[發(fā)明專利]一種牡蠣中GI型諾如病毒特異性檢測(cè)引物及其應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201711148087.7
• 申請(qǐng)日: 2017-11-17
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN107858452B
• 公開(kāi)（公告）日: 2021-07-30
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 王永杰;郭萍;喻勇新
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 上海海洋大學(xué)
• 主分類號(hào): C12Q1/70
• 分類號(hào): C12Q1/70;C12Q1/6848;C12N15/11;C12R1/93
• 代理公司: 上海卓陽(yáng)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 31262
• 代理人: 周春洪

本發(fā)明涉及一種牡蠣中GI型諾如病毒特異性檢測(cè)引物，屬于病毒技術(shù)領(lǐng)域。本發(fā)明還提供該引物的應(yīng)用。其優(yōu)點(diǎn)表現(xiàn)在：通過(guò)對(duì)已發(fā)表的所有GI型諾如病毒序列進(jìn)行比對(duì)分析設(shè)計(jì)出一對(duì)通用型GI諾如病毒檢測(cè)引物，并采用半巢式PCR的檢測(cè)方法將新引物與已發(fā)表的GI檢測(cè)引物(COGIFGISKR和GISKFGISKR)在特異性，覆蓋率，靈敏度等方面進(jìn)行比較，發(fā)現(xiàn)針對(duì)牡蠣中諾如病毒檢測(cè)方面，新設(shè)計(jì)的GI通用型引物(NGIOF和NGIOR)具有更好的特異性，為以后的諾如病毒檢測(cè)工作提供了巨大的便利。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及病毒技術(shù)領(lǐng)域，具體地說(shuō)，是一種牡蠣中GI型諾如病毒特異性檢測(cè)引物及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

諾如病毒(Norovirus，NoV)，又稱為諾瓦克病毒，于1968年在美國(guó)俄亥俄州諾瓦克地區(qū)的一所學(xué)校中暴發(fā)的一起流行性腹瀉的患者糞便中發(fā)現(xiàn)，因此而得名^[1-7]。諾如病毒是小圓狀結(jié)構(gòu)RNA病毒，屬于杯狀病毒科。諾如病毒基因組全長(zhǎng)約7,700nt，包含3個(gè)開(kāi)放閱讀框(Open reading frames，ORFs)。ORF1編碼非結(jié)構(gòu)蛋白，包括RNA聚合酶(RNA-dependentRNA polymerase，RdRp)；ORF2和ORF3分別編碼主要(VP1)和次要(VP2)衣殼蛋白^[8-10]。

諾如病毒主要分為6個(gè)基因類群，其中GI，GII，GIV型諾如病毒可以感染人類^[11-12]。由于GIV型諾如病毒沒(méi)有GI和GII型流行，故一般著重于GI，GII型諾如病毒的研究，在GI和GII基因類群中，又可以分別細(xì)分出至少9和21中基因型。值得注意是，重組NoV的出現(xiàn)衍生出更多的基因亞型或變異株，使基因分型變得更為復(fù)雜^[13-15]。

諾如病毒在環(huán)境中傳播的主要載體是牡蠣為代表的雙殼軟體動(dòng)物^[16]。貝類中NoV污染不但危害人體健康，還嚴(yán)重影響我國(guó)的水產(chǎn)貿(mào)易^[17-20]。除此之外，研究發(fā)現(xiàn)，食用污染的牡蠣是NoV感染的主要原因，因此對(duì)牡蠣中NoV的檢測(cè)有助于更好地對(duì)NoV的爆發(fā)進(jìn)行診斷并進(jìn)行實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)。

本實(shí)驗(yàn)室中，通過(guò)利用已發(fā)表并廣為運(yùn)用的GI型NoV檢測(cè)引物(COGIFGISKR和GISKFGISKR)對(duì)牡蠣進(jìn)行NoV檢測(cè)工作，發(fā)現(xiàn)該對(duì)引物會(huì)對(duì)陰性樣品產(chǎn)生與目的條帶大小接近的非特異性條帶，這將大大阻礙對(duì)NoV的檢測(cè)工作。在這種情況下，設(shè)計(jì)一對(duì)特異性良好的通用型GI型NoV檢測(cè)引物將會(huì)有助于后續(xù)的檢測(cè)工作以及一系列關(guān)于NoV的研究工作的展開(kāi)。

中國(guó)專利文獻(xiàn)CN103397105A公開(kāi)了一種檢測(cè)GII型諾如病毒的引物對(duì)和探針，及包含所述引物對(duì)和探針的試劑盒。中國(guó)專利文獻(xiàn)CN102304514A公開(kāi)了及一種引物及利用該引物檢測(cè)GI型GII型諾如病毒的方法。中國(guó)專利文獻(xiàn)CN103642943A公開(kāi)了一種GI型諾如病毒的環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增檢測(cè)引物組、檢測(cè)方法。中國(guó)專利文獻(xiàn)CN106119417A公開(kāi)了一種精確定量檢測(cè)諾如病毒I型的試劑盒及檢測(cè)方法。但是本發(fā)明的牡蠣中GI型諾如病毒特異性檢測(cè)引物的設(shè)計(jì)，優(yōu)化及評(píng)估目前還未見(jiàn)報(bào)道。

[1]Blacklow NR,Greenberg HB.Viral gastroenteritis[J].NewEngl.J Med,1991,325:252－264.

[2]de Wit MA,Koopmans MP,Kortbeek LM,Wannet WJ,Vinje J,van Leusden F,Bartelds AI,vanDuynhoven YT.Sensor,a population-based cohort study ongastroenteritis in the Netherlands:incidence and etiology.American journal ofepidemiology,2001,154(7):666-674.