[發(fā)明專(zhuān)利]一個(gè)與豬飼料轉(zhuǎn)化率相關(guān)的SNP位點(diǎn)及其應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201711122930.4
• 申請(qǐng)日: 2017-11-14
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN107937556B
• 公開(kāi)（公告）日: 2020-04-24
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 胡曉湘;談成;郭曉莉;吳珍芳;劉德武;李寧
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/6888
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 北京路浩知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11002
• 代理人: 王文君;王璐

本發(fā)明涉及SNP位點(diǎn)，具體公開(kāi)了一個(gè)與豬飼料轉(zhuǎn)化率相關(guān)的SNP位點(diǎn)(Chr4：18499116)及其應(yīng)用。本發(fā)明通過(guò)測(cè)定并記錄杜洛克豬的重要經(jīng)濟(jì)性狀并計(jì)算飼料轉(zhuǎn)化率，利用優(yōu)化的GBS技術(shù)對(duì)3702頭杜洛克豬體進(jìn)行飼料轉(zhuǎn)化率的GWAS研究，得到一個(gè)影響豬飼料轉(zhuǎn)化率的SNP位點(diǎn)(Chr4：18499116)。統(tǒng)計(jì)該SNP位點(diǎn)在重測(cè)序的地方豬種(五指山豬、陸川豬、梅山豬、榮昌豬、萊蕪豬、二花臉豬、河套豬和民豬)與商品豬種(杜洛克豬、長(zhǎng)白豬、約克夏豬和杜長(zhǎng)大豬)中的SNP頻率，發(fā)現(xiàn)其SNP頻率分布在地方豬種和商品豬種中存在顯著差異，商品豬中C為優(yōu)勢(shì)等位基因，地方豬中T為優(yōu)勢(shì)等位基因，為豬的標(biāo)記輔助選擇提供了科學(xué)依據(jù)。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及SNP位點(diǎn)，具體地說(shuō)，涉及一個(gè)與豬飼料轉(zhuǎn)化率相關(guān)的SNP位點(diǎn)及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

我國(guó)是一個(gè)養(yǎng)豬大國(guó)，豬肉產(chǎn)量和質(zhì)量的市場(chǎng)需求日益增加，提高豬肉產(chǎn)量、改善豬肉胴體質(zhì)量，成為育種科學(xué)家長(zhǎng)期以來(lái)不斷探索的工作。早期的育種工作主要集中與豬的表型選擇，隨著基因組工作的不斷推進(jìn)和遺傳標(biāo)記的廣泛開(kāi)發(fā)，分子選擇正逐漸成為可靠而有效的選擇方法。

單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism，SNP)標(biāo)記是第三代SNP位點(diǎn)，是指在基因組DNA序列上有單個(gè)堿基的突變而產(chǎn)生的一種多態(tài)性，這種突變包括單堿基的顛換、轉(zhuǎn)換、插入和缺失。SNP具有量大、高頻率、低突變率等優(yōu)點(diǎn)，廣泛應(yīng)用于基因組分析、生物信息自動(dòng)化檢測(cè)、簡(jiǎn)單和復(fù)雜疾病的遺傳研究、畜牧育種標(biāo)記及全球種族遺傳學(xué)等研究。SNP位點(diǎn)輔助選擇育種，是在分子水平上對(duì)目標(biāo)性狀進(jìn)行選擇，可以不受環(huán)境影響，通過(guò)遺傳背景選擇，減少連鎖累贅，從而加速育種過(guò)程及精準(zhǔn)度。

全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome-wide association studies，GWAS)是畜禽經(jīng)濟(jì)性狀遺傳改良和機(jī)理解析的重要方法。隨著二代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，全基因組重測(cè)序和簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)成為高通量SNP分型的有力工具，GBS(Genotyping-by-sequencing)是簡(jiǎn)化基因組測(cè)序的經(jīng)典代表，是一種高效的全基因組SNP分型方法，可以從群體中直接鑒定SNP并進(jìn)行分型，能以較低的成本獲得幾萬(wàn)到幾十萬(wàn)不等的SNP分型信息，已被廣泛應(yīng)用于動(dòng)植物的SNP位點(diǎn)開(kāi)發(fā)、群體遺傳分析、全基因組關(guān)聯(lián)分析以及基因組選擇育種等研究中(De Donatoet al.，2013；Elshire et al.，2011；He et al.，2014)。

豬的飼料轉(zhuǎn)化率直接與豬的生長(zhǎng)性能相關(guān)，因此，研究豬的飼料轉(zhuǎn)化率，在育種中具有重要的研究意義。

若能夠篩選一種與豬飼料轉(zhuǎn)化率顯著相關(guān)的SNP位點(diǎn)或SNP分子標(biāo)記，則有助于為豬的標(biāo)記輔助選擇育種提供有利的理論依據(jù)。

發(fā)明內(nèi)容

為了解決現(xiàn)有技術(shù)中存在的問(wèn)題，本發(fā)明的目的是提供一個(gè)與豬飼料轉(zhuǎn)化率相關(guān)的SNP位點(diǎn)及其應(yīng)用。

為了實(shí)現(xiàn)本發(fā)明的目的，本發(fā)明的技術(shù)方案如下：

一方面，本發(fā)明提供了一種與豬飼料轉(zhuǎn)化率相關(guān)的SNP位點(diǎn)，該位點(diǎn)為基因組版本Ensembl Sscrofa 10.2的Chr4：18499116，該位點(diǎn)的等位基因?yàn)镃和T，有C/C、C/T和T/T三種基因型。

所述SNP位點(diǎn)位于SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列中第101位堿基。