靶向抑制綠色熒光蛋白GFP基因表達的siRNA序列，本發明所設計的針對GFP蛋白的SiRNA序列在魚類細胞系(CIK)中能夠利用RNAi機制高效的抑制GFP蛋白的表達。

為解決上述技術問題，本發明通過如下技術方案實現：

一種靶向抑制綠色熒光蛋白GFP基因表達的siRNA序列,其特征在于：所述的siRNA序列為：

有義鏈：

5’-GAUCCG-CACAAGCUGGAGUACAACU-UUCAAGAGA-AGUUGUACUCCAGCUUGUG-UUUUUUGGAAA-3；

反義鏈：

3’-GC-GUGUUCGACCUCAUGUUGA-AAGUUCUCU-UCAACAUGAGGUCGAACAC-AAAAAA-CCUUUUCGA。

所述siRNA的克隆載體為pSilencer2.1-U6neo。

述的pSilencer2.1-U6neo長度為4521bp。

所述pSilencer2.1-U6neo的克隆位點為BamHⅠ/HindⅢ。

所述的siRNA用于魚類細胞系中。

進一步的，所述綠色熒光蛋白GFP的基因序列為：