[發明專利]一種引入序列信息的殘基相互作用網絡比對方法SI-MAGNA

有效

• 申請號: 201710981020.5
• 申請日: 2017-10-20
• 公開（公告）號: CN107679616B
• 公開（公告）日: 2020-12-04
• 發明（設計）人: 丁彥蕊;陶斯涵
• 申請（專利權）人: 江南大學
• 主分類號: G06N3/00
• 分類號: G06N3/00
• 代理公司: 哈爾濱市陽光惠遠知識產權代理有限公司 23211
• 代理人: 張勇

1.一種引入序列信息的殘基相互作用網絡比對方法SI-MAGNA，其特征在于：基于完全依靠網絡拓撲信息的MAGNA網絡比對方法框架，將蛋白質的序列信息相似性得分引入適應度函數中，優化網絡比對算法；使用BLOSUM矩陣作為蛋白質序列比對的打分矩陣，將比對后的序列相似性得分加入到殘基相互作用網絡比對方法的優化函數中，即將適應度函數F定義為：

F＝α×TopoScore(f)+(1-α)×SeqScore(f)，α∈[0,1]

其中TopoScore(f)表示拓撲信息的相似性得分，SeqScore(f)表示序列信息的相似性得分。

2.根據權利要求1所述的一種引入序列信息的殘基相互作用網絡比對方法SI-MAGNA，它基于MAGNA方法框架和引入蛋白質的序列信息得分的適應度函數F，其特征包括以下步驟：

(1)輸入網絡G₁、G₂及相關參數：代數N、精英率e、種群規模p；

(2)隨機產生種群規模p的比對初始種群P₀；

(3)以初始種群P₀作為父代種群；

(4)設置代數計數器n＝1；

(5)計算父代種群P中成員的適應度值，并進行排序；

(6)判斷并保留適應度值高的父代種群成員，保留比例為精英率e，即P′₁＝P·e；

(7)通過Roulette選擇算法和交叉函數產生適應度值較高的比對成員，補足剩余的部分，即P′₂＝P·(1-e)；

(8)將(6)(7)步驟產生的比對成員組成子代成員P’；

(9)當n達到代數N時，終止循環；

(10)輸出網絡比對結果。