[發明專利]SNP檢測技術拆分混合樣本的方法

有效

• 申請號: 201710599784.8
• 申請日: 2017-07-21
• 公開（公告）號: CN109280696B
• 公開（公告）日: 2021-03-09
• 發明（設計）人: 曹彥東;趙雪瑩
• 申請（專利權）人: 安塞斯（北京）生物技術有限公司;上海市刑事科學技術研究院
• 主分類號: C12Q1/6858
• 分類號: C12Q1/6858;C12Q1/6888
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.一種SNP集合數據拆分混合樣本的方法，所述方法為非疾病的診斷方法，其特征在于：先確定兩個樣本的混合比例，再確定兩個樣本各自SNP集合基因型，具體操作步驟如下：

步驟一：假設混合樣本包括a、b兩個樣本，混合比例為X₀:(100-X₀)，X₀=50 且X₀=0；

步驟二：取N個SNP位點對混合樣本進行檢測獲得混合樣本SNP集合，獲得a、b兩個樣本共計2N個基因型，并獲得每個SNP位點的突變頻率Y；

步驟三：對于每個SNP位點的突變頻率Y，a、b混合比例為9種，具體如下：

2*Y=X₁ *GT₀ +(100-X₁)*GT₀

2*Y=X₂ *GT₀ +(100-X₂)*GT₁

2*Y=X₃ *GT₀ +(100-X₃)*GT₂

2*Y=X₄ *GT₁ +(100-X₄)*GT₀

2*Y=X₅ *GT₁+(100-X₅)*GT₁

2*Y=X₆ *GT₁+(100-X₆)*GT₂

2*Y=X₇ *GT₂ +(100-X₇)*GT₀

2*Y=X₈ *GT₂ +(100-X₈)*GT₁

2*Y=X₉ *GT₂+(100-X₉)*GT₂

其中，GT₀代表無突變為0，GT₁代表雜合突變為1，GT2代表純合突變為2;

取N個X₁-X₉的眾數作為混合樣本中a樣品混合比例X₀;

步驟四:將a樣本混合比例X₀帶回公式，計算出樣本a ,b各自的SNP集合基因型；

所述SNP位點的數目N不少于80個；

所述SNP位點的標記上游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.1-100所示，

所述SNP位點的標記下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.101-200所示。

2.一種SNP檢測技術拆分混合樣本的方法，所述方法為非疾病的診斷方法，其特征在于：

步驟如下:

步驟1、提取混合樣本基因組DNA，通過多重反應PCR的方法富集目標DNA片段；

步驟2、構建DNA片段文庫，制備NGS測序模板，通過NGS進行DNA片段測序；

步驟3、根據權利要求1所述的一種SNP集合數據拆分混合樣本的方法，得到樣本a，b各自的SNP集合基因型;

步驟4、得到已知樣本a的SNP集合基因型，就可推斷出混合的未知樣本b的SNP集合基因型。

3.根據權利要求2所述的SNP檢測技術拆分混合樣本的方法，其特征在于：所述混合樣本為刑事案件樣本。

4.權利要求2所述的SNP檢測技術拆分混合樣本的方法在刑事案件樣本鑒定中的應用，其特征在于：所述混合樣本為刑事案件樣本時，通過混合SNP集合數據拆分方法將混合SNP集合進行拆分和分析判斷混合樣本為2人混合樣本，已知樣本包括受害人SNP集合，通過比對得出嫌疑人SNP集合，為刑事案件提供依據。