[發明專利]長絲裂腹魚微衛星位點及其引物和應用

有效

• 申請號: 201710778373.5
• 申請日: 2017-09-01
• 公開（公告）號: CN107779515B
• 公開（公告）日: 2020-12-08
• 發明（設計）人: 李偉濤;闕延福;邵科;史方;朱濱;趙修江;李媛;米闖
• 申請（專利權）人: 水利部中國科學院水工程生態研究所;中國長江三峽集團公司
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 湖北武漢永嘉專利代理有限公司 42102
• 代理人: 鐘鋒;徐曉琴

本發明屬于分子生物學DNA標記技術領域，具體涉及長絲裂腹魚微衛星位點及其引物和應用。本發明所述長絲裂腹魚7個微衛星位點的核酸序列分別為SEQ ID NO:1~SEQ ID NO:7所示。所述引物序列如SEQ ID NO:8~SEQ ID NO:21所示。本發明從長絲裂腹魚基因組DNA中篩選7個微衛星位點，并在微衛星重復序列兩端的側翼區設計特異性引物進行擴增，獲得的產物具有高度的多態性和穩定性，可用于長絲裂腹魚的群體遺傳學、親緣關系分析、分子標記輔助育種等領域。

技術領域

本發明屬于分子生物學DNA標記技術領域，具體涉及長絲裂腹魚微衛星位點及其引物和應用。

背景技術

微衛星DNA：又稱為短串聯重復序列或簡單序列重復。它是以1～6個堿基的短核苷酸為基本單位首尾相連組成串聯重復序列，由于重復次數不同以及重復程度的不完全造成了每個位點的長度多態性。由于每個微衛星兩端的序列多是相對保守的單拷貝序列，可根據其兩端設計一對特異性引物，通過PCR技術來擴增相應位點的微衛星序列，再經電泳分析，即可顯示不同基因型個體微衛星的多態性。微衛星由于分布廣泛，密度大，多態性豐富，遵循孟德爾分離定律，共顯性遺傳、易于PCR擴增，所需DNA數量極少，對DNA質量要求不高，結果重復性好等優點，目前已被廣泛應用于遺傳多樣性、親緣關系分析、連鎖圖譜構建、功能基因定位、分子標記輔助育種等領域。

長絲裂腹魚Schizothorax dolichonema(Herzenstein,1889)，隸屬鯉形目(Cypriniformes)鯉科(Cyprinidae)裂腹魚亞科(Schizothoracinae)裂腹魚屬(Schizothorax)，英文名longthread schizothoracin，俗稱緬魚、甲魚等，其肉質細嫩，味道鮮美，營養豐富，是當地產區的重要經濟魚類。長絲裂腹魚是長江上游特有魚類，四川省重點保護種，在《中國物種紅色名錄》中被列為瀕危種(EN)，分布于金沙江和雅礱江，是我國青藏高原特有的冷水性魚類，通常在清澈而水流較緩的水域活動，在春季和夏季的繁殖季節集群并作短距離的生殖洄游。有關長絲裂腹魚研究，主要集中在人工繁殖、游泳能力等方面；岳興建發表了長絲裂腹魚線粒體的全序列(全長16,583bp)。由于金沙江和雅礱江上梯級水電站的修建，長絲裂腹魚棲息地片斷化，過度捕撈等原因致使長絲裂腹魚的種群數量急劇下降，因此，選用有效的微衛星標記了解長絲裂腹魚群體遺傳多樣性背景，對于其資源保護和合理開發利用具有重要意義。

發明內容

本發明針對現有技術不足，目的在于提供長絲裂腹魚微衛星位點及其引物和應用。

為實現上述發明目的，本發明采用的技術方案為：

長絲裂腹魚的微衛星位點，其特征在于，所述微衛星位點選自：

1)核苷酸序列為SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:7中任一堿基序列；

2)與1)中所述核苷酸序列互補的堿基序列。

與上述長絲裂腹魚微衛星位點相對應的引物，其核苷酸序列如SEQ ID NO:8～SEQID NO:21所示。

上述方案中，核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示的微衛星位點的引物對，其上游核苷酸序列如SEQ ID NO:8所示，下游核苷酸序列如SEQ ID NO:9所示。

上述方案中，核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示的微衛星位點的引物對，其上游核苷酸序列如SEQ ID NO:10所示，下游核苷酸序列如SEQ ID NO:11所示。

上述方案中，核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示的微衛星位點的引物對，其上游核苷酸序列如SEQ ID NO:12所示，下游核苷酸序列如SEQ ID NO:13所示。