[發明專利]一種玉米耐低磷相關的Indel標記及應用

有效

• 申請號: 201710779118.2
• 申請日: 2017-08-31
• 公開（公告）號: CN107815451B
• 公開（公告）日: 2021-05-14
• 發明（設計）人: 高世斌;任志勇;劉丹;吳玲;蘇順宗;孫婉玲;羅博文;馬鵬;丁鑫;郭佳蕾;何璇;魯泉曉;胡云;林海建;張素芝
• 申請（專利權）人: 四川農業大學
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/6895
• 代理公司: 北京眾合誠成知識產權代理有限公司 11246
• 代理人: 夏艷

本發明公開了一種玉米耐低磷相關的Indel標記及應用，該Indel標記位于玉米的第一條染色體ZmPHR1基因的1395bp位置，等位基因為TCTGT的缺失。該Indel標記通過如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的引物對進行檢測。本發明還公開了一種檢測玉米耐低磷相關基因ZmPHR1的方法，用上述的引物對進行PCR擴增待檢測玉米基因組DNA，如果能夠擴增出缺失TCTGT片段，則說明該待檢玉米存在耐低磷相關基因ZmPHR1基因。本發明在ZmPHR1序列1395bp位置處插入TCTGT的等位基因型被視作優異/增效等位基因型，此基因型玉米材料在低磷脅迫下的根系表型相對更好。

技術領域

本發明屬于生物技術領域，具體地說，涉及一種玉米耐低磷相關的Indel標記及應用。

背景技術

功能分子標記(functional markers)是基于目的基因基序中功能性核酸多態性位點開發而成的一類新型分子標記。關聯分析方法依賴于基因組中等位基因單倍型的非隨機性為基礎的連鎖不平衡，該方法可用于鑒定表型相關的基因和基因內部的功能基序。以一些相互間無親緣關系的種質資源，純系品種或者自交系為材料，針對候選基因區段進行序列多樣性分析，結合生物材料的表型數據，采用統計學的方法，從而檢驗表型變異與候選基因序列多樣性之間的關聯，也是一種檢驗候選基因表型功能的途徑(Whitt S R,BucklerE S.Using natural allelic diversity to evaluate gene function[J].PlantFunctional Genomics,2003:123-139；Wilson L M,Whitt S R,A M,etal.Dissection of maize kernel composition and starch production by candidategene association[J].The Plant Cell,2004,16(10):2719-2733.)。若二者之間存在顯著關聯，則來源于該位點的可檢驗該序列的多樣性的分子標記，即成為相應的功能標記。此方法可充分利用自然進化和人工進化過程中所積累的遺傳重組，從而高分率地檢驗現存物種中候選基因的遺傳多樣性與表型變異之間的關系，最終識別功能性的多態性及互作(Bao JS,Corke H,Sun M.Nucleotide diversity in starch synthase IIa and validation ofsingle nucleotide polymorphisms in relation to starch gelatinizationtemperature and other physicochemical properties in rice(Oryza sativa L.)[J].Theoretical and Applied Genetics,2006,113(7):1171-1183.)，進而獲得功能標記。關聯分析提供了統計學上的間接證據，故被稱為間接類型的功能標記。

發明內容

有鑒于此，本發明提供了一種玉米耐低磷相關的Indel標記及應用，利用RIL(Recombinant Inbred Lines,重組自交系)群體ZmPHR1基因的分離，和該RIL群體的表型變異數據，推測一個InDel標記(insertion-deletion插入缺失標記)的遺傳效應。

為了解決上述技術問題，本發明公開了一種玉米耐低磷相關的Indel標記，該Indel標記位于玉米的第一條染色體ZmPHR1基因的1395bp位置，等位基因為TCTGT的缺失。

本發明還公開了一種上述的Indel標記在玉米育種中的應用。

本發明還公開了一種上述的Indel標記在提高玉米根尖數中的應用。

本發明還公開了一種檢測上述的Indel標記的引物對，

上游引物：TGTTGTGGGAGGCAGTT，如SEQ ID NO.1所示；

下游引物：CCTAAGAGCCCTACGAAAT，如SEQ ID NO.2所示。