[發明專利]一種檢測晉南牛IGF1R基因CNV標記的方法及其應用

有效

• 申請號: 201710986321.7
• 申請日: 2017-10-20
• 公開（公告）號: CN107557439B
• 公開（公告）日: 2020-04-21
• 發明（設計）人: 陳宏;馬懿磊;蔡含芳;白躍宇;馬云;雷初朝;藍賢勇;黃永震
• 申請（專利權）人: 西北農林科技大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888
• 代理公司: 西安通大專利代理有限責任公司 61200
• 代理人: 范巍

1.一種檢測晉南牛IGF1R基因CNV標記的方法，其特征在于：包括以下步驟：

利用實時熒光定量PCR，以晉南牛的基因組DNA為模板，以引物對IGF1R-CNV為引物，擴增IGF1R基因的拷貝數變異區域，同時以引物對BTF3-CNV為引物擴增作為內參的BTF3基因的部分片段，然后根據定量結果鑒定晉南牛IGF1R基因上CNV標記的拷貝數變異類型；

所述的引物對IGF1R-CNV為：

上游引物F1：5’-GACTATGGCACCAGTGTTTGT-3’

下游引物R1：5’-CCTTGAGGCTATCGCTGTATT-3’；

所述的引物對BTF3-CNV為：

上游引物F2：5’-CAAGAAGACTCATTCCTT-3’

下游引物R2：5’-CACAAGCACATTATTCAC-3’；

所述的拷貝數變異類型是根據2*2^-ΔCt將定量結果分為三類：插入型，2*2^-ΔCt>2.5；缺失型，2*2^-ΔCt<1.5；正常型，2*2^-ΔCt＝1.5～2.5；

晉南牛IGF1R基因上CNV為缺失型和正常型拷貝數變異類型的個體在體高、體斜長、胸圍上優于插入型拷貝數變異類型的個體。

2.如權利要求1所述一種檢測晉南牛IGF1R基因CNV標記的方法，其特征在于：所述的IGF1R基因的拷貝數變異位于牛IGF1R基因參考基因組序列AC_000178.1的8170001bp至8180000bp。

3.如權利要求1所述一種檢測晉南牛IGF1R基因CNV標記的方法，其特征在于：所述的實時熒光定量PCR采用的擴增體系包括25ng/μL模板DNA 1μL及10pmol/L的引物對IGF1R-CNV、引物對BTF3-CNV所對應的上、下游引物各0.5μL。

4.如權利要求1所述一種檢測晉南牛IGF1R基因CNV標記的方法，其特征在于：所述的實時熒光定量PCR采用的反應程序包括以下步驟：95℃預變性10min；95℃變性15s，60℃退火1min，共40個循環。

5.如權利要求1所述一種檢測晉南牛IGF1R基因CNV標記的方法，其特征在于：基于引物對IGF1R-CNV擴增的PCR產物片段大小為171bp，基于引物對BTF3-CNV擴增的PCR產物片段大小為109bp。

6.如權利要求1-5中任意一項權利要求所述的方法在晉南牛分子標記輔助選擇育種中的應用，其特征在于：所述CNV標記為缺失型和正常型拷貝數變異類型的個體在生長性狀上優于插入型拷貝數變異類型的個體，所述生長性狀為體高、體斜長、胸圍。