[發明專利]一種估計基因組育種值的方法及裝置

有效

• 申請號: 201710651753.2
• 申請日: 2017-08-02
• 公開（公告）號: CN107563147B
• 公開（公告）日: 2019-12-20
• 發明（設計）人: 劉劍鋒;康慧敏;寧超;張勝利
• 申請（專利權）人: 中國農業大學
• 主分類號: G16B20/00
• 分類號: G16B20/00
• 代理公司: 11002 北京路浩知識產權代理有限公司
• 代理人: 王瑩;李官

1.一種估計基因組育種值的方法，其特征在于，包括：

根據矩陣M^-1的子塊數和預設的MPI進程數n，確定MPI進程MPI_i讀取的

根據表型數據文件的記錄條數、矩陣A^-1中的個體數和所述MPI進程數n，確定MPI進程MPI_i讀取的系數矩陣W_i和

根據MPI進程MPI_i的系數矩陣W_i和確定待估計的基因組育種值；

其中，所述矩陣M^-1為用于加速所述基因組育種值估計的變換矩陣M的逆矩陣，W_i為MPI進程MPI_i讀取的表型數據文件對應的系數矩陣，A^-1為個體間加性遺傳相關矩陣A的逆矩陣，n為大于1的整數，i＝1，2，3，…，n；

所述根據MPI進程MPI_i的系數矩陣W_i和確定待估計的基因組育種值，具體包括：

根據MPI進程MPI_i的與向量r的計算結果，確定所述基因組育種值的搜索方向向量d，其中，所述向量r為預設殘差向量；

根據所述搜索方向向量d、MPI進程MPI_i的系數矩陣W_i和利用間接迭代法，確定臨時向量v；

根據所述臨時向量v，確定所述基因組育種值。

2.根據權利要求1所述的方法，所述根據所述搜索方向向量d、MPI進程MPI_i的系數矩陣W_i和利用間接迭代法，確定臨時向量v，具體包括：

根據MPI進程MPI_i的系數矩陣W_i和所述搜索方向向量d的迭代計算結果，確定所述臨時向量v的第一加和項；

根據MPI進程MPI_i的和所述搜索方向向量d的迭代計算結果，確定所述臨時向量v的第二加和項；

根據所述第一加和項和所述第二加和項，確定所述臨時向量v。

3.根據權利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述MPI進程MPI_i利用MKL函數進行相應的向量運算或矩陣運算。

4.一種估計基因組育種值的裝置，其特征在于，包括：

第一分進程單元，根據矩陣M^-1的子塊數和預設的MPI進程數n，確定MPI進程MPI_i讀取的

第二分進程單元，根據表型數據文件的記錄條數、矩陣A^-1中的個體數和所述MPI進程數n，確定MPI進程MPI_i讀取的系數矩陣W_i和

估計單元，根據MPI進程MPI_i的系數矩陣W_i和確定待估計的基因組育種值；

其中，所述矩陣M^-1為用于加速所述基因組育種值估計的變換矩陣M的逆矩陣，W_i為MPI進程MPI_i讀取的表型數據文件對應的系數矩陣，A^-1為個體間加性遺傳相關矩陣A的逆矩陣，n為大于1的整數，i＝1，2，3，…，n；

所述估計單元，具體包括：

第一子估計單元，根據MPI進程MPI_i的與向量r的計算結果，確定所述基因組育種值的搜索方向向量d，其中，所述向量r為預設殘差向量；

第二子估計單元，根據所述搜索方向向量d、MPI進程MPI_i的系數矩陣W_i和利用間接迭代法，確定臨時向量v；

第三子估計單元，根據所述臨時向量v，確定所述基因組育種值。