[發明專利]一種基因融合的檢測方法和裝置

有效

• 申請號: 201710605761.3
• 申請日: 2017-07-21
• 公開（公告）號: CN107480472B
• 公開（公告）日: 2021-06-01
• 發明（設計）人: 龔浩;車健為
• 申請（專利權）人: 廣州漫瑞生物信息技術有限公司
• 主分類號: G16B30/00
• 分類號: G16B30/00;G16B30/20;G16B20/20;G16B20/30
• 代理公司: 廣州三環專利商標代理有限公司 44202
• 代理人: 宋靜娜;郝傳鑫

1.一種基因融合的檢測方法，其特征在于，包括如下步驟：

S1，提供待檢測的基因片段的序列，并與參考基因組進行序列比對；

S2，提取與所述參考基因組序列部分一致的待檢測基因片段，并對一致序列部分進行標記；

S3，將步驟S2提取的待檢測基因片段重新與所述參考基因組進行序列比對，如果獲得的一致序列與步驟S2標記的一致序列不相同，則推測所述步驟S2提取的待檢測基因片段為基因融合；

S4，驗證所述基因融合的真假；

所述步驟S1采用軟件BWA進行序列比對；

所述步驟S4具體包括：

S41，將與所述步驟S2的待測基因片段的部分序列一致的來自所述參考基因組的兩個參考基因序列拼接成假的參考序列；

S42，將步驟S2提取的待檢測基因片段與所述假的參考序列進行序列比對；

S43，判斷所述步驟S2提取的待檢測基因片段的全部堿基序列是否與所述假的參考序列的部分序列一致，并且覆蓋所述步驟S41中兩個參考基因序列的拼接區域，如果所述判斷的結果為“是”，則表明所述步驟S2提取的待檢測基因片段為基因融合，并且所述基因融合源自所述兩個參考基因；

所述步驟S41利用K-mer算法拼接得到假的參考序列；

所述檢測方法還包括S0：重復序列過濾，所述重復序列過濾步驟包括：

S01，設計30～75bp的模擬堿基序列，與所述參考基因組進行序列比對，找出所述參考基因組上所述模擬堿基序列的覆蓋度明顯高于周圍序列的區域，標記所述區域為高度重復區域；

S02，在步驟S1和/或步驟S42進行序列比對之前，先將所述參考基因組中的所述高度重復區域過濾，以提高序列比對的準確度。

2.根據權利要求1所述的檢測方法，其特征在于，所述步驟S1的待檢測的基因片段的序列長度為30bp以上。

3.根據權利要求1所述的檢測方法，其特征在于，所述步驟S1的待檢測的基因片段的序列長度為30～75bp。

4.根據權利要求1所述的檢測方法，其特征在于，所述步驟S4中覆蓋拼接區域的待檢測基因片段的堿基序列為3條以上。

5.根據權利要求1所述的檢測方法，其特征在于，所述假的參考序列的拼接區域添加了所述兩個參考基因序列拼接位點周圍的序列。

6.一種基因融合的檢測裝置，其特征在于，包括測序模塊，用于對待檢測的基因片段測序；

序列比對模塊，用于待檢測的基因片段序列與參考基因組的比對，和對一致序列部分進行標記；提取與所述參考基因組序列部分一致的待檢測基因片段，將提取的待檢測基因片段重新與所述參考基因組進行序列比對，并對一致序列部分進行標記；

數據分析模塊，用于判斷先后標記的一致序列是否相同，當先后標記的一致序列不同時，則推測：含有兩段不同的標記的一致序列的待檢測基因片段為基因融合；

驗證模塊，用于驗證所述基因融合的真假；

所述驗證模塊進一步包括以下子模塊：

序列組裝子模塊，用于將含有不同標記的一致序列的兩個參考基因序列拼接成假的參考序列；

序列比對子模塊，用于含有標記的一致序列的待檢測基因片段與所述假的參考序列的序列比對；

序列分析子模塊，用于判斷含有標記的一致序列的待檢測基因片段的全部堿基序列是否與所述假的參考序列的部分序列一致，并且覆蓋所述兩個參考基因序列的拼接區域，當所述判斷的結果為“是”，則判定：含有標記的一致序列的待檢測基因片段為基因融合，并且所述基因融合源自所述兩個參考基因；

所述檢測裝置還包括重復序列過濾模塊，所述重復序列過濾模塊進一步包括以下子模塊：

重復序列篩選子模塊，用于設計30-75bp的模擬堿基序列，與所述參考基因組進行序列比對，找出所述參考基因組上所述模擬堿基序列的覆蓋度明顯高于周圍序列的區域，標記所述區域為高度重復區域；

重復序列過濾子模塊，用于在進行序列比對之前，先將所述參考基因組中的所述高度重復區域過濾，以提高序列比對的準確度。