[發(fā)明專利]確定未處理的樣品中感興趣的核酸的量的方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201710870498.0
• 申請(qǐng)日: 2017-09-22
• 公開（公告）號(hào): CN107868816B
• 公開（公告）日: 2023-07-25
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: A·富蘭;M·齊德
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 豪夫邁·羅氏有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6851
• 分類號(hào): C12Q1/6851
• 代理公司: 北京坤瑞律師事務(wù)所 11494
• 代理人: 羅天樂

1.一種用于確定未處理樣品中感興趣的核酸的量或濃度的方法，所述方法為非診斷方法，所述方法包括以下步驟：

a)提供

-疑似含有感興趣的核酸的未處理樣品，和

-已知含有與感興趣的核酸不同的參考核酸的參考樣品；

b)將未處理樣品與限定量的參考樣品合并，從而獲得合并的樣品；

c)處理該合并的樣品，從而獲得適合于數(shù)字聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(dPCR)的經(jīng)處理的樣品；

d)用該經(jīng)處理的樣品進(jìn)行dPCR，從而確定該經(jīng)處理的樣品中感興趣的核酸的量或濃度以及參考核酸的量或濃度；

e)用限定量的參考樣品進(jìn)行dPCR，從而確定該限定量的參考樣品中的參考核酸的量或濃度；

f)將步驟d)中確定的參考核酸的量或濃度與步驟e)中確定的參考核酸的量或濃度進(jìn)行比較，從而確定步驟c)中核酸的產(chǎn)率；和

g)基于在步驟d)中確定的經(jīng)處理的樣品中感興趣的核酸的量或濃度和步驟f)中確定的產(chǎn)率，確定未處理樣品中感興趣的核酸的量或濃度。

2.一種用于確定未處理樣品中感興趣的核酸的量或濃度的方法，所述方法為非診斷方法，所述方法包括以下步驟：

a)提供疑似含有感興趣的核酸的未處理樣品；

b)提供已知含有與感興趣的核酸不同的參考核酸的參考樣品；

c)處理該參考樣品，從而獲得適合于dPCR的經(jīng)處理的參考樣品；

d)用該經(jīng)處理的參考樣品進(jìn)行dPCR，從而確定該經(jīng)處理的參考樣品中的參考核酸的量或濃度；

e)用限定量的未處理參考樣品進(jìn)行dPCR，從而確定在該限定量的未處理參考樣品中的參考核酸的量或濃度；

f)將步驟d)中確定的參考核酸的量或濃度與步驟e)中確定的參考核酸的量或濃度進(jìn)行比較，從而確定步驟c)中核酸的產(chǎn)率；

g)處理步驟a)中未處理樣品，從而獲得適合于dPCR的經(jīng)處理的樣品，其中處理步驟c)和g)是相同的；

h)用步驟g)中經(jīng)處理的樣品進(jìn)行dPCR，從而確定感興趣的核酸的量或濃度；和

i)基于在步驟h)中確定的經(jīng)處理的樣品中感興趣的核酸的量或濃度和步驟f)中確定的產(chǎn)率，確定未處理樣品中感興趣的核酸的量或濃度。

3.權(quán)利要求2的方法，其中步驟a)及g)至i)的實(shí)施與步驟b)至f)的實(shí)施在位置上和/或時(shí)間上是分開的。

4.權(quán)利要求2的方法，其中步驟a)及g)至i)的實(shí)施與步驟b)至f)的實(shí)施在時(shí)間上是分開的。

5.權(quán)利要求1至4中任一項(xiàng)的方法，

-其中將參考樣品中的參考核酸的量或濃度與參考值進(jìn)行比較，從而控制所述參考樣品，或其中參考樣品中參考核酸的量或濃度是未知的或未預(yù)先確定；和/或

-其中步驟e)中參考樣品的量或濃度與步驟b)中的完全相同。

6.權(quán)利要求1至5中任一項(xiàng)的方法，其中所述參考核酸

-是選自DNA、RNA及其混合物的核酸；

-與感興趣的核酸具有相同的引物結(jié)合位點(diǎn)；

-與感興趣的核酸具有不同的引物結(jié)合位點(diǎn)；

-具有與感興趣的核酸的一定長度的核酸至多50％不同的一定長度的核酸；

-具有與感興趣的核酸的序列至少50％相同的序列；

-具有與感興趣的核酸的G和C含量至多50％不同的G和C含量；和/或

-包含這樣的部分：其不是感興趣的核酸的一部分并且被用于檢測該參考核酸。

7.權(quán)利要求6的方法，其中所述參考核酸具有與感興趣的核酸的一定長度的核酸至多25％不同的一定長度的核酸。

8.權(quán)利要求7的方法，其中所述參考核酸具有與感興趣的核酸的一定長度的核酸至多10％不同的一定長度的核酸。

9.權(quán)利要求8的方法，其中所述參考核酸具有與感興趣的核酸的一定長度的核酸至多5％不同的一定長度的核酸。