[發(fā)明專利]用于地中海貧血檢測(cè)的探針、基因芯片及制備方法和應(yīng)用

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201710600785.X
• 申請(qǐng)日: 2017-07-21
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN109280701A
• 公開(kāi)（公告）日: 2019-01-29
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 趙素敏;徐湘民;彭智宇;商璇;茅矛;葉宇華;郭俊甫;魏小鳳;阿叁;張倩倩;袁媛;陳超;郭鳳禹;李云;陳仕平;盧森
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 深圳華大基因股份有限公司;南方醫(yī)科大學(xué)
• 主分類號(hào): C12Q1/6883
• 分類號(hào): C12Q1/6883;C12N15/11;C12N15/10
• 代理公司: 深圳鼎合誠(chéng)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 44281
• 代理人: 彭家恩;羅瑤

1.一種用于地中海貧血檢測(cè)的探針的制備方法，其特征在于：包括根據(jù)不同地中海貧血基因、修飾基因和不同突變，構(gòu)建捕獲區(qū)間庫(kù)；根據(jù)所述捕獲區(qū)間庫(kù)設(shè)計(jì)捕獲探針，對(duì)所述捕獲區(qū)間庫(kù)進(jìn)行高質(zhì)量和高效率的捕獲；

所述捕獲區(qū)間庫(kù)包括以下區(qū)域，

(a)alpha基因簇所有珠蛋白基因和重要調(diào)控區(qū)域，包括HBA1、HBA2、HBZ、HBQ1、HS-40區(qū)域，和5’HVR、HVR、3’HVR，針對(duì)以上基因全長(zhǎng)片段并將其向外延伸70bp作為目標(biāo)捕獲區(qū)域；

(b)beta基因簇所有珠蛋白基因和重要調(diào)控區(qū)域，包括HBB、HBD、HBG1、HBG2、HBE1、LCRHS-1、LCR HS-2、LCR HS-3、LCR HS-4和LCR HS-5，針對(duì)以上基因全長(zhǎng)片段并將其向外延伸70bp作為目標(biāo)捕獲區(qū)域；

(c)以已有記錄的缺失型alpha地貧突變斷點(diǎn)及缺失型beta地貧突變斷點(diǎn)作為目標(biāo)捕獲區(qū)域；

(d)以已記錄的缺失型alpha突變所涉及的最大的缺失范圍為目標(biāo)，在其范圍內(nèi)，每隔1kb選取1個(gè)SNP位點(diǎn)，所選SNP位點(diǎn)在dbSNP中記錄的MAF在0.3-0.5之間，同時(shí)，所選SNP位點(diǎn)所在序列在基因組上無(wú)其它高度同源序列，以所選的SNP位點(diǎn)作為目標(biāo)捕獲區(qū)域；

(e)以地貧修飾基因上一系列的SNP位點(diǎn)為目標(biāo)捕獲區(qū)域，其中，地貧修飾基因包括BCL11A、HBS1L、MYB、KLF1、BCL11A和MYB-HBS1L intergenic。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的制備方法，其特征在于：所述捕獲探針的長(zhǎng)度為50-120bp，捕獲探針與雜交區(qū)域的變性溫度為60-100℃；并且，對(duì)于雜交區(qū)域的GC含量高于0.6或低于0.3的捕獲探針，乘數(shù)大于2；優(yōu)選的，所述捕獲探針的長(zhǎng)度為75bp，捕獲探針與雜交區(qū)域的變性溫度為80℃。

3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的制備方法獲得的探針。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的探針在制備用于地中海貧血基因突變檢測(cè)的基因芯片、試劑盒或檢測(cè)設(shè)備中的應(yīng)用。

5.一種用于地中海貧血基因突變檢測(cè)的基因芯片，其特征在于：所述基因芯片上固定有權(quán)利要求3所述的探針。

6.一種用于地中海貧血基因突變檢測(cè)的試劑盒，其特征在于：所述試劑盒中含有權(quán)利要求3所述的探針，或者權(quán)利要求5所述的基因芯片。

7.一種地中海貧血基因突變的檢測(cè)方法，其特征在于：包括采用Tn5轉(zhuǎn)座酶對(duì)待測(cè)樣品的基因組DNA進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建，并采用權(quán)利要求3所述的探針或權(quán)利要求5所述的基因芯片對(duì)所構(gòu)建的文庫(kù)進(jìn)行地中海貧血基因及其相關(guān)修飾基因、調(diào)控基因或區(qū)域進(jìn)行富集，然后，對(duì)富集產(chǎn)物進(jìn)行高通量測(cè)序。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的檢測(cè)方法，其特征在于：采用Tn5轉(zhuǎn)座酶進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建的接頭序列包括Tn5MErev、Tn5ME-A和Tn5ME-B，Tn5MErev為Seq ID No.1所示序列，Tn5ME-A為SeqID No.2所示序列，Tn5ME-B為Seq ID No.3所示序列。

9.根據(jù)權(quán)利要求7所述的檢測(cè)方法，其特征在于：高通量測(cè)序采用的索引序列為N5索引序列和N7索引序列，N5索引序列包括Seq ID No.4至Seq ID No.33所示序列，N7索引序列包括Seq ID No.34至Seq ID No.63所示序列。

10.根據(jù)權(quán)利要求7-9任一項(xiàng)所述的檢測(cè)方法，其特征在于：還包括采用已知的地中海貧血基因突變對(duì)所有檢測(cè)到的基因突變進(jìn)行標(biāo)注；對(duì)檢測(cè)到的沒(méi)有標(biāo)注的基因突變，進(jìn)行人群頻率注釋和功能預(yù)測(cè)。