[發明專利]基于液相捕獲技術判定單基因病相關拷貝數缺失的方法

有效

• 申請號: 201710859573.3
• 申請日: 2017-09-21
• 公開（公告）號: CN107688726B
• 公開（公告）日: 2021-09-07
• 發明（設計）人: 吉冠玉;李旭超;王君文;高飛;謝正媛;葉漢風;吉紅玉
• 申請（專利權）人: 深圳市易基因科技有限公司
• 主分類號: G16B20/10
• 分類號: G16B20/10;G06N3/04;G06N7/00
• 代理公司: 北京科億知識產權代理事務所(普通合伙) 11350
• 代理人: 湯東鳳

1.一種基于液相捕獲技術判定單基因病相關拷貝數缺失的方法，其特征在于，利用bootstrap重復取樣算法，通過對control區域內基因片段多次放回抽樣，模擬概率密度函數，并利用貝葉斯原理計算該片段是否是缺失，方法步驟如下：

S1：設計并確定單基因病control區域；

S2：提取DNA并進行二代測序；

S3：對測序原始下機數據進行數據清洗，去除測序質量低的片段；

S4：利用unique mapped reads確定探針區域內的單個堿基位點的深度；

S5：建立樣品富集的概率密度函數f(x)和數據量減半的概率密度函數f_1/2(x)；

S6：判別函數的確定，

S7：根據S6確定純合函數為Hom(x)，雜合則函數為Het(x)，將計算結果累積求和即為樣品的判定類型S(x)：

S(x_i)＝Hom(x_i)+Het(x_i)

所述S5中樣品富集的概率密度函數f(x)，其芯片捕獲的數據分布類型呈對數正態分布，計算出單次芯片捕獲的均值與方差，判定均值＜0.5，或者標準差＞0.5者為不合格樣品，需重新增加重復樣品進行判定；

所述S7中將目標基因檢測區域劃分為100bp的小窗口bins，分別計算每個窗口的缺失類型，如果檢測位置深度＜0.1則相應位置判定為純合缺失，則純合函數Hom(x)＝1，否則利用F(x)函數判定是否為雜合，雜合則函數Het(x)記為1，對于歸一化后深度＞1+3*標準差的樣品可以判定為拷貝數增加。

2.根據權利要求1所述的一種基于液相捕獲技術判定單基因病相關拷貝數缺失的方法，其特征在于，所述S1中的探針區域為500-1000個，每個樣品的測序深度＞100X。

3.根據權利要求1所述的一種基于液相捕獲技術判定單基因病相關拷貝數缺失的方法，其特征在于，所述S2中每個樣品的測序原始數據平均在300X以上。

4.根據權利要求1所述的一種基于液相捕獲技術判定單基因病相關拷貝數缺失的方法，其特征在于，所述S3中每條測序的reads測序質量Q20以上的堿基占總堿基數目的70％以上。

5.根據權利要求1所述的一種基于液相捕獲技術判定單基因病相關拷貝數缺失的方法，其特征在于，所述S5中數據量減半的概率密度函數的建立，是從原始數據中隨機抽取一半的數據，計算control區域內經過GC校正和歸一化之后的深度分布，利用bootstrap技術進行抽樣，并模擬概率密度函數f_1/2(x)。

6.根據權利要求1所述的一種基于液相捕獲技術判定單基因病相關拷貝數缺失的方法，其特征在于，一個小窗口bins判定為拷貝數增加或者純合缺失亦或者雜合缺失，則往下延伸，5個小窗口以上都有缺失的為種子判定窗口，此時如果窗口中有j個雜合，k個純合，則判定函數為：

Hom(x_i)＝k

Het(x_i)＝j。