[發(fā)明專利]一種從頭測(cè)序方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201710913734.2
• 申請(qǐng)日: 2017-09-30
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN107729719B
• 公開(kāi)（公告）日: 2020-05-26
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 楊皓;遲浩;曾文鋒;周文婧;劉超;賀思敏
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 中國(guó)科學(xué)院計(jì)算技術(shù)研究所
• 主分類號(hào): G16B25/00
• 分類號(hào): G16B25/00;G16B45/00;G16B50/30
• 代理公司: 北京泛華偉業(yè)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11280
• 代理人: 王勇;李科

1.一種從頭測(cè)序方法，包括以下步驟：

步驟1：在通過(guò)酶切產(chǎn)生的兩個(gè)數(shù)據(jù)集中查找鏡像肽段對(duì)應(yīng)的鏡像譜圖，其中，所述兩個(gè)數(shù)據(jù)集是使用胰蛋白酶在氨基酸K、R的C端酶切產(chǎn)生的數(shù)據(jù)集以及使用鏡像胰蛋白酶在氨基酸的K、R的N端酶切產(chǎn)生的數(shù)據(jù)集；

步驟2：從所述鏡像譜圖中檢測(cè)高可信譜峰和普通譜峰；

步驟3：根據(jù)所述高可信譜峰和普通譜峰構(gòu)建有向無(wú)環(huán)圖，其中，所述高可信譜峰對(duì)應(yīng)的結(jié)點(diǎn)是高可信結(jié)點(diǎn)，普通譜峰對(duì)應(yīng)的結(jié)點(diǎn)是普通結(jié)點(diǎn)；

步驟4：基于所構(gòu)建的有向無(wú)環(huán)圖生成候選肽段。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的從頭測(cè)序方法，其中，形式為A₁A₂…A_l[K/R/-]和[K/R/-]A₁A₂…A_l的兩條肽段是鏡像肽段，前者是胰蛋白酶產(chǎn)生的肽段，后者是鏡像胰蛋白酶產(chǎn)生的肽段，A_i至A_l是20種氨基酸的任意一種，“-”表示無(wú)氨基酸，K表示氨基酸K，R表示氨基酸R。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的從頭測(cè)序方法，其中，步驟1包括：

對(duì)于某張胰蛋白酶譜圖T，在鏡像胰蛋白酶數(shù)據(jù)集中查找符合鏡像肽段母離子質(zhì)量差的譜圖L；

將與譜圖L匹配度最高的肽段轉(zhuǎn)化為胰蛋白酶譜圖對(duì)應(yīng)的肽段，并將轉(zhuǎn)后的肽段與譜圖T進(jìn)行匹配打分；

將譜圖T匹配度最高的肽段轉(zhuǎn)化為鏡像胰蛋白酶譜圖對(duì)應(yīng)的肽段，并將轉(zhuǎn)換后的肽段與譜圖L進(jìn)行匹配打分；

綜合兩個(gè)打分獲得打分結(jié)果，如果打分結(jié)果超過(guò)閾值，則譜圖T和L是鏡像譜圖。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的從頭測(cè)序方法，其中，所述高可信譜峰是滿足下列公式中任一項(xiàng)的譜峰：

m_q＝m_p+128

m_q＝m_p+156

m_q＝m_p-128

m_q＝m_p-156

m_q＝(Q+1)-(m_p+128)

m_q＝(Q+1)-(m_p+156)

m_q＝(Q+1)-(m_p-128)

m_q＝(Q+1)-(m_p-156)

其中，m_p和i_p分別表示胰蛋白酶譜圖中第p根譜峰的質(zhì)量和強(qiáng)度，m_q和i_q分別表示鏡像胰蛋白酶譜圖中第q根譜峰的質(zhì)量和強(qiáng)度，Q表示鏡像胰蛋白酶譜圖的母離子質(zhì)量。