[發明專利]基于轉錄組測序開發的花椰菜SSR引物

有效

• 申請號: 201711105832.X
• 申請日: 2017-11-10
• 公開（公告）號: CN107604094B
• 公開（公告）日: 2020-10-27
• 發明（設計）人: 林琿;朱海生;李永平;陳敏氡;溫慶放;薛珠政;葉新如
• 申請（專利權）人: 福建省農業科學院作物研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 福州元創專利商標代理有限公司 35100
• 代理人: 蔡學俊

本發明提供基于轉錄組測序開發的花椰菜SSR引物，包含17對引物，引物序列如SEQ ID NO.1?34所示。本發明利用花椰菜轉錄組測序獲得的大量轉錄本數據信息，開發大量的SSR引物，并利用本課題組收集的代表性種質資源對開發的SSR標記進行有效性驗證，為后續的花椰菜遺傳多樣性研究、基因組比較研究、遺傳圖譜構建、重要性狀的QTL定位、核心資源的利用和保存、分子輔助育種等方面奠定基礎。

技術領域

本發明屬于生物技術領域，具體涉及基于轉錄組測序開發的花椰菜SSR引物。

背景技術

花椰菜（Brassica oleracea L. var. botrytis L., 2n=2x=18）是十字花科蕓薹屬中以花球為食用器官的甘藍類蔬菜，原產于地中海沿岸（劉運霞，2011）。花椰菜在我國福建、浙江、湖北等地區均有種植，是我國非常重要的蔬菜之一。花椰菜因營養豐富，有抗癌防癌功效，作為藥食兼用的保健型蔬菜，需求量不斷增加，種植面積不斷擴大（朱世揚 等，2012）。據報道，我國花椰菜在栽培面積和產量上居于世界首位（李文萍 等，2014）。

我國花椰菜育種研究起步較晚。品種資源是育種研究的基礎，鑒定和分析花椰菜品種間的遺傳關系是品種選育的必不可少的關鍵步驟。DNA標記技術是生物學領域在分子水平上研究蔬菜遺傳多樣性的重要輔助方法。為了從分子層面上研究花椰菜的遺傳多樣性，近年來許多科研工作者應用AFLP(李志琪，2003)、RAPD(林琿，2007；田源，2007)、InDel(劉運霞，2011)、ISSR（馬二磊 等，2010）、SRAP(樓鈺 等，2015；姚雪琴 等，2016)等開展研究工作。關于SSR標記在花椰菜上研究報道較少，僅是王冬梅和劉運霞等（王冬梅，2011；劉運霞，2011）根據近緣物種引物的通用原理，利用甘藍開發的EST-SSR標記開展花椰菜親緣關系的鑒定。

SSR（simple sequence repeat，微衛星序列即簡單重復序列）分子標記技術是一種具有操作簡單、重復性好、共顯性高、穩定性好、位點特異等優點的 DNA 分子標記，在真核和原核生物中應用廣泛（Tuler et al.，2015）。根據它的來源，可分為基因組 SSR(g-SSR) 和表達序列標簽 SSR(EST-SSR)。傳統的 SSR 標記的開發是通過基因組或下載EST序列，根據基因序列的兩側保守區域來設計SSR引物，工作量大、時間長、花費高昂（Zhang etal.，2012），并且 NCBI 數據庫中的花椰菜 EST 序列數量有限，可開發的 SSR 引物數量不多。隨著分子生物學技術的飛速發展，高通量轉錄組測序技術可以在無參考基因組的情況下，獲得某個物種的大量轉錄本信息，利用生物信息學軟件開發大量的 SSR 引物，具有迅速高效、花費合理、數據可靠等優點。目前，通過轉錄組測序平臺開發 SSR 標記已經在大白菜（Ding et al.，2015）、蘿卜（Zhai et al.，2014）、辣椒（劉峰 等，2012）、茄子（魏明明等，2016）、南瓜（Wu et al.，2014）、菜薹（李榮華 等，2016）、洋蔥（李滿堂 等，2015）、菠菜（潛宗偉 等，2016）等蔬菜中得到應用。本研究利用花椰菜轉錄組測序獲得的大量轉錄本數據信息，開發大量的 SSR 引物，并利用本課題組收集的代表性種質資源對開發的 SSR 標記進行有效性驗證，為后續的花椰菜遺傳多樣性研究、基因組比較研究、遺傳圖譜構建、重要性狀的QTL定位、核心資源的利用和保存、分子輔助育種等方面奠定基礎。

發明內容

本發明的目的在于提供基于轉錄組測序開發的花椰菜SSR引物，為后續的花椰菜遺傳多樣性研究、基因組比較研究、遺傳圖譜構建、重要性狀的QTL定位、核心資源的利用和保存、分子輔助育種等方面奠定基礎。

為實現上述目的，本發明采用如下技術方案：

所述引物包含17對引物，引物序列如SEQ ID NO.1-34所示。具體如下表：

17對花椰菜SSR引物信息