[發明專利]通過使用靶向大規模并行測序的等位基因比率分析進行的胎兒三體性的非侵入性產前診斷

有效

• 申請號: 201711164143.6
• 申請日: 2013-04-08
• 公開（公告）號: CN107841543B
• 公開（公告）日: 2021-12-31
• 發明（設計）人: 趙慧君;廖嘉煒;陳君賜;盧煜明
• 申請（專利權）人: 香港中文大學
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869
• 代理公司: 北京英賽嘉華知識產權代理有限責任公司 11204
• 代理人: 王達佐;洪欣

1.分析來自懷有胎兒的女性個體的生物樣品以確定所述胎兒是否具有與第一染色體相關的非整倍性的系統，所述生物樣品包含來自所述胎兒和所述女性個體的DNA分子的混合物，所述系統包括：

接收裝置，所述接收裝置用于接收從對來自所述生物樣品的DNA進行測序所獲得的多個序列閱讀結果；

分析裝置，所述分析裝置用于分析所述多個序列閱讀結果，其中分析序列閱讀結果包括：

通過將所述序列閱讀結果與參照基因組比對來鑒定所述序列閱讀結果在所述參照基因組中的位置；和

確定所述序列閱讀結果各自的等位基因；

第一鑒定裝置，所述第一鑒定裝置用于將第一染色體上的多個第一基因座鑒定為待分析的靶標區域；

第二鑒定裝置，所述第二鑒定裝置用于將一個或多個參照染色體上的多個第二基因座鑒定為待分析的靶標區域，并且其中所述懷孕的女性在所述第一基因座和第二基因座中的每個基因座處針對各個母本等位基因為純合的，并且其中所述胎兒在所述第一基因座和第二基因座中的每個基因座處針對所述各個母本等位基因和各個父本等位基因為雜合的，所述各個父本等位基因與所述各個母本等位基因不同；

第一確定裝置，所述第一確定裝置用于確定所述多個第一基因座處所述各個母本等位基因的第一母本量；

第二確定裝置，所述第二確定裝置用于確定所述多個第一基因座處所述各個父本等位基因的第一父本量；

第一計算裝置，所述第一計算裝置用于計算所述第一母本量與所述第一父本量的第一比率；

第三確定裝置，所述第三確定裝置用于確定所述多個第二基因座處所述各個母本等位基因的第二母本量；

第四確定裝置，所述第四確定裝置用于確定所述多個第二基因座處所述各個父本等位基因的第二父本量；

第二計算裝置，所述第二計算裝置用于計算所述第二母本量與所述第二父本量的第二比率；

第三計算裝置，所述第三計算裝置用于計算所述第一比率與所述第二比率的第三比率；以及

比較裝置，所述比較裝置用于將所述第三比率與一個或多個閾值比較，以確定所述胎兒是否具有與所述第一染色體相關的非整倍性。

2.如權利要求1所述的系統，其中所述第一鑒定裝置包括：

將多個序列閱讀結果與所述多個第一基因座的第一基因座比對；和

鑒定所述多個序列閱讀結果中與所述第一基因座對齊的兩個等位基因。

3.如權利要求2所述的系統，其還包括：

第五確定裝置，所述第五確定裝置用于確定對應于所述第一基因座處的第一等位基因的序列閱讀結果的第一數目；

第六確定裝置，所述第六確定裝置用于確定對應于所述第一基因座處的第二等位基因的序列閱讀結果的第二數目；

第四計算裝置，所述第四計算裝置用于計算所述第一數目與所述第二數目的等位基因比率；

第七確定裝置，所述第七確定裝置用于確定所述等位基因比率是否大于第一閾值且小于第二閾值。

4.如權利要求1所述的系統，其中所述第一鑒定裝置包括：

鑒定所述胎兒的父本針對所述第一基因座處的第一等位基因是純合的；和

鑒定所述懷孕的女性針對所述第一基因座處的第二等位基因是純合的。

5.如權利要求1所述的系統，其中所述第一比率對應于由所述第一母本量和所述第一父本量確定的所述混合物中胎兒DNA分子的第一百分比，并且其中所述第二比率對應于由所述第二母本量和所述第二父本量確定的所述混合物中胎兒核酸分子的第二百分比。

6.如權利要求1所述的系統，其中所述第一比率包括所述第一父本量除以所述第一父本量與所述第一母本量之和。

7.如權利要求1所述的系統，其中所述第一比率包括所述第一父本量除以所述第一母本量，且所述第二比率包括所述第二父本量除以所述第二母本量。

8.如權利要求1所述的系統，其中第一閾值對應于母本來源的非整倍性，且第二閾值對應于父本來源的非整倍性。