[發明專利]一個與豬經濟性狀相關的SNP位點及其應用

有效

• 申請號: 201711122996.3
• 申請日: 2017-11-14
• 公開（公告）號: CN107937557B
• 公開（公告）日: 2020-05-05
• 發明（設計）人: 胡曉湘;談成;郭曉莉;吳珍芳;劉德武;李寧
• 申請（專利權）人: 中國農業大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 王文君;王璐

本發明涉及SNP位點，具體公開了一個與豬多個重要經濟性狀相關的SNP位點(Chr7：34913640)及其應用。本發明通過測定并記錄杜洛克豬的多個重要經濟性狀，利用優化的GBS技術對3702頭杜洛克豬體進行GWAS研究，得到了一個與豬多個重要經濟性狀(背膘厚、眼肌面積和瘦肉率)顯著相關的SNP(Chr7：34913640)位點。統計該SNP位點在重測序的地方豬種(金華豬、五指山豬、陸川豬、梅山豬、榮昌豬、萊蕪豬、二花臉豬、河套豬和民豬)與商品豬種(杜洛克豬、長白豬、約克夏豬和杜長大豬)中的SNP頻率，發現其SNP頻率分布在地方豬種和商品豬種中存在顯著差異，商品豬中G為優勢等位基因，地方豬中T為優勢等位基因，為豬的標記輔助選擇提供了科學依據。

技術領域

本發明涉及SNP位點，具體地說，涉及一個與豬多個重要經濟性狀相關的SNP位點及其應用。

背景技術

我國是一個養豬大國，豬肉產量和質量的市場需求日益增加，提高豬肉產量、改善豬肉胴體質量，成為育種科學家長期以來不斷探索的工作。早期的育種工作主要集中于豬的表型選擇，隨著基因組工作的不斷推進和遺傳標記的廣泛開發，分子選擇正逐漸成為可靠而有效的選擇方法。

單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism，SNP)標記是第三代SNP位點，是指在基因組DNA序列上有單個堿基的突變而產生的一種多態性，這種突變包括單堿基的顛換、轉換、插入和缺失。SNP具有量大、高頻率、低突變率等優點，廣泛應用于基因組分析、生物信息自動化檢測、簡單和復雜疾病的遺傳研究、畜牧育種標記及全球種族遺傳學等研究。SNP位點輔助選擇育種，是在分子水平上對目標性狀進行選擇，可以不受環境影響，通過遺傳背景選擇，減少連鎖累贅，從而加速育種過程及精準度。

全基因組關聯分析(Genome-wide association studies，GWAS)是畜禽經濟性狀遺傳改良和機理解析的重要方法。隨著二代測序技術的發展，全基因組重測序和簡化基因組測序技術成為高通量SNP分型的有力工具，GBS(Genotyping-by-sequencing)是簡化基因組測序的經典代表，是一種高效的全基因組SNP分型方法，可以從群體中直接鑒定SNP并進行分型，能以較低的成本獲得幾萬到幾十萬不等的SNP分型信息，已被廣泛應用于動植物的SNP位點開發、群體遺傳分析、全基因組關聯分析以及基因組選擇育種等研究中(De Donatoet al.，2013；Elshire et al.，2011；He et al.，2014)。

豬的背膘厚表示脂肪多少，背膘厚度越厚瘦肉率越低，相反，則瘦肉率高。瘦肉率指豬含有的瘦肉量，瘦肉所占的比率，良種豬的瘦肉率會比較高。豬眼肌面積是指豬最長肌橫斷面面積，豬個體的瘦肉率越高，眼肌面積越大。以上三個性狀均與家豬產肉性能有強相關性，在育種中具有重要的研究意義。

若能夠篩選一種與上述三個經濟性狀顯著相關的SNP位點或SNP分子標記，則有助于為豬的標記輔助選擇育種提供有利的理論依據。

發明內容

為了解決現有技術中存在的問題，本發明的目的是提供一個與豬多個重要經濟性狀相關的SNP位點及其應用。

為了實現本發明的目的，本發明的技術方案如下：

一方面，本發明提供了一種與豬經濟性狀相關的SNP位點，該位點為基因組版本Ensembl Sscrofa 10.2的Chr7：34913640，該位點的等位基因為G和T，有G/G、T/T和G/T三種基因型。