[發明專利]亞洲棉短絨性狀QTL的分子標記及其應用

有效

• 申請號: 201710683655.7
• 申請日: 2017-08-11
• 公開（公告）號: CN107236823B
• 公開（公告）日: 2018-10-26
• 發明（設計）人: 杜雄明;潘兆娥;何守樸;龔文芳;賈銀華;孫君靈;王立如;龐保印;耿曉麗
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院棉花研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 成都方圓聿聯專利代理事務所(普通合伙) 51241
• 代理人: 曹少華

本發明公開了一種亞洲棉短絨性狀QTL的分子標記，QTL有三個，分別是qFZ?1?1、qFZ?9?1和qFZ?9?2；其中qFZ?1?1位于染色體A01，與分子標記DPL490緊密連鎖，遺傳距離是0.051cM；qFZ?9?1、qFZ?9?2位于染色體A09上，與qFZ?9?1緊密連鎖的分子標記是GH118和NAU3966，遺傳距離分別是0.075cM和0.043cM；與qFZ?9?2緊密連鎖的分子標記是GH112和NAU1375，遺傳距離分別是0.048cM和1.705cM。本發明找到了與亞洲棉短絨性狀QTL緊密連鎖的5個標記。其中有4個標記遺傳距離都小于1cM，能解釋20?36％的表型變異。可用于光籽性狀的分子標記輔助選擇以及光籽基因精細定位和圖位克隆，為棉花纖維起始研究、纖維品質改良以及棉花遺傳育種提供理論依據。

技術領域

本發明屬于分子生物學領域，具體涉及一種亞洲棉短絨性狀QTL的分子標記及其應用。

背景技術

棉纖維的起始發育決定著纖維的產量,而短絨與長纖維的發育存在著一定的互作關系。因此，對棉花短絨分化發育相關基因的篩選，不僅有利于棉花短絨發育分子機理的研究，也有利于揭示棉纖維分化發育機理，進而提高棉纖維的產量與品質。

根據棉籽上長纖維和短纖維的有無，棉纖維突變體可分為三種：種子上有纖維而無短絨光籽突變體、種子上無纖維無短絨無絨無絮突變體以及沒有長纖維的纖維極端縮短突變體。整個纖維發育過程涉及上千個基因的表達，突變及基因的不正常表達均會導致突變體的形成。一般突變體與野生型具有相同的遺傳背景，為近等基因系，是進行基因功能研究的良好種質資源。

目前，已報道了多種纖維發育突變體，其中一些突變體已通過非整倍體定位到在細胞水平可識別的染色體上。這些突變體類型主要有超短纖維突變體Li1和Li2(Carver1929；Ware 1929)，無絨無絮突變體MD17、SL1-7-1和XZ142FLM(張天真等，1991)，陸地棉無絨有絮突變體N1和n2(Kohel 1973)，亞洲棉無絨有絮突變體DPL972。

根據現有的棉花基因組圖譜，對短絨性狀的相關基因進行圖位克隆以及功能分析，可以在一定程度上促進闡明纖維的發育機制，對改良棉花纖維品質以及進行相關基因的基因工程研究都有著重要意義。

分子生物學以及數量性狀基因位點作圖方法的發展為棉纖維品質改良提供了有效手段。借助分子標記對目標性狀的基因型直接進行選擇，而不必考慮作物生長時期和發育條件，可在早期進行選擇，又能減少來自同一位點不同等位基因或不同位點的非等位基因間的相互干擾，有利于快速壘集目標基因，加速育種進程，克服不利性狀連鎖，極大地縮短了育種時間。

發明內容

本發明所要解決的技術問題為：如何篩選出穩定的與短絨相關的QTL及其緊密連鎖的分子標記，用于棉花纖維改良的分子育種。

本發明的技術方案為：亞洲棉短絨性狀QTL的分子標記，QTL有三個，分別是qFZ-1-1、qFZ-9-1和qFZ-9-2；其中qFZ-1-1位于染色體A01，與分子標記DPL490緊密連鎖，遺傳距離是0.051cM；qFZ-9-1、qFZ-9-2位于染色體A09上，與qFZ-9-1緊密連鎖的分子標記是GH118和NAU3966，遺傳距離分別是0.075cM和0.043cM；與qFZ-9-2緊密連鎖的分子標記是GH112和NAU1375，遺傳距離分別是0.048cM和1.705cM；分子標記DPL490的前引物序列如SEQ IDNO.1所示，后引物序列如SEQ ID NO.2所示；分子標記GH118前引物序列如SEQ ID NO.3所示，后引物序列如SEQ ID NO.4所示；分子標記NAU3966前引物序列如SEQ ID NO.5所示，后引物序列如SEQ ID NO.6所示；分子標記GH112前引物序列如SEQ ID NO.7所示，后引物序列如SEQ ID NO.8所示；分子標記NAU1375前引物序列如SEQ ID NO.9所示，后引物序列如SEQID NO.10所示。