[發明專利]一種與豬生長及繁殖性狀相關的分子標記及應用

有效

• 申請號: 201710598893.8
• 申請日: 2017-07-21
• 公開（公告）號: CN109280709B
• 公開（公告）日: 2021-05-18
• 發明（設計）人: 左波;李明楊;王國水;徐在言;毛慧敏;毛翠
• 申請（專利權）人: 華中農業大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 武漢宇晨專利事務所 42001
• 代理人: 龔瑩瑩

本發明屬于豬的遺傳標記制備技術領域，具體公開了一種與豬生長及繁殖性狀相關的分子標記及應用，該標記從豬DLST基因中篩選得到，在SEQ ID NO.1所示序列的677位堿基處發生一個A/G堿基突變，導致DraI?RFLP多態性，利用該SNP位點設計引物，分析該SNP標記與繁殖性狀間相關性，發現了豬DLST基因內含子區內的SNP突變位點與左乳頭數與總乳頭數等繁殖性狀顯著相關；與體長等生長性狀極顯著相關。本發明為豬標記輔助選擇提供了新的標記資源。

技術領域

本發明涉及豬的分子標記輔助選擇技術領域，具體涉及一種與豬生長及繁殖性狀相關的分子標記及應用。所述的遺傳標記分離自DLST基因片段，本發明還包括所述的遺傳標記在豬輔助選擇關聯分析中的應用。

背景技術

豬的育種工作指的是凡是能夠從遺傳結構上改進種豬和商品豬的品質、提高產品數量和質量的工作，其目的是不斷改善和擴大現有良種、培育新品種、是豬群的重要經濟性狀得到遺傳改良。而傳統的育種主要依賴于表現型選擇，無法了解其遺傳背景。二十世紀后期，育種學家把對目標性狀的改良逐步從表型選擇理論轉變到基因型選擇理論，充分利用分子育種方法開展選育工作。如今，應用最為廣泛的是分子標記輔助選擇(molecularmarker-assisted selection，MAS)，在育種工作中越來越受到人們的重視。它是通過與重要生產性狀座位連鎖的DNA標記來評估動物個體的生產潛力，可以通過分子標記對基因型做直接選擇，從而進行分子育種。分子標記輔助選擇具有高準確性，可用于早期選種，縮短世代間隔，與常規育種相結合，可大大加快育種進程。

分子標記是指能反映動物個體或種群間基因組中某種差異的特異性DNA片段，目前已經出現的分子標記有十幾種，例如RLFP、SSR、RAPD、SNPs等等。限制性片段長度多態性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)是第一代分子標記，將PCR與RFLP結合就形成PCR-RFLP技術，利用該技術方法可以實現對單核苷酸多態性進行基因型分析。其原理是在擴增不同個體同一段DNA序列時，由于單個堿基的突變從而引起限制性內切酶識別位點的得失，經電泳分離產生大小不同的條帶，從而實現對基因型的分析。

單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism,SNP)是指同一物種不同個體基因組DNA上的某個位點存在單個堿基的變化，包括堿基轉換、顛換、單堿基插入或缺失等現象。SNP是基因組中最普遍、頻率最高的遺傳標記，某些位于基因表達序列內的SNP有可能直接影響蛋白質結構或表達水平，對于復雜表型性狀與基因變異之間的關聯分析具有重要意義。SNP易于實現自動化分析，被認為是繼RFLP、微衛星標記之后的第三代分子標記，在遺傳育種學研究中的應用前景十分廣闊。

二氫硫代酰胺S-琥珀酰轉移酶(dihydrolipoamide S-succinyltransferase，DLST)是α-酮戊二酸脫氫酶的結構核心蛋白，是其一個亞單位酶，參與復雜的檸檬酸循環。有研究發現DLST作為α-酮戊二酸脫氫酶復合物(KGDHC)中的轉移酶，其在TCA循環中對能量產生和大分子合成至關重要。在本研究中，我們克隆了大白豬DLST基因序列，發現該基因在大白豬群體中存在一個SNP位點，首次發現該SNP位點與大白豬的乳頭數和體長這兩個性狀差異顯著。

發明內容

本發明的目的在于提供了一種與豬生長和/或繁殖性狀關聯的SNP分子標記，該分子標記位于豬的基因組數據庫Sscrofa11.1中的DLST基因(NC_010449.5)的第3509個堿基，對應SEQ ID NO.1所示序列的第677個堿基，SEQ ID NO.1中的R為A或G，利用本領域的常規方式對該突變進行檢測，可用于對豬的生長和/或繁殖性狀進行關聯分析。

本發明的另一個目的在于提供針對DLST基因(NC_010449.5)的第3509個堿基設計的引物，引物為：正向引物F：5’-TCAAACATTTCCACTG-3’，反向引物R：5’-ATCCTCTTAGCACCAC-3’。